Locus 861

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	2,455,079 – 2,455,193
Length	114
Max. P	0.961512

overview

Window 9

Location	2,455,079 – 2,455,193
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.40
Mean single sequence MFE	-36.58
Consensus MFE	-30.09
Energy contribution	-30.70
Covariance contribution	0.61
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-3.10
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	1.53
SVM RNA-class probability	0.961512
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2455079 114 + 22407834
UGGCUUCUACUCCUCGCAGUGCUGGCGACUUUUCAAACGAUUGUUCGAGUUGCUAGCACCGAGGAU------AUAUCCCAGAGAUUCAUCGCCGCCAUAGCGCCCGUUGCCGCUCAUAUU
(((..(.((.((((((..(((((((((((((..(((....)))...))))))))))))))))))))------).)..)))(((...((.((.(((....)))..)).))...)))..... ( -39.30)
>DroGri_CAF1 50060 100 + 1
UGGCUUCUACUCCUCGCAGUGCUGGCGACUUUUCAAACGAUCGUUCAAGUUGCUAGCACCGAGGAU------AUAUCAACGAGAUUUAUCGCAGCUAUAGCACCAA--------------
(((((.....((((((..(((((((((((((....(((....))).))))))))))))))))))).------.......(((......))).))))).........-------------- ( -34.40)
>DroWil_CAF1 51190 98 + 1
UGGCUUCUACUCCUGGCAGUGCUGGCGACUUUUCAAACGAUCGUUCAAGUUGCUAGCACCGAGGAU------AUAUCAGUUAGAUUUCUAGCAGCAAUAACGCC----------------
.(((......((((.(..(((((((((((((....(((....))).)))))))))))))).)))).------......(((((....))))).........)))---------------- ( -33.70)
>DroMoj_CAF1 52334 100 + 1
UGGCUUCUACUCCUCGCAGUGCUGGCGACUUUUCAAACGAUCGUUCAAGUUGCUAGCACCGAGGAU------AUAUCGACCAGAUUUAUCGCAGCGAUAGCGCCCA--------------
.(((......((((((..(((((((((((((....(((....))).))))))))))))))))))).------.(((((....((....))....)))))..)))..-------------- ( -38.20)
>DroAna_CAF1 42821 111 + 1
UGGCUUCUACUCCUCGCAGUGCUGGCGACUUUUCAAACGAUCGUUCGAGUUGCUAGCACCGAGGAC------AUAUCCCUGAGAUUCAUCGCAGCCAUAGCGCCU---CCUCCUAAGAUA
.(((......((((((..(((((((((((((....(((....))).))))))))))))))))))).------.(((..(((.((....)).)))..)))..))).---............ ( -36.60)
>DroPer_CAF1 37388 116 + 1
UGGAUUCUACUCCUCGCAGUGCUGGCGACUUCUCAACCGAUCGUUCAAGUUGCUAGCACCGAGGAUACGAGUAUAUCCCAGAGAUUCAUCGCAGCCAUAGCGCCUA--CCCGCACUGA--
.((((.((..((((((..(((((((((((((...(((.....))).)))))))))))))))))))....))...))))(((.((....)).........(((....--..))).))).-- ( -37.30)
>consensus
UGGCUUCUACUCCUCGCAGUGCUGGCGACUUUUCAAACGAUCGUUCAAGUUGCUAGCACCGAGGAU______AUAUCCCAGAGAUUCAUCGCAGCCAUAGCGCCCA______________
.(((......((((((..(((((((((((((....(((....))).)))))))))))))))))))............................((....)))))................ (-30.09 = -30.70 +   0.61)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	2,455,079 – 2,455,193
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.40
Mean single sequence MFE	-34.07
Consensus MFE	-28.26
Energy contribution	-28.60
Covariance contribution	0.34
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.30
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.17
SVM RNA-class probability	0.616436
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2455079 114 - 22407834
AAUAUGAGCGGCAACGGGCGCUAUGGCGGCGAUGAAUCUCUGGGAUAU------AUCCUCGGUGCUAGCAACUCGAACAAUCGUUUGAAAAGUCGCCAGCACUGCGAGGAGUAGAAGCCA
......((((.(....).)))).((((.((.....(((.....)))..------.(((((((((((.((.((((((((....))))))...)).)).)))))..))))))))....)))) ( -37.20)
>DroGri_CAF1 50060 100 - 1
--------------UUGGUGCUAUAGCUGCGAUAAAUCUCGUUGAUAU------AUCCUCGGUGCUAGCAACUUGAACGAUCGUUUGAAAAGUCGCCAGCACUGCGAGGAGUAGAAGCCA
--------------.((((.((((..(.((((......)))).)....------.(((((((((((.((.((((((((....))))...)))).)).)))))..))))))))))..)))) ( -31.40)
>DroWil_CAF1 51190 98 - 1
----------------GGCGUUAUUGCUGCUAGAAAUCUAACUGAUAU------AUCCUCGGUGCUAGCAACUUGAACGAUCGUUUGAAAAGUCGCCAGCACUGCCAGGAGUAGAAGCCA
----------------(((.......((((.....(((.....)))..------.(((((((((((.((.((((((((....))))...)))).)).)))))))..))))))))..))). ( -29.90)
>DroMoj_CAF1 52334 100 - 1
--------------UGGGCGCUAUCGCUGCGAUAAAUCUGGUCGAUAU------AUCCUCGGUGCUAGCAACUUGAACGAUCGUUUGAAAAGUCGCCAGCACUGCGAGGAGUAGAAGCCA
--------------..(((..((((((((.((....))))).))))).------.(((((((((((.((.((((((((....))))...)))).)).)))))..))))))......))). ( -33.10)
>DroAna_CAF1 42821 111 - 1
UAUCUUAGGAGG---AGGCGCUAUGGCUGCGAUGAAUCUCAGGGAUAU------GUCCUCGGUGCUAGCAACUCGAACGAUCGUUUGAAAAGUCGCCAGCACUGCGAGGAGUAGAAGCCA
..(((.....))---)(((.((((..(((.((....)).)))......------.(((((((((((.((.((((((((....))))))...)).)).)))))..))))))))))..))). ( -34.90)
>DroPer_CAF1 37388 116 - 1
--UCAGUGCGGG--UAGGCGCUAUGGCUGCGAUGAAUCUCUGGGAUAUACUCGUAUCCUCGGUGCUAGCAACUUGAACGAUCGGUUGAGAAGUCGCCAGCACUGCGAGGAGUAGAAUCCA
--.((((((.((--(.((((((..((.(((((((.(((.....))).)).))))).))..))))))..(((((.((....))))))).......))).))))))...(((......))). ( -37.90)
>consensus
______________UAGGCGCUAUGGCUGCGAUAAAUCUCAGGGAUAU______AUCCUCGGUGCUAGCAACUUGAACGAUCGUUUGAAAAGUCGCCAGCACUGCGAGGAGUAGAAGCCA
................(((.......((((.....(((.....))).........(((((((((((.((.((((((((....)))))...))).)).)))))..))))))))))..))). (-28.26 = -28.60 +   0.34)

alignment

secondary structure

dotplot

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