Locus 10

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	870,010 – 870,128
Length	118
Max. P	0.849891

overview

Window 1

Location	870,010 – 870,128
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.89
Mean single sequence MFE	-36.30
Consensus MFE	-20.78
Energy contribution	-20.65
Covariance contribution	-0.13
Combinations/Pair	1.44
Mean z-score	-2.09
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.54
SVM RNA-class probability	0.773689
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 870010 118 + 20766785
--UUUACCUCUUGGCUGUUCCGCCAUCCUUGCAUAGAGCUAGCUCCAACGGCUAGCAAUUCAUUAAACUGAUCUGUGGAUGUUUUAUCCGUUUUCGGAUGGGACAAAUAGGCACCCAUAU
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>DroVir_CAF1 7413 118 + 1
--CUUACCUCUUGACUGUUGCGCCAGCCCUGCAUCGAACUGGCACCCACGACGAGCAUAUCAUUGAAUUCAUCUGUGGAAGCUUUUUCCGUCUUCGGAUGCGACAAGUAAGCACCCAUUU
--.......((((..(((((((((((..(......)..)))))..((((((.((.((......))...)).)).))))........((((....)))).))))))..))))......... ( -29.30)
>DroPse_CAF1 2200 118 + 1
--CUUACCUCUUGACUGUUGCGCCAGCCCUGCAUCGAGCUGGCACCUACUACCAGCAAAUCGUUCAAUUCAUCCGUAGACGAUUUUUCCGUCUUCGGAUGUGACAAAUAAGCACCCAUUU
--.......((((..(((..(((((((.(......).))))))...........................(((((.(((((.......))))).))))))..)))..))))......... ( -32.50)
>DroGri_CAF1 10060 118 + 1
--AUUACCUCUUGACUGUUGCGCCAGCCUUGCAUGGAACUGGCUCCCACAAUGAGCAGCUCGCUGCGCUCGUCUGUGGAGGCCUUUUCCGUCUUUGGAUGCGAUAGGUAGGCACCCAUUG
--.......((((.((((((((((((....(.((((((..(((..(((((((((((.((.....)))))))).)))))..)))..))))))).)))).)))))))).))))......... ( -47.80)
>DroWil_CAF1 16744 120 + 1
UGCUCACCUCCUGGCUAUUGCGCCAACCUUGCAUCGAGCUGGCCCCUACCACAAGCAAGUCGUUGAACUCAUCUGUGGACGCCUUAUCCGUCUUCGGGCUCGACAAAUAAGCACCCAUGU
((((.......((((......))))........((((((.(((.....(((((....(((......)))....)))))..)))....(((....)))))))))......))))....... ( -30.00)
>DroMoj_CAF1 6758 118 + 1
--CUCACCUCUUGGCUGUUGCGCCAGCCUUGCAUCGAGCUGGCACCCACGACGAGCAUCUCAUUGAAUUCGUCUGUGGACGCCUUAUCCGUCUUUGGAUGCGAUAGGUAAGCACCCAUUU
--.......((((.(((((((((((((.(((...)))))))))..((((((((((..((.....)).)))))).)))).......(((((....)))))))))))).))))......... ( -41.30)
>consensus
__CUUACCUCUUGACUGUUGCGCCAGCCUUGCAUCGAGCUGGCACCCACGACGAGCAAAUCAUUGAACUCAUCUGUGGACGCCUUAUCCGUCUUCGGAUGCGACAAAUAAGCACCCAUUU
.........((((..((((((((((((.(......).))))))...........................(((((.(((((.......))))).)))))))))))..))))......... (-20.78 = -20.65 +  -0.13)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	870,010 – 870,128
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.89
Mean single sequence MFE	-42.02
Consensus MFE	-22.28
Energy contribution	-22.96
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-2.46
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	0.78
SVM RNA-class probability	0.849891
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 870010 118 - 20766785
AUAUGGGUGCCUAUUUGUCCCAUCCGAAAACGGAUAAAACAUCCACAGAUCAGUUUAAUGAAUUGCUAGCCGUUGGAGCUAGCUCUAUGCAAGGAUGGCGGAACAGCCAAGAGGUAAA--
.......(((((..((((.(((((((....)))))....(((((.....(((......)))...(((((((....).)))))).........)))))..)).)))).....)))))..-- ( -32.90)
>DroVir_CAF1 7413 118 - 1
AAAUGGGUGCUUACUUGUCGCAUCCGAAGACGGAAAAAGCUUCCACAGAUGAAUUCAAUGAUAUGCUCGUCGUGGGUGCCAGUUCGAUGCAGGGCUGGCGCAACAGUCAAGAGGUAAG--
...(((((((.........)))))))..(((...........((((.(((((..............)))))))))((((((((((......))))))))))....)))..........-- ( -39.14)
>DroPse_CAF1 2200 118 - 1
AAAUGGGUGCUUAUUUGUCACAUCCGAAGACGGAAAAAUCGUCUACGGAUGAAUUGAACGAUUUGCUGGUAGUAGGUGCCAGCUCGAUGCAGGGCUGGCGCAACAGUCAAGAGGUAAG--
.......(((((..((((((((((((.((((((.....)))))).))))))...)).))))(((((((.......((((((((((......))))))))))..))).)))))))))..-- ( -43.80)
>DroGri_CAF1 10060 118 - 1
CAAUGGGUGCCUACCUAUCGCAUCCAAAGACGGAAAAGGCCUCCACAGACGAGCGCAGCGAGCUGCUCAUUGUGGGAGCCAGUUCCAUGCAAGGCUGGCGCAACAGUCAAGAGGUAAU--
...(((((((.........))))))).....((((..(((..((((((..((((((.....)).)))).))))))..)))..))))......(((((......)))))..........-- ( -45.10)
>DroWil_CAF1 16744 120 - 1
ACAUGGGUGCUUAUUUGUCGAGCCCGAAGACGGAUAAGGCGUCCACAGAUGAGUUCAACGACUUGCUUGUGGUAGGGGCCAGCUCGAUGCAAGGUUGGCGCAAUAGCCAGGAGGUGAGCA
.......(((((((((((((((((((....)))....(((.(((((((..(((((....)))))..))))))...).))).)))))))......(((((......))))).))))))))) ( -44.80)
>DroMoj_CAF1 6758 118 - 1
AAAUGGGUGCUUACCUAUCGCAUCCAAAGACGGAUAAGGCGUCCACAGACGAAUUCAAUGAGAUGCUCGUCGUGGGUGCCAGCUCGAUGCAAGGCUGGCGCAACAGCCAAGAGGUGAG--
.........(((((((.....((((......))))..(((..((((.(((((..((.....))...)))))))))(((((((((........)))))))))....)))...)))))))-- ( -46.40)
>consensus
AAAUGGGUGCUUACUUGUCGCAUCCGAAGACGGAAAAAGCGUCCACAGAUGAAUUCAACGAGUUGCUCGUCGUGGGUGCCAGCUCGAUGCAAGGCUGGCGCAACAGCCAAGAGGUAAG__
...(((((((.........))))))).....((.....((.(((((.(((((..............)))))))))).(((((((........))))))))).....))............ (-22.28 = -22.96 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

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