| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 2,538,714 – 2,538,814 |
| Length | 100 |
| Max. P | 0.982880 |
| Location | 2,538,714 – 2,538,814 |
|---|---|
| Length | 100 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 108 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 91.18 |
| Mean single sequence MFE | -37.78 |
| Consensus MFE | -32.52 |
| Energy contribution | -33.76 |
| Covariance contribution | 1.24 |
| Combinations/Pair | 1.03 |
| Mean z-score | -1.93 |
| Structure conservation index | 0.86 |
| SVM decision value | 1.93 |
| SVM RNA-class probability | 0.982880 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2538714 100 + 22407834 -AGUGGCGGCUGCUUUCGGCUACAUUUCUAGUUCAUUUCCGGCUAAAAAUGAGCUGGUGCUC-----CGGGUAGCUGUAGCAG--CAGCAGGAUAGCUGGCUAUGUGG -.(((((.((((((..(((((((....(((((((((((........))))))))))).....-----...))))))).)))))--)(((......))).))))).... ( -40.30) >DroSec_CAF1 118281 100 + 1 -AGUGGCGGCUGCUUUCGGCUACAUUUCUAGUUCAUUUCCGCCUAAAAAUGAGCUGCUGCUC-----CGGGUAGCUGUAGCUG--CAGCUGGAUAGCUGGCUAUGUGG -.....(((((((....(((((((.....(((((((((........)))))))))(((((..-----...)))))))))))))--)))))).((((....)))).... ( -36.60) >DroSim_CAF1 121364 100 + 1 -AGUGGCGGCUGCUUUCGGCUACAUUUCUAGUUCAUUUCCGGCUAAAAAUGAGCUGCUGCUC-----CGGGUAGCUGUAGCUG--CAGCAGGAUAGCUGGCUAUGUGG -.(((((((((((((.((((((((.....(((((((((........)))))))))(((((..-----...)))))))))))))--....))).))))).))))).... ( -36.20) >DroEre_CAF1 121510 100 + 1 CAGUGGCGGCUGCUUUCGGCUACAUUUCUGGUUCAUUUCCGGCUAAAAAUGAGCUGCUGCUCCCGCCCGGGUAGCUGCAGCUG--------GCUAGCUGGCUAUGUGG (((..(..((((....))))..)....)))...(((..(((((((....(.((((((.((((((....))).))).)))))).--------).)))))))..)))... ( -39.60) >DroYak_CAF1 121907 102 + 1 -AGUGGCGGCUGCUUUCGGCUACAUUUCUAGUUCAUUUCCGGCUAAAAAUGAGCUGCUGCUC-----CGGGUUGCUGUAGCUGGAUAGCUGGAUAGCUGGCUAUGUGG -.((((((((((..(((((((((((((.(((((.......))))).)))))((((((.((..-----......)).))))))...))))))))))))).))))).... ( -36.20) >consensus _AGUGGCGGCUGCUUUCGGCUACAUUUCUAGUUCAUUUCCGGCUAAAAAUGAGCUGCUGCUC_____CGGGUAGCUGUAGCUG__CAGCAGGAUAGCUGGCUAUGUGG ..((((((((((((..((((((((.....(((((((((........)))))))))(((((((......)))))))))))))))...))).....)))).))))).... (-32.52 = -33.76 + 1.24)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:48:02 2006