Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,415,452 – 2,415,572 |
Length | 120 |
Max. P | 0.922590 |
Location | 2,415,452 – 2,415,572 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.56 |
Mean single sequence MFE | -29.44 |
Consensus MFE | -20.00 |
Energy contribution | -20.32 |
Covariance contribution | 0.32 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -1.99 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.51 |
SVM RNA-class probability | 0.762287 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2415452 120 + 22407834 AUAUUUGUAGCUUAUAAAUAGAAUACAUAUUAUACGAUUAUCCUAUGUGCUUAUGUACAAGACAAGCCUUGGGGGAAAUCCACAGGCAGGUGCCACGUUAUAUACUUUAUCUUGCUGCAG .....((((((......(((((....((((...(((.....(((.(((((....)))))......((((((((.....)))).))))))).....))).))))..)))))...)))))). ( -27.30) >DroSec_CAF1 4299 117 + 1 A---UUGUAGCGUACAAAUAGAAUACAUAUAAUGCGAUUAUCUUAUGUACUUAUGUACAUGACAAGCCUUCGGGGAAGUCCACAGGCAGAUGCCACGUUAUAUACUUUAGUUUGCUGCAG .---.(((((((.((.....(....)((((((((.((((.((((((((((....))))))))....((....))))))))....(((....))).))))))))......)).))))))). ( -31.60) >DroSim_CAF1 3973 120 + 1 AUAUUUGUAGCGUACAAAUAGAAUACAUAUAAUGCGAUUAUCUUAUGUACUUAUGUACAUGACAAGCCUUCGGGGAAGUCCACAGGCAGAUGCCACGUUAUAUACUUUAGCUUGCUGCAG .....(((((((((.........)))((((((((.((((.((((((((((....))))))))....((....))))))))....(((....))).))))))))..........)))))). ( -31.30) >DroEre_CAF1 4134 118 + 1 AUAUUCGCAGCGUACAAAACUAAUACAUAUAACGCGUCUAUCUUAUGUAUU--UGCACAUGUCAUUCCCUGGCUGAAUUCCACAGGCAGAUGCCACGUUAUAUACUUUAUCUUGCUGCAA ......((((((((.........)))(((((((((((((....(((((...--...)))))......((((...........)))).))))))...)))))))..........))))).. ( -26.70) >DroYak_CAF1 4750 118 + 1 AUAUUUGCAGCAUAUAAAUCGAAUACAUAUAACGGGGUUGUCUUAUGUACU--CGAACAUGUUAGGCCGUAGCUGAAUUCCACAGGCAGAUGCCACGUUAUAUACUUUAUCUUGCUGCAA ....((((((((.(((((..(....)((((((((.((((....(((((...--...)))))...))))................(((....))).))))))))..)))))..)))))))) ( -30.30) >consensus AUAUUUGUAGCGUACAAAUAGAAUACAUAUAAUGCGAUUAUCUUAUGUACUUAUGUACAUGACAAGCCUUCGGGGAAGUCCACAGGCAGAUGCCACGUUAUAUACUUUAUCUUGCUGCAG ....((((((((..............((((((((.........(((((((....))))))).......................(((....))).)))))))).........)))))))) (-20.00 = -20.32 + 0.32)
Location | 2,415,452 – 2,415,572 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.56 |
Mean single sequence MFE | -31.92 |
Consensus MFE | -19.60 |
Energy contribution | -20.76 |
Covariance contribution | 1.16 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.70 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 1.15 |
SVM RNA-class probability | 0.922590 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2415452 120 - 22407834 CUGCAGCAAGAUAAAGUAUAUAACGUGGCACCUGCCUGUGGAUUUCCCCCAAGGCUUGUCUUGUACAUAAGCACAUAGGAUAAUCGUAUAAUAUGUAUUCUAUUUAUAAGCUACAAAUAU .((.(((.(((((.(((((((((((.(((....)))))).((((..((.....((((((.......)))))).....))..))))......)))))))).)))))....))).))..... ( -24.90) >DroSec_CAF1 4299 117 - 1 CUGCAGCAAACUAAAGUAUAUAACGUGGCAUCUGCCUGUGGACUUCCCCGAAGGCUUGUCAUGUACAUAAGUACAUAAGAUAAUCGCAUUAUAUGUAUUCUAUUUGUACGCUACAA---U .((.(((.................((((((...((((.(((......))).)))).))))))(((((..((((((((.(((......))).)))))))).....)))))))).)).---. ( -31.00) >DroSim_CAF1 3973 120 - 1 CUGCAGCAAGCUAAAGUAUAUAACGUGGCAUCUGCCUGUGGACUUCCCCGAAGGCUUGUCAUGUACAUAAGUACAUAAGAUAAUCGCAUUAUAUGUAUUCUAUUUGUACGCUACAAAUAU .((.(((.................((((((...((((.(((......))).)))).))))))(((((..((((((((.(((......))).)))))))).....)))))))).))..... ( -31.00) >DroEre_CAF1 4134 118 - 1 UUGCAGCAAGAUAAAGUAUAUAACGUGGCAUCUGCCUGUGGAAUUCAGCCAGGGAAUGACAUGUGCA--AAUACAUAAGAUAGACGCGUUAUAUGUAUUAGUUUUGUACGCUGCGAAUAU (((((((..........((((((((((..((((..((.(((.......))).))......(((((..--..))))).))))...))))))))))((((.......))))))))))).... ( -33.20) >DroYak_CAF1 4750 118 - 1 UUGCAGCAAGAUAAAGUAUAUAACGUGGCAUCUGCCUGUGGAAUUCAGCUACGGCCUAACAUGUUCG--AGUACAUAAGACAACCCCGUUAUAUGUAUUCGAUUUAUAUGCUGCAAAUAU ((((((((..(((((.......(((((......(((.((((.......)))))))....)))))(((--((((((((.(((......))).)))))))))))))))).)))))))).... ( -39.50) >consensus CUGCAGCAAGAUAAAGUAUAUAACGUGGCAUCUGCCUGUGGAAUUCCCCCAAGGCUUGUCAUGUACAUAAGUACAUAAGAUAAUCGCAUUAUAUGUAUUCUAUUUGUACGCUACAAAUAU .((.(((...............((((((((...((((..((....))....)))).)))))))).....((((((((.(((......))).))))))))..........))).))..... (-19.60 = -20.76 + 1.16)
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