Locus 956

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 2,742,521 – 2,742,660
Length 139
Max. P 0.894119
window1534 window1535 window1536

overview

Window 4

Location 2,742,521 – 2,742,626
Length 105
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.46
Mean single sequence MFE -34.17
Consensus MFE -10.53
Energy contribution -10.12
Covariance contribution -0.42
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.31
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2742521 105 + 22407834
CCCAACGGACAUGGCCAGUUUCAGGCCAUUCCGCCGGGCAUGUACAAUCCGGCAAUACAGCAGCCGAUGCCGCCGAAU---CUCCAGCCCGGCGGAUUAAUGCAACAG
.((...(((.((((((.......)))))))))(((((((.((.......((((......(((.....))).))))...---...)))))))))))............. ( -39.32)
>DroPse_CAF1 198947 89 + 1
CCCAAUGGCCACGGACAGUUCCAGGGCAUUCCGCCGGGCAUGUACAACCCGGCCAUUGCCCAGCCA---CCGACAAAU-----GCAGCCCCAGGAAU-----------
.((...(((...(((....))).(((((....((((((.........))))))...))))).....---.........-----...)))...))...----------- ( -29.80)
>DroEre_CAF1 179420 105 + 1
CCCAACGGACAUGGCCAGUUCCAGGCCAUUCCACCGGGCAUGUACAAUCCGUCAAUGCAGCAACCGUUGCCGCCGAAU---CUACAGCCCGGGGGAUUAAUGCAACAA
(((...(((.((((((.......))))))))).((((((.((((.(.((.((....(((((....))))).)).)).)---.)))))))))))))............. ( -41.40)
>DroYak_CAF1 170999 105 + 1
CCCAACGGACAUGGUCAGUUCCAGGCCAUUCCGCCGGGCAUGUACAAUCCGUCAAUGCAGCAGCCGAUGCCGCCGAAU---CUACAGCCCGGUGGAUUAAUGCAACAA
......((...(((......)))..))..((((((((((.((((.......((...((.(((.....))).)).))..---.))))))))))))))............ ( -34.40)
>DroAna_CAF1 265860 108 + 1
CCCAAUGGUCAUGGACAGUUCCAGGGUAUUCCACCUGGUAUUUACAAUCCGGCCAUGACCCAGCAAAUACCAGCAAAUAUUCCACAGCCUGGUGGAUUGAUGCAGCAA
......((((((((..(((.(((((........))))).)))..........))))))))............(((.....(((((......)))))....)))..... ( -30.30)
>DroPer_CAF1 197631 89 + 1
CCCAAUGGCCACGGACAGUUCCAGGGCAUUCCGCCGGGCAUGUACAACCCGGCCAUUGCCCAGCCA---CCGACAAAU-----GCAGCCCCAGGAAU-----------
.((...(((...(((....))).(((((....((((((.........))))))...))))).....---.........-----...)))...))...----------- ( -29.80)
>consensus
CCCAACGGACAUGGACAGUUCCAGGCCAUUCCGCCGGGCAUGUACAAUCCGGCAAUGCACCAGCCAAUGCCGCCAAAU___CUACAGCCCGGGGGAUUAAUGCAACAA
.....(((....((......))..((......((((((.........))))))......))........))).................................... (-10.53 = -10.12 +  -0.42)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 5

Location 2,742,521 – 2,742,626
Length 105
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.46
Mean single sequence MFE -41.47
Consensus MFE -22.40
Energy contribution -21.51
Covariance contribution -0.89
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.98
SVM RNA-class probability 0.894119
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2742521 105 - 22407834
CUGUUGCAUUAAUCCGCCGGGCUGGAG---AUUCGGCGGCAUCGGCUGCUGUAUUGCCGGAUUGUACAUGCCCGGCGGAAUGGCCUGAAACUGGCCAUGUCCGUUGGG
............((((((((((((..(---(((((((((((.....)))).....))))))))...)).))))))))))((((((.......)))))).......... ( -49.30)
>DroPse_CAF1 198947 89 - 1
-----------AUUCCUGGGGCUGC-----AUUUGUCGG---UGGCUGGGCAAUGGCCGGGUUGUACAUGCCCGGCGGAAUGCCCUGGAACUGUCCGUGGCCAUUGGG
-----------...((..((((..(-----....(.(((---(..(.(((((.(.(((((((.......))))))).)..))))).)..)))).).)..))).)..)) ( -40.60)
>DroEre_CAF1 179420 105 - 1
UUGUUGCAUUAAUCCCCCGGGCUGUAG---AUUCGGCGGCAACGGUUGCUGCAUUGACGGAUUGUACAUGCCCGGUGGAAUGGCCUGGAACUGGCCAUGUCCGUUGGG
.............((((((((((((((---(((((((((((.....)))))).....)))))).)))).)))))).(((((((((.......)))))).)))...))) ( -44.70)
>DroYak_CAF1 170999 105 - 1
UUGUUGCAUUAAUCCACCGGGCUGUAG---AUUCGGCGGCAUCGGCUGCUGCAUUGACGGAUUGUACAUGCCCGGCGGAAUGGCCUGGAACUGACCAUGUCCGUUGGG
............(((.(((((((((((---(((((((((((.....)))))).....)))))).)))).)))))).)))(((((.(((......))).).)))).... ( -39.40)
>DroAna_CAF1 265860 108 - 1
UUGCUGCAUCAAUCCACCAGGCUGUGGAAUAUUUGCUGGUAUUUGCUGGGUCAUGGCCGGAUUGUAAAUACCAGGUGGAAUACCCUGGAACUGUCCAUGACCAUUGGG
.(((((((....(((((......))))).....))).)))).......((((((((.(((((.....)).(((((.(.....))))))..))).))))))))...... ( -34.20)
>DroPer_CAF1 197631 89 - 1
-----------AUUCCUGGGGCUGC-----AUUUGUCGG---UGGCUGGGCAAUGGCCGGGUUGUACAUGCCCGGCGGAAUGCCCUGGAACUGUCCGUGGCCAUUGGG
-----------...((..((((..(-----....(.(((---(..(.(((((.(.(((((((.......))))))).)..))))).)..)))).).)..))).)..)) ( -40.60)
>consensus
UUGUUGCAUUAAUCCCCCGGGCUGUAG___AUUCGGCGGCAUCGGCUGCGGCAUGGCCGGAUUGUACAUGCCCGGCGGAAUGCCCUGGAACUGUCCAUGUCCAUUGGG
............(((.((((((........((((((((((....)))))........))))).......)))))).)))..(((.(((......))).)))....... (-22.40 = -21.51 +  -0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 6

Location 2,742,552 – 2,742,660
Length 108
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.58
Mean single sequence MFE -49.58
Consensus MFE -38.32
Energy contribution -38.05
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.42
SVM RNA-class probability 0.729117
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2742552 108 - 22407834
GCGGCAUCAUCUGGGGAUUUCCAGGUGGCGCG---GGCUGUUGCAUUAAUCCGCCGGGCUGGAG---AUUCGGCGGCAUCGGCUGCUGUAUUGCCGGAUUGUACAUGCCCGGCG
((((((.((((((((....))))))))((...---.)))))))).......((((((((((..(---(((((((((((.....)))).....))))))))...)).)))))))) ( -51.10)
>DroSec_CAF1 161046 108 - 1
GCGGCAUCAUCUGGGGAUUUCCAGGUGGCGCG---GGCUGUUGCAUUAAUCCGCCGGGCUGUAG---AUUCGGCGGCAUUGGCUGCUGCAUUGCCGGAUUGUACAUGCCCGGCG
((((((.((((((((....))))))))((...---.)))))))).......(((((((((((((---(((((((.(((........)))...)))))))).)))).)))))))) ( -53.00)
>DroSim_CAF1 167158 108 - 1
GCGGCAUCAUCUGGGGAUUUCCAGGUGGCGCG---GGCUGUUGCAUUAAUCCGCCGGGCUGUAG---AUUCGGCGGCAUUGGCUGCUGCAUUGCCGGAUUGUACAUGCCCGGCG
((((((.((((((((....))))))))((...---.)))))))).......(((((((((((((---(((((((.(((........)))...)))))))).)))).)))))))) ( -53.00)
>DroEre_CAF1 179451 108 - 1
GCGGCAUCAUCUGGGGAUUUCCAGGUGGCGCG---GGUUGUUGCAUUAAUCCCCCGGGCUGUAG---AUUCGGCGGCAACGGUUGCUGCAUUGACGGAUUGUACAUGCCCGGUG
...((..((((((((....))))))))..))(---(((((......)))))).(((((((((((---(((((((((((.....)))))).....)))))).)))).)))))).. ( -47.00)
>DroYak_CAF1 171030 108 - 1
GCGGCAUCAUCUGGGGAUUACCAGGUGGCGCG---GGUUGUUGCAUUAAUCCACCGGGCUGUAG---AUUCGGCGGCAUCGGCUGCUGCAUUGACGGAUUGUACAUGCCCGGCG
...((..(((((((......)))))))..))(---(((((......)))))).(((((((((((---(((((((((((.....)))))).....)))))).)))).)))))).. ( -49.00)
>DroAna_CAF1 265891 114 - 1
GCGGUACCAUUUGUCCAUUACCCGGCUGGGCCGGUGGUUGCUGCAUCAAUCCACCAGGCUGUGGAAUAUUUGCUGGUAUUUGCUGGGUCAUGGCCGGAUUGUAAAUACCAGGUG
((((((((((..(((((.........)))))..)))).)))))).....(((((......))))).......((((((((((((.(((....))).)...)))))))))))... ( -44.40)
>consensus
GCGGCAUCAUCUGGGGAUUUCCAGGUGGCGCG___GGCUGUUGCAUUAAUCCGCCGGGCUGUAG___AUUCGGCGGCAUCGGCUGCUGCAUUGCCGGAUUGUACAUGCCCGGCG
((((((((((((((......)))))))).((.....)))))))).......((((((((((((....((((((((((....)))))........)))))..)))).)))))))) (-38.32 = -38.05 +  -0.27)

alignment

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