Locus 924

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	2,654,422 – 2,654,528
Length	106
Max. P	0.672146

overview

Window 7

Location	2,654,422 – 2,654,528
Length	106
Sequences	6
Columns	109
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.63
Mean single sequence MFE	-41.13
Consensus MFE	-19.35
Energy contribution	-22.13
Covariance contribution	2.78
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.01
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	0.12
SVM RNA-class probability	0.593578
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2654422 106 + 22407834
---AGAGUCUUAUUGGUCAGCUGGAUGCCCGGGUUUCUGGCGAGAGCCAGUCUGAGCGUCAUAGAAAUAUGACCGAGCACCUGCUAAGGAUGUCCAAGCUGUUCCAGAU
---.........((((.(((((((((((.((((((((((((....)))))...)))).(((((....)))))))).)).(((....)))..)))).)))))..)))).. ( -43.30)
>DroSec_CAF1 75267 106 + 1
---AGAGUCUUAUUGGUCAGCUGGAUGCCCGGGUUUCUGGCGAGAGCCAGUCUGAGCGUCAUAGAAAUAUGACCGAGCACCUGCUUCGGAUGUCCAAGCUGUUCCAGAU
---.........((((.(((((((((..(((.(((((((((....)))))...))))((((((....)))))).((((....)))))))..)))).)))))..)))).. ( -44.80)
>DroSim_CAF1 76308 106 + 1
---AGAGUCUUAUCAGUCAGCUGGAUGCCCGGGUUUCUGGCGAGAGCCAGUCUGAGCGUCAUAGAAAUAUGACCGAGCACCUGCUGCGGAUGUCCAAGCUGUUCCAGAU
---...((((...((((((((.((.(((.((((((((((((....)))))...)))).(((((....)))))))).))))).)))).((....))..))))....)))) ( -40.80)
>DroEre_CAF1 83640 106 + 1
---AGAGCCUCAUUGGCCAACUGGAUGCUCGGGUUUCCGGCGAGAAUCAGUCUGUGCGCCAUAGAGAGAUGACCGCGCACCUGCACAGGAUGUCCAAGCUGUUCCAGAU
---.(.(((.....))))..(((((.(((.(((..(((.(((...(((..((((((...))))))..)))...)))((....))...)))..))).)))...))))).. ( -38.10)
>DroYak_CAF1 78689 106 + 1
---AGCGUCUCAUUGGUCAACUGGAUGCCCGGGUUGCUGGCGAGAAUCAGUCUGAGCGCCAUAGGAAUAUGACCGCACAUCUGCAAAGGAUGUCCAAGCUGUUCCAAAU
---(((........(((((.((((....))))(((.((((((....((.....)).))))..)).))).)))))(.((((((.....)))))).)..)))......... ( -29.80)
>DroPer_CAF1 94721 109 + 1
UGGAGAAGGUGAUCGCCAGGCUGGACGACCGGGUGGAGGGGGCGGAGCAGCUGCGGUGCCAUCGCCAGAUGGCCAAGAAGCUGCGGCACCUGUCCAACCUGUUCCUCUA
(((((..(((....))).........((.((((((((.(((((...((((((...(.((((((....)))))))....)))))).)).))).))).))))).))))))) ( -50.00)
>consensus
___AGAGUCUUAUUGGUCAGCUGGAUGCCCGGGUUUCUGGCGAGAACCAGUCUGAGCGCCAUAGAAAUAUGACCGAGCACCUGCUAAGGAUGUCCAAGCUGUUCCAGAU
............((((.((((((((((((((((((((.(((........)))...(.((((((....)))))))))).)))))....)).))))).)))))..)))).. (-19.35 = -22.13 +   2.78)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	2,654,422 – 2,654,528
Length	106
Sequences	6
Columns	109
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.63
Mean single sequence MFE	-36.95
Consensus MFE	-20.20
Energy contribution	-20.35
Covariance contribution	0.15
Combinations/Pair	1.40
Mean z-score	-1.79
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.29
SVM RNA-class probability	0.672146
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2654422 106 - 22407834
AUCUGGAACAGCUUGGACAUCCUUAGCAGGUGCUCGGUCAUAUUUCUAUGACGCUCAGACUGGCUCUCGCCAGAAACCCGGGCAUCCAGCUGACCAAUAAGACUCU---
...(((..(((((.(((...(((....)))((((((((((((....)))))).......(((((....))))).....)))))))))))))).)))..........--- ( -36.00)
>DroSec_CAF1 75267 106 - 1
AUCUGGAACAGCUUGGACAUCCGAAGCAGGUGCUCGGUCAUAUUUCUAUGACGCUCAGACUGGCUCUCGCCAGAAACCCGGGCAUCCAGCUGACCAAUAAGACUCU---
...(((..((((((((....))))....((((((((((((((....)))))).......(((((....))))).....))))))))..)))).)))..........--- ( -36.90)
>DroSim_CAF1 76308 106 - 1
AUCUGGAACAGCUUGGACAUCCGCAGCAGGUGCUCGGUCAUAUUUCUAUGACGCUCAGACUGGCUCUCGCCAGAAACCCGGGCAUCCAGCUGACUGAUAAGACUCU---
.(((....(((...((....)).((((.((((((((((((((....)))))).......(((((....))))).....))))))))..)))).)))...)))....--- ( -36.50)
>DroEre_CAF1 83640 106 - 1
AUCUGGAACAGCUUGGACAUCCUGUGCAGGUGCGCGGUCAUCUCUCUAUGGCGCACAGACUGAUUCUCGCCGGAAACCCGAGCAUCCAGUUGGCCAAUGAGGCUCU---
..(((((...((((((...(((.((((((((((((.((.........)).))))))...))).....))).)))...)))))).)))))..((((.....))))..--- ( -36.20)
>DroYak_CAF1 78689 106 - 1
AUUUGGAACAGCUUGGACAUCCUUUGCAGAUGUGCGGUCAUAUUCCUAUGGCGCUCAGACUGAUUCUCGCCAGCAACCCGGGCAUCCAGUUGACCAAUGAGACGCU---
..((((..(((((.(((..(((.((((.((((((....))))))....(((((...(((.....))))))))))))...)))..)))))))).)))).........--- ( -27.20)
>DroPer_CAF1 94721 109 - 1
UAGAGGAACAGGUUGGACAGGUGCCGCAGCUUCUUGGCCAUCUGGCGAUGGCACCGCAGCUGCUCCGCCCCCUCCACCCGGUCGUCCAGCCUGGCGAUCACCUUCUCCA
....(((.((((((((((.((((..((((((.(...((((((....))))))...).))))))..))))....((....))..))))))))))..((......))))). ( -48.90)
>consensus
AUCUGGAACAGCUUGGACAUCCGCAGCAGGUGCUCGGUCAUAUUUCUAUGACGCUCAGACUGGCUCUCGCCAGAAACCCGGGCAUCCAGCUGACCAAUAAGACUCU___
........(((((.(((...((......))((((((((((((....)))))).......(((........))).....))))))))))))))................. (-20.20 = -20.35 +   0.15)

alignment

secondary structure

dotplot

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