Locus 946

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>2L_DroMel_CAF1 2721874 106 + 22407834
-------GA-CAAAAAAGGAUGACACACAAUAGUUGGGACAUUGUUUUUGACAUGACUUUCUAUCAAAAACAAAUUUGCCCUUCUUUGUGCUUCUAUUAUUUU----GUAUUUC-CCAU
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>DroVir_CAF1 204429 99 + 1
-------AA-AAGAAAAGUAUGA----CAAUAGUUGGGCUAUUGUUUUUGACAUGACUUUCUAUCAAAAACAAAUUUGGUCUUCUUUGU---UGUGUUACUUU----GUGU-CGUCUUU
-------.(-((((((((((..(----((((((..((((((((((((((((...(.....)..))))))))))...))))))...))))---)))..))))))----....-..))))) ( -24.50)
>DroPse_CAF1 170055 106 + 1
-------GA-AAAAAAACGAUGACACACAAUAGUUGGGACAUUGUUUUUGACAUGACUUUCUAUCAAAAACAAAUUUGCCCUUCUUUGUUCUCCUAUUAUUUCUAUCCUAUU-----AU
-------((-((......((.((...((((.((..(((.((((((((((((...(.....)..))))))))))...)))))..))))))))))......)))).........-----.. ( -16.30)
>DroWil_CAF1 252912 110 + 1
AUAACGACAGGAAAAAAGGAUGACAUACAAUAGUUUGGACAUUGUUUUUGACAUGACUUUCUAUCAAAAACAAAUUUGUCCUUCUUU-UGUACACAUUAUUUU----GUGCUCU-U---
.....((((.((((....((((...(((((.((...(((((((((((((((...(.....)..))))))))))...)))))..)).)-))))..)))).))))----.)).)).-.--- ( -25.30)
>DroMoj_CAF1 208537 99 + 1
-------AG-AAGUAAAGUAUGA----CAAUAGUUGGGCUAUUGUUUUUGACAUGACUUUCUAUCAAAAACAAAUUUGUCCUUCAUUGU---UGCAAUACUUU----GUGUUCGUCU-A
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>DroAna_CAF1 239012 113 + 1
AUAAAAACA-UAAAAAAGGAUGACAUACAAUAGUUGGGACAUUGUUUCUGACAUGACUUUCUAUCAAAAACAAAUUUGCCCUUCUUUGUUCUCCUAUUAUUUU----GUACUGU-CUAU
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>consensus
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...................................(((...((((((((((...(.....)..)))))))))).....)))...................................... ( -8.87 =  -9.07 +   0.19) 

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Window 2

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>2L_DroMel_CAF1 2721874 106 - 22407834
AUGG-GAAAUAC----AAAAUAAUAGAAGCACAAAGAAGGGCAAAUUUGUUUUUGAUAGAAAGUCAUGUCAAAAACAAUGUCCCAACUAUUGUGUGUCAUCCUUUUUUG-UC-------
....-.....((----((((.....((.((((((((..(((((...((((((((((((........)))))))))))))).)))..)).)))))).))......)))))-).------- ( -28.20)
>DroVir_CAF1 204429 99 - 1
AAAGACG-ACAC----AAAGUAACACA---ACAAAGAAGACCAAAUUUGUUUUUGAUAGAAAGUCAUGUCAAAAACAAUAGCCCAACUAUUG----UCAUACUUUUCUU-UU-------
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>DroPse_CAF1 170055 106 - 1
AU-----AAUAGGAUAGAAAUAAUAGGAGAACAAAGAAGGGCAAAUUUGUUUUUGAUAGAAAGUCAUGUCAAAAACAAUGUCCCAACUAUUGUGUGUCAUCGUUUUUUU-UC-------
..-----....(((.(((((..((.((...((((((..(((((...((((((((((((........)))))))))))))).)))..)).))))...))))..))))).)-))------- ( -24.20)
>DroWil_CAF1 252912 110 - 1
---A-AGAGCAC----AAAAUAAUGUGUACA-AAAGAAGGACAAAUUUGUUUUUGAUAGAAAGUCAUGUCAAAAACAAUGUCCAAACUAUUGUAUGUCAUCCUUUUUUCCUGUCGUUAU
---.-..(((((----((((..(((((((((-(.((..(((((...((((((((((((........)))))))))))))))))...)).))))))).)))..))).....))).))).. ( -25.70)
>DroMoj_CAF1 208537 99 - 1
U-AGACGAACAC----AAAGUAUUGCA---ACAAUGAAGGACAAAUUUGUUUUUGAUAGAAAGUCAUGUCAAAAACAAUAGCCCAACUAUUG----UCAUACUUUACUU-CU-------
.-....(((...----(((((((.(((---(.......((......((((((((((((........))))))))))))...))......)))----).)))))))..))-).------- ( -21.12)
>DroAna_CAF1 239012 113 - 1
AUAG-ACAGUAC----AAAAUAAUAGGAGAACAAAGAAGGGCAAAUUUGUUUUUGAUAGAAAGUCAUGUCAGAAACAAUGUCCCAACUAUUGUAUGUCAUCCUUUUUUA-UGUUUUUAU
..((-(((....----((((....((((((((((((..(((((...((((((((((((........)))))))))))))).)))..)).))))...)).)))).)))).-))))).... ( -25.40)
>consensus
AUAG_AGAACAC____AAAAUAAUAGAAG_ACAAAGAAGGGCAAAUUUGUUUUUGAUAGAAAGUCAUGUCAAAAACAAUGUCCCAACUAUUGU_UGUCAUCCUUUUUUU_UC_______
......................................(((((...((((((((((((........))))))))))))))))).................................... (-14.86 = -15.08 +   0.22) 

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