Locus 947

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	2,722,369 – 2,722,507
Length	138
Max. P	0.968476

overview

Window 3

Location	2,722,369 – 2,722,472
Length	103
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.42
Mean single sequence MFE	-33.09
Consensus MFE	-13.33
Energy contribution	-14.97
Covariance contribution	1.64
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-3.00
Structure conservation index	0.40
SVM decision value	1.63
SVM RNA-class probability	0.968476
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2722369 103 - 22407834
CUGGAUGCGGUUUUCCGCUGUGGCC-CAGCUCCAGCCGGAAAAUGCAUCACCAGCGGACAUA----UAUUAUUCCG-CACUCAUAU----GUUUGUGUACACAAAUAGGGUAA
...((((((.((((((((((..((.-..))..))).)))))))))))))(((.(((((....----......))))-).......(----((((((....))))))).))).. ( -38.50)
>DroVir_CAF1 205753 100 - 1
CUGUCUGCGGUUGGCCACA-AAGCCACAGAUUUC-----AUUGUGCCUCUCCAGUUGCUACU---GUAUA-GACAGUAAAUCAUAUA---AUCUAUGCACGCAUAAAAAAUAU
..(((((.((((.......-.)))).)))))...-----.((((((......(((....)))---(((((-((..(((.....))).---.)))))))..))))))....... ( -23.30)
>DroSec_CAF1 141142 103 - 1
CUGGAUGCGGUUUUCCGCUGUGGCC-CAGCUCCAGCCGGAAAAUGCAUCACCAGCGGACAUA----UAUUAUUCCG-CACUCAUAU----GUUUGUGUACACAAAUAGGGUAA
...((((((.((((((((((..((.-..))..))).)))))))))))))(((.(((((....----......))))-).......(----((((((....))))))).))).. ( -38.50)
>DroSim_CAF1 144118 102 - 1
CUGGAUGCG-UUUUCCGCUGUGGCC-CAGCUCCAGCCGGAAAAUGCAUCACCAGCGGACAUA----UAUUAUUCCG-CACUCAUAU----GUUUGUGUACACAAAUAGGGUAA
...((((((-((((((((((..((.-..))..))).)))))))))))))(((.(((((....----......))))-).......(----((((((....))))))).))).. ( -42.30)
>DroEre_CAF1 159409 107 - 1
CUGGCUGCGGUUUUCCGCUGUGGCC-CAGCUCCAGCCAGAAAAUGCAUCACCAGCGGACACAUUUGUAUUAUUCCG-CACUCAUAU----AUCCUUCAUCACAAAUAAGGUAA
(((((((.((....))((((.....-))))..)))))))..............(((((..............))))-)........----..((((..........))))... ( -25.24)
>DroYak_CAF1 149219 107 - 1
CUGGUUGCGGUUUUCCGCUGUGGCC-CAGCUGCAGCCAGCAAAUGCAUCACCAGCGGACAUA----UAUUAUUCUG-CACUCAUAUACAUAUCUGUGUACGCAAAUAAGGUAA
((((((((((....))((((.....-)))).))))))))....(((.......(((((....----......))))-).....((((((....)))))).))).......... ( -30.70)
>consensus
CUGGAUGCGGUUUUCCGCUGUGGCC_CAGCUCCAGCCGGAAAAUGCAUCACCAGCGGACAUA____UAUUAUUCCG_CACUCAUAU____AUCUGUGUACACAAAUAAGGUAA
((((.((((.((((..((((..((....))..))))..)))).))))...))))((((..............))))..................................... (-13.33 = -14.97 +   1.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	2,722,402 – 2,722,507
Length	105
Sequences	6
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.24
Mean single sequence MFE	-35.53
Consensus MFE	-17.94
Energy contribution	-19.25
Covariance contribution	1.31
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-3.02
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	1.21
SVM RNA-class probability	0.931449
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2722402 105 - 22407834
UACAAUGCGUCAGAUGCAAUCAUUUUGUUGCCUGUCUGGAUGCGGUUUUCCGCUGUGGCC-CAGCUCCAGCCGGAAAAUGCAUCACCAGCGGACAUA----UAUUAUUCC
.....(((..((((((((((......)))))..)))))((((((.((((((((((..((.-..))..))).)))))))))))))....)))......----......... ( -34.80)
>DroVir_CAF1 205788 93 - 1
U-------GGCUGCAACAAUAAUUUUGUUGCAUGUCUGUCUGCGGUUGGCCACA-AAGCCACAGAUUUC-----AUUGUGCCUCUCCAGUUGCUACU---GUAUA-GACA
.-------(((.(((((((.....)))))))(((...(((((.((((.......-.)))).)))))..)-----))...)))(((.((((....)))---)...)-)).. ( -28.20)
>DroSec_CAF1 141175 105 - 1
UACAAUGCGUCAGAUGCAAUCAUUUUGUUGCCUGUCUGGAUGCGGUUUUCCGCUGUGGCC-CAGCUCCAGCCGGAAAAUGCAUCACCAGCGGACAUA----UAUUAUUCC
.....(((..((((((((((......)))))..)))))((((((.((((((((((..((.-..))..))).)))))))))))))....)))......----......... ( -34.80)
>DroSim_CAF1 144151 104 - 1
CACAAUGCGUCAGAUGCAAUCAUUUUGUUGCCUGUCUGGAUGCG-UUUUCCGCUGUGGCC-CAGCUCCAGCCGGAAAAUGCAUCACCAGCGGACAUA----UAUUAUUCC
.....(((..((((((((((......)))))..)))))((((((-((((((((((..((.-..))..))).)))))))))))))....)))......----......... ( -38.60)
>DroEre_CAF1 159442 109 - 1
UACAAUGCGUCAGAUGCAAUCAUUUUGUUGGCUGUCUGGCUGCGGUUUUCCGCUGUGGCC-CAGCUCCAGCCAGAAAAUGCAUCACCAGCGGACACAUUUGUAUUAUUCC
(((((((.(((.((((((....((((.(((((((.(((((..((((.....))))..).)-)))...))))))))))))))))).(....)))).)).)))))....... ( -36.70)
>DroYak_CAF1 149256 105 - 1
CACAAUGCGUCAGAUGCAAUCAUUUUGUUGGCUGUCUGGUUGCGGUUUUCCGCUGUGGCC-CAGCUGCAGCCAGCAAAUGCAUCACCAGCGGACAUA----UAUUAUUCU
.....(((....((((((.....(((((((((((((((((..((((.....))))..).)-)))..))))))))))))))))))....)))......----......... ( -40.10)
>consensus
UACAAUGCGUCAGAUGCAAUCAUUUUGUUGCCUGUCUGGAUGCGGUUUUCCGCUGUGGCC_CAGCUCCAGCCGGAAAAUGCAUCACCAGCGGACAUA____UAUUAUUCC
........(((....((((.....)))).....(.((((.((((.((((..((((..((....))..))))..)))).))))...))))).)))................ (-17.94 = -19.25 +   1.31)

alignment

secondary structure

dotplot

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