Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,457,992 – 2,458,112 |
Length | 120 |
Max. P | 0.534539 |
Location | 2,457,992 – 2,458,112 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.44 |
Mean single sequence MFE | -58.43 |
Consensus MFE | -42.34 |
Energy contribution | -42.48 |
Covariance contribution | 0.14 |
Combinations/Pair | 1.31 |
Mean z-score | -1.94 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.00 |
SVM RNA-class probability | 0.534539 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2457992 120 - 22407834 AGCGGCUGCUUGUGCUGCCACCGCUCGUGCGCCUCGUCCGCGCUGCGGCGCAGGCGUACAUGGUGGUGUGGGGCCGGCUUCAGGGAGCGGACCGUCCGCACCUCCACCAGCAGUCCGUAG .(((((((((.(((((.((((((((.((((((((((.((((...)))))).))))))))..))))))).).))).((....(((..((((.....)))).))))))).))))).)))).. ( -64.70) >DroVir_CAF1 53767 120 - 1 AGCGGCUGCUUGUGCUGCCAAUCCUCGUGCGCCUCGUCCGCGCUGCGGCGUAAGCGCACAUGAUGAUGCGGCGCCGGCUUGAGGGAGCGCAUCGUCCGCACCUCCACCAGCAGGCCGUAG .(((((((((.(((((((..(((...((((((..((.((((...))))))...))))))..)))...))))))).((...((((..(((.......))).))))..)))))).))))).. ( -55.50) >DroGri_CAF1 53671 120 - 1 AACGGCUGCUUGUGCUGCCAGUCGUCGUGCGCUUCGUCCGCACUGCGGCGCAAGCGUACAUGAUGAUGUGGUGCCGGCUUGAGCGAUCUCAUCGUUCGCACCUCGAUGAGCAGGCCGUAG .(((((((((..(((.((((((((((((((((((((.((((...)))))).))))))))..)))))).)))))).((..((((((((...))))))))..))...)..)))).))))).. ( -57.20) >DroWil_CAF1 53834 120 - 1 AGCGGUUGCUUGUGUUGCCACUUAUCGUGCGCUUCGUCCGCACUGCGGCGCAAGCGUACAUGAUGAUGCGGCGCCGGCUUGAGAGAUCGCAUUGUUCGUACCUCCACCAGCAGGCCGUGG .(((((((((.(((..(((.((((((((((((((((.((((...)))))).))))))))..))))).).)))...((..((((.(((...))).))))..))..))).)))).))))).. ( -46.60) >DroMoj_CAF1 57064 120 - 1 AGCGGCUGCUUGUGCUGCCACUCCUCGUGCGCCUCGUCCGCACUGCGGCGUAGGCGCACGUGGUGGUGCGGCGCCGGCUUCAGGGAGCGCAUCGUGCGCACCUCCACCAGCAGCCCGAAG .(.(((((((.(((((((.(((((.(((((((((((.((((...)))))).))))))))).)).)))))))))).((....(((..((((.....)))).)))...)))))))))).... ( -69.20) >DroAna_CAF1 45876 120 - 1 AACGGUUGCUUGUGCUGCCACUGCUCAUGCGCCUCGUCCGCGCUGCGACGCAGUCGCACAUGUGGGUGCGGCGCCGGUUUCAGCGAGCGAACAGUUCGCACCUCCACAAGCAGUCCGUAG .(((((((((((((.((..((((.....(((((.(..(((((.((((((...))))))..)))))..).)))))))))..))((((((.....)))))).....))))))))).)))).. ( -57.40) >consensus AGCGGCUGCUUGUGCUGCCACUCCUCGUGCGCCUCGUCCGCACUGCGGCGCAAGCGCACAUGAUGAUGCGGCGCCGGCUUCAGGGAGCGCAUCGUUCGCACCUCCACCAGCAGGCCGUAG .(((((((((.(((.(((........((((((((((.((((...)))))).))))))))..(((((((((....).((((....)))))))))))).)))....))).))))).)))).. (-42.34 = -42.48 + 0.14)
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