Locus 859

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	2,450,017 – 2,450,147
Length	130
Max. P	0.996936

overview

Window 6

Location	2,450,017 – 2,450,107
Length	90
Sequences	6
Columns	109
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.83
Mean single sequence MFE	-31.28
Consensus MFE	-19.69
Energy contribution	-20.25
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.36
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	0.86
SVM RNA-class probability	0.868746
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2450017 90 + 22407834
CGCUCGCACUUGU-----GC-------AAU------CCAUAUAACAUGGCAUGUG-CGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCAUCGCUGCCUG
.....(((....)-----))-------...------...........((((...(-((((((((((((((((((....)))))))))).....)).))))))))))).. ( -31.40)
>DroSec_CAF1 29194 90 + 1
CGCUCUCACUUGU-----GC-------AAU------CCAUAUAGCAUGGCAUGUG-CGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCAUCGCUGCCUG
.((.(......).-----))-------...------...........((((...(-((((((((((((((((((....)))))))))).....)).))))))))))).. ( -30.30)
>DroSim_CAF1 30573 90 + 1
CGCUCGCACUUGU-----GC-------AAU------CCAUAUAGCAUGGCAUGUG-CGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCAUCGCUGCCUG
.....(((....)-----))-------...------...........((((...(-((((((((((((((((((....)))))))))).....)).))))))))))).. ( -31.40)
>DroEre_CAF1 31278 90 + 1
CGCUCGCACUUGU-----GC-------CAU------CCAUAUUGCAUGGCAUGUG-CGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCACCGCUGCCUG
.((..((((..((-----((-------(((------.(.....).))))))))))-)(((((((((((((((((....)))))))))).....)).)))))))...... ( -37.20)
>DroWil_CAF1 45357 98 + 1
CGCUCACUCUAGUCUUGGGCUUAUCCGGAU------CCAUACC--GUGUC-UGUGUCUGUAGAUCUGUAUAGAUUCUUAUGAUCAU--UUAUUUGGCUGGCGCUGACUG
.........(((((..(.(((...((((((------(.((((.--(.(((-((......)))))).)))).)))))..((((....--))))..))..))).).))))) ( -20.60)
>DroYak_CAF1 29921 96 + 1
CGCUCGCACUUGU-----GC-------CAUCAUAUGCCAUAUAGCAUGGCAUGUG-CGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCAUCGCUGCCUG
.((..(((....)-----))-------....(((((((((.....)))))))))(-((((((((((((((((((....)))))))))).....)).))))))).))... ( -36.80)
>consensus
CGCUCGCACUUGU_____GC_______AAU______CCAUAUAGCAUGGCAUGUG_CGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCAUCGCUGCCUG
...............................................((((...(.((((((..((((((((((....))))))))))........))))))))))).. (-19.69 = -20.25 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	2,450,039 – 2,450,147
Length	108
Sequences	5
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.15
Mean single sequence MFE	-38.66
Consensus MFE	-37.14
Energy contribution	-36.98
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.02
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	2.77
SVM RNA-class probability	0.996936
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2450039 108 + 22407834
AUAACAUGGCAUGUGCGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCAUCGCUGCCUGGCUGGCUGGCACAUCUGAACAUCCGAGCAUCGGAACAACU
.......((.((((((((((...((((((((((....))))))))))......))))......(((.....)))..)))))))).....((((.....))))...... ( -36.70)
>DroSec_CAF1 29216 108 + 1
AUAGCAUGGCAUGUGCGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCAUCGCUGCCUGGCUGGCUGGCACAUCUGAACAUCCGAGCAUCGGAACAACU
.(((.(((((....(((((((((((((((((((....)))))))))).....)).))))))).(((.....)))..)).))))))....((((.....))))...... ( -37.90)
>DroSim_CAF1 30595 108 + 1
AUAGCAUGGCAUGUGCGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCAUCGCUGCCUGGCUGGCUGGCACAUCUGAACAUCCGAGCAUCGGAACAACU
.(((.(((((....(((((((((((((((((((....)))))))))).....)).))))))).(((.....)))..)).))))))....((((.....))))...... ( -37.90)
>DroEre_CAF1 31300 108 + 1
AUUGCAUGGCAUGUGCGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCACCGCUGCCUGGCUGGCUGGCACAUCUGAACCUCCGAGCAUCGGAGCAACU
.((((..((.(((((((((((((((((((((((....)))))))))).....)).)))))...(((.....)))..)))))))).....((((.....)))))))).. ( -42.90)
>DroYak_CAF1 29949 108 + 1
AUAGCAUGGCAUGUGCGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCAUCGCUGCCUGGCUGGCUGGCACAUCUGAACAUCCGAGCAUCGGAACAACU
.(((.(((((....(((((((((((((((((((....)))))))))).....)).))))))).(((.....)))..)).))))))....((((.....))))...... ( -37.90)
>consensus
AUAGCAUGGCAUGUGCGGUGGAUCGGUGAUCAUGAUCGUGAUCAUCGUCAUUAUACCAUCGCUGCCUGGCUGGCUGGCACAUCUGAACAUCCGAGCAUCGGAACAACU
.......((.(((((((((((((((((((((((....)))))))))).....)).)))))...(((.....)))..)))))))).....((((.....))))...... (-37.14 = -36.98 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

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