Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,205,923 – 4,206,163 |
Length | 240 |
Max. P | 0.994388 |
Location | 4,205,923 – 4,206,043 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.00 |
Mean single sequence MFE | -44.74 |
Consensus MFE | -40.86 |
Energy contribution | -41.02 |
Covariance contribution | 0.16 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 2.47 |
SVM RNA-class probability | 0.994388 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4205923 120 + 20766785 AAGCUUCGCCUGACACUCUUCUCGCUCCACCAGUGGCAGGUUGAUCCGCUUGAGCACAUGCUCCAACUUGUCGCUGCCCGCCUCCUUGGUGCCCCAACCAGUGGCGUAACAGGUGACCGA .....(((((((..................(((((((((((((........((((....)))))))))))))))))..((((...(((((......))))).))))...))))))).... ( -44.70) >DroSec_CAF1 17731 120 + 1 AAGCUUCGCCUGACACUCUUCCCGCUCCACCAGUGGCAGGUUGAUCCGCUUGAGCACAUGCUCCAGCUUGUCGCUGCCCGCCUCCUUGGUGCCCCAACCAGUGGCGUAACAGGUGACCGA .....(((((((..................(((((((((((((........((((....)))))))))))))))))..((((...(((((......))))).))))...))))))).... ( -44.70) >DroSim_CAF1 43885 120 + 1 AAGCUUCGCCUGACACUCUUCCCGCUCCACCAGUGGCAGGUUGAUCCGCUUGAGCACAUGCUCCAGCUUGUCGCUGCCCGCCUCCUUGGUGCCCCAGCCAGUGGCGUAACAGGUGGACGA ..(.((((((((..................(((((((((((((........((((....)))))))))))))))))..((((...(((((......))))).))))...))))))))).. ( -44.90) >DroEre_CAF1 19911 120 + 1 CAGCUUCGCCUGGCACUCUUCCCGCUCCACCAGCGGCAGGUUAAUCCGCUUGAGUACGUGCUCCAGCUGGUCGCUGUCCGCCUGCUUGCUGCCCCAACCAGUGGCGUAACAGGUGGACGA .(((...(((.((....(((.(((((.....))))).))).....))(((.((((....)))).))).))).)))(((((((((.((((.(((.(.....).)))))))))))))))).. ( -47.40) >DroYak_CAF1 20006 120 + 1 CAGCUUCGCCUGACACUCUUCCCGCUCCACCAGUGGCAGGUUAAUCCGCUUGAGCACAUGCUCCAGCUUGUCGCUGCCCGCCUCCUUGGAGCCCCAACCAGUGGCGUAACAGGUGACCGA .....(((((((..................((((((((((.....))(((.((((....)))).))).))))))))..((((.(.((((....))))...).))))...))))))).... ( -42.00) >consensus AAGCUUCGCCUGACACUCUUCCCGCUCCACCAGUGGCAGGUUGAUCCGCUUGAGCACAUGCUCCAGCUUGUCGCUGCCCGCCUCCUUGGUGCCCCAACCAGUGGCGUAACAGGUGACCGA .....(((((((..................(((((((((((((........((((....)))))))))))))))))..((((...(((((......))))).))))...))))))).... (-40.86 = -41.02 + 0.16)
Location | 4,205,963 – 4,206,083 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.17 |
Mean single sequence MFE | -50.34 |
Consensus MFE | -39.32 |
Energy contribution | -40.20 |
Covariance contribution | 0.88 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.69 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.40 |
SVM RNA-class probability | 0.722405 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4205963 120 + 20766785 UUGAUCCGCUUGAGCACAUGCUCCAACUUGUCGCUGCCCGCCUCCUUGGUGCCCCAACCAGUGGCGUAACAGGUGACCGAUAGCAGCUGGUUGGUCAACUCCGGAGAUUCCGGAGGCGGC .....((((((((((....)).((((((....(((((.((((...(((((......))))).))))...(.(....).)...))))).))))))))))((((((.....)))))))))). ( -48.30) >DroSec_CAF1 17771 120 + 1 UUGAUCCGCUUGAGCACAUGCUCCAGCUUGUCGCUGCCCGCCUCCUUGGUGCCCCAACCAGUGGCGUAACAGGUGACCGAGAGCAGCUGGUUGGUCAAUUCCGGAGAUUCUGAAGGCGGC ..(((..(((.((((....)))).)))..)))((((((((((.....))))..(((((((((.((....(.(....).)...)).))))))))).......(((.....)))..)))))) ( -47.30) >DroSim_CAF1 43925 120 + 1 UUGAUCCGCUUGAGCACAUGCUCCAGCUUGUCGCUGCCCGCCUCCUUGGUGCCCCAGCCAGUGGCGUAACAGGUGGACGAGAGCAGCUGGUUGGUCAAUUCCGGAGAUUCUGGAGGCGGC ..(((..(((.((((....)))).)))..)))((((((((((.....))))..(((((((((.((......(.....)....)).))))))))).....(((((.....))))))))))) ( -49.80) >DroEre_CAF1 19951 120 + 1 UUAAUCCGCUUGAGUACGUGCUCCAGCUGGUCGCUGUCCGCCUGCUUGCUGCCCCAACCAGUGGCGUAACAGGUGGACGAGAGCAGCUGGUUGACCAAUUCCGGAGAUUCCGGAGGCGGC .....(((((((.((.((....(((((((.((..((((((((((.((((.(((.(.....).))))))))))))))))).)).))))))).)))))))((((((.....)))))))))). ( -58.90) >DroYak_CAF1 20046 120 + 1 UUAAUCCGCUUGAGCACAUGCUCCAGCUUGUCGCUGCCCGCCUCCUUGGAGCCCCAACCAGUGGCGUAACAGGUGACCGAGAGCAGCCGCUUGACCAACUCCGGAGAUUCCGGAGGCGGC .....(((((..(((...(((((..(...((((((...((((.(.((((....))))...).)))).....)))))))..)))))...)))..)....((((((.....)))))))))). ( -47.40) >consensus UUGAUCCGCUUGAGCACAUGCUCCAGCUUGUCGCUGCCCGCCUCCUUGGUGCCCCAACCAGUGGCGUAACAGGUGACCGAGAGCAGCUGGUUGGUCAAUUCCGGAGAUUCCGGAGGCGGC .......(((.((((....)))).))).....((((((((((.....))))..(((((((((.((......(.....)....)).))))))))).....(((((.....))))))))))) (-39.32 = -40.20 + 0.88)
Location | 4,206,043 – 4,206,163 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.83 |
Mean single sequence MFE | -45.86 |
Consensus MFE | -38.46 |
Energy contribution | -38.42 |
Covariance contribution | -0.04 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.53 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 0.64 |
SVM RNA-class probability | 0.809914 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4206043 120 + 20766785 UAGCAGCUGGUUGGUCAACUCCGGAGAUUCCGGAGGCGGCAAGCACAGCGGCUGGAUAUGUGGAGCGAGACGGAUGGGCUCGUCCAGGAGCAAUAGUGCUAUGUCGUUGUACAACGAGUU ((((.(((((((.(((..((((((.....))))))..))).))).)))).))))....((((.(((((.(.(((((....)))))...((((....)))).).))))).))))....... ( -48.70) >DroSec_CAF1 17851 120 + 1 GAGCAGCUGGUUGGUCAAUUCCGGAGAUUCUGAAGGCGGCAAGCACAGCGGCUGAAUGUGAGGAGCCAGUCGGAUGGGCUCGUCCAGGAGCAACAAUGCUAUGUCGUUGUACAACGAGUU ....((((.((((........(((.....)))..(((((((((((..(..(((...((.((.(((((.........))))).))))..)))..)..)))).)))))))...)))).)))) ( -39.50) >DroSim_CAF1 44005 120 + 1 GAGCAGCUGGUUGGUCAAUUCCGGAGAUUCUGGAGGCGGCAAGCACAGUGGCUGGAUGUGAGGAGCCAGUCGGAUGGGCUCGUCGAGGAGCAACAGUGCUAUGUCGUUGUACAACGAGUA .....(((.((((..((.((((((.....))))))(((((((((((.((.(((.....(((.(((((.........))))).)))...))).)).))))).))))))))..)))).))). ( -46.70) >DroEre_CAF1 20031 120 + 1 GAGCAGCUGGUUGACCAAUUCCGGAGAUUCCGGAGGCGGCAGGCACAGAGGCUGGAUGUGCGGAGCCAGGCGGAUGGGCUCGUCCAGGAGCAACAGUGCUAUGUCGUUGUACAGCGAGUA .....(((.((((((....(((((.....)))))((((((((((((.(..((((((((.((....((....))....)).)))))...)))..).))))).))))))))).)))).))). ( -46.20) >DroYak_CAF1 20126 120 + 1 GAGCAGCCGCUUGACCAACUCCGGAGAUUCCGGAGGCGGCAGGCACAGAGGCUGGAUGUGCGGAGCCAGACGGAUGGGUUCGUCCAGGAGCAACAGUGCUAUGUCGUUGUACAACGAGUC ...((((((((((.((..((((((.....))))))..))))))).....)))))..((..((((.(((......))).))))..))..((((....))))...(((((....)))))... ( -48.20) >consensus GAGCAGCUGGUUGGUCAAUUCCGGAGAUUCCGGAGGCGGCAAGCACAGAGGCUGGAUGUGAGGAGCCAGACGGAUGGGCUCGUCCAGGAGCAACAGUGCUAUGUCGUUGUACAACGAGUA .....(((.((((..((.((((((.....))))))(((((((((((...((((..........))))..........((((......))))....))))).))))))))..)))).))). (-38.46 = -38.42 + -0.04)
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