Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,556,142 – 2,556,267 |
Length | 125 |
Max. P | 0.985233 |
Location | 2,556,142 – 2,556,250 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.43 |
Mean single sequence MFE | -40.35 |
Consensus MFE | -25.74 |
Energy contribution | -27.78 |
Covariance contribution | 2.05 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -4.03 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 1.87 |
SVM RNA-class probability | 0.980591 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2556142 108 + 22407834 GUGGCAGCUCCUCGGCUAUCGCCUUUGUGCCCUUAUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGCGGCGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUUCC (((((.((.(...(((....)))...).)).....((((.......))))..)))))((.((((..((((((((((((--(....))))))))))))).)))--)))..... ( -42.30) >DroSec_CAF1 135569 108 + 1 GUGGCAGCUCCUAGGCUCUCGCCUUUGUGCCCUUAUGCUAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGGGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUGCC (((((.((.(..((((....))))..).)).....((((.......))))..)))))((((((((((.((((((((((--(....))))))))))).).)))--))..)))) ( -44.80) >DroSim_CAF1 139596 108 + 1 GUGACAGCUCCUCGGCUCUCGCCUUUGUGCCCUUAUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUGCC (((((.((.(...(((....)))...).)).....((((.......))))..)))))(((((((((((((((((((((--(....))))))))))))).)))--))..)))) ( -48.80) >DroEre_CAF1 139785 100 + 1 GUGGCAGCUC--------UCGCCUUUGUGCCCUUAUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGACAAAGAGGCGUAUACGUAA--UGCGCAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUUCC (((((.((.(--------........).)).....((((.......))))..))))).....((((((((((((((((--(....))))))))))))).)))--)....... ( -36.80) >DroYak_CAF1 139530 112 + 1 GUGGCAGCUCCUCGGCACCCGCCUUUGUGCCCGUAUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAAUAUGCGCAUUACGUAUACGCACUCUCUCCUUUCC (((((........(((((........)))))....((((.......))))..)))))((.(((((((((((((((((((......))))))))))))).))))))))..... ( -50.30) >DroAna_CAF1 194327 88 + 1 GUGGCAUCUCUUGCGCUU---CCAUUCUGACGU--AGCCAUUAUCAGGCAAAGCCAGAGCAGACUUGCGAAUACGUA-------------GUACACGUACUC--CCC----A ...(((..(((.(((...---.)..((((.(..--.(((.......)))...).)))))))))..)))((.(((((.-------------....))))).))--...----. ( -19.10) >consensus GUGGCAGCUCCUCGGCUCUCGCCUUUGUGCCCUUAUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAA__UGCGUAUUACGUAUACGCACUC__UCCUUUCC (((((.((.....(((....))).....)).....((((.......))))..)))))((..(((..((((((((((((........)))))))))))).)))...))..... (-25.74 = -27.78 + 2.05)
Location | 2,556,142 – 2,556,250 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.43 |
Mean single sequence MFE | -44.37 |
Consensus MFE | -25.96 |
Energy contribution | -27.37 |
Covariance contribution | 1.41 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -4.22 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 2.00 |
SVM RNA-class probability | 0.985233 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2556142 108 - 22407834 GGAAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACGCCGCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAUAAGGGCACAAAGGCGAUAGCCGAGGAGCUGCCAC ((...(((--(((((((((((((((((....)--))))))))))).)))))).(((((.(((((((.......)))).)))..)))...(((....)))..))..)).)).. ( -44.40) >DroSec_CAF1 135569 108 - 1 GGCAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACCCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUAGCAUAAGGGCACAAAGGCGAGAGCCUAGGAGCUGCCAC ((((.(((--(((.(.(((((((((((....)--)))))))))).))))))).(((((.((((((.........))).)))..)))..((((....)))).))...)))).. ( -43.50) >DroSim_CAF1 139596 108 - 1 GGCAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAUAAGGGCACAAAGGCGAGAGCCGAGGAGCUGUCAC ((((..((--(((.(((((((((((((....)--)))))))))))))))))))))(((((..((((.......))))....(((.(...(((....)))...).)))))))) ( -54.40) >DroEre_CAF1 139785 100 - 1 GGAAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUGCGCA--UUACGUAUACGCCUCUUUGUCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAUAAGGGCACAAAGGCGA--------GAGCUGCCAC ((...(((--(((.(((((((((((((....)--))))))))))))))))))...(((.(((((((.......)))).)))..)))...(((..--------..))).)).. ( -42.60) >DroYak_CAF1 139530 112 - 1 GGAAAGGAGAGAGUGCGUAUACGUAAUGCGCAUAUUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAUACGGGCACAAAGGCGGGUGCCGAGGAGCUGCCAC ((...((((((((.((((((((((((((....)))))))))))))))))))).))((..(((((((.......))))....(((((........))))))))..))..)).. ( -50.70) >DroAna_CAF1 194327 88 - 1 U----GGG--GAGUACGUGUAC-------------UACGUAUUCGCAAGUCUGCUCUGGCUUUGCCUGAUAAUGGCU--ACGUCAGAAUGG---AAGCGCAAGAGAUGCCAC (----((.--(((((((((...-------------)))))))))((...(((..((((((...(((.......))).--..))))))..))---)...))........))). ( -30.60) >consensus GGAAAGGA__GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA__UUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAUAAGGGCACAAAGGCGAGAGCCGAGGAGCUGCCAC .....((...(((.((((((((((((........))))))))))))..)))..))(((.(((((((.......))))..))).)))...((((....(....)...)))).. (-25.96 = -27.37 + 1.41)
Location | 2,556,176 – 2,556,267 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 6 |
Columns | 95 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.17 |
Mean single sequence MFE | -30.22 |
Consensus MFE | -17.76 |
Energy contribution | -18.75 |
Covariance contribution | 0.99 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -4.29 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 1.58 |
SVM RNA-class probability | 0.965487 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2556176 91 + 22407834 AUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGCGGCGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUUCCAAUUCCCCAGCUCACCU .((((.......)))).......((.((((..((((((((((((--(....))))))))))))).)))--)))...................... ( -29.80) >DroSec_CAF1 135603 91 + 1 AUGCUAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGGGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUGCCAAUUCCCCAGCUCACCU .((((.......)))).......((((((((((.((((((((((--(....))))))))))).).)))--))..))))................. ( -31.10) >DroSim_CAF1 139630 91 + 1 AUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUGCCAAUUCCCCAGCUCACCU .((((.......)))).......(((((((((((((((((((((--(....))))))))))))).)))--))..))))................. ( -37.40) >DroEre_CAF1 139811 91 + 1 AUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGACAAAGAGGCGUAUACGUAA--UGCGCAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUUCCAAUUCCCCGGCUCACCU ..(((.......(((...))).......((((((((((((((((--(....))))))))))))).)))--)...............)))...... ( -28.90) >DroYak_CAF1 139564 95 + 1 AUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAAUAUGCGCAUUACGUAUACGCACUCUCUCCUUUCCAAUUCCCCGGCUCACCU ..(((.......(((...)))..((.(((((((((((((((((((......))))))))))))).)))))))).............)))...... ( -36.20) >DroAna_CAF1 194357 71 + 1 -AGCCAUUAUCAGGCAAAGCCAGAGCAGACUUGCGAAUACGUA-------------GUACACGUACUC--CCC----AGAGUCCUUCGCUC---- -.(((.......))).......((((.(((((..((.(((((.-------------....))))).))--...----.)))))....))))---- ( -17.90) >consensus AUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAA__UGCGUAUUACGUAUACGCACUC__UCCUUUCCAAUUCCCCAGCUCACCU .((((.......))))..((....)).(((..((((((((((((........)))))))))))).)))........................... (-17.76 = -18.75 + 0.99)
Location | 2,556,176 – 2,556,267 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 6 |
Columns | 95 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.17 |
Mean single sequence MFE | -33.90 |
Consensus MFE | -21.75 |
Energy contribution | -22.02 |
Covariance contribution | 0.27 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -3.36 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 1.13 |
SVM RNA-class probability | 0.920498 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2556176 91 - 22407834 AGGUGAGCUGGGGAAUUGGAAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACGCCGCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAU ((((.(.(..(....)..)...(((--(((((((((((((((((....)--))))))))))).)))))).)).).))))((((.......)))). ( -33.10) >DroSec_CAF1 135603 91 - 1 AGGUGAGCUGGGGAAUUGGCAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACCCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUAGCAU (((..(....((..((.((((..((--(((.(.(((((((((((....)--)))))))))).))))))))))))..)))..)))........... ( -31.10) >DroSim_CAF1 139630 91 - 1 AGGUGAGCUGGGGAAUUGGCAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAU .(((..((..(....)..))..(((--(((.(((((((((((((....)--))))))))))))))))))))).......((((.......)))). ( -40.40) >DroEre_CAF1 139811 91 - 1 AGGUGAGCCGGGGAAUUGGAAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUGCGCA--UUACGUAUACGCCUCUUUGUCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAU .((....))(((..((.((...(((--(((.(((((((((((((....)--)))))))))))))))))).))))..)))((((.......)))). ( -34.30) >DroYak_CAF1 139564 95 - 1 AGGUGAGCCGGGGAAUUGGAAAGGAGAGAGUGCGUAUACGUAAUGCGCAUAUUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAU ......(((((((....(....((((((((.((((((((((((((....)))))))))))))))))))).))....)....))).....)))).. ( -39.60) >DroAna_CAF1 194357 71 - 1 ----GAGCGAAGGACUCU----GGG--GAGUACGUGUAC-------------UACGUAUUCGCAAGUCUGCUCUGGCUUUGCCUGAUAAUGGCU- ----((((...(((((..----.(.--(((((((((...-------------))))))))).).))))))))).......(((.......))).- ( -24.90) >consensus AGGUGAGCUGGGGAAUUGGAAAGGA__GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA__UUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAU ......(((((((.........((...(((.((((((((((((........))))))))))))..)))..)).........))).....)))).. (-21.75 = -22.02 + 0.27)
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