Locus 7816

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 22,129,703 – 22,129,820
Length 117
Max. P 0.538718
window12525

overview

Window 5

Location 22,129,703 – 22,129,820
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.89
Mean single sequence MFE -47.07
Consensus MFE -27.33
Energy contribution -26.37
Covariance contribution -0.97
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.538718
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 22129703 117 - 22407834
GACUCGCAGG---UGAGCGAGGGCGAACUGUUGCCCAGACUGUUCAUACUCUGAUGCUGCUCCUGGAGCGUGAGCUGGCGUUCCAAGGACUCGAACUGUACCAAGGAGGAGCUGCGCGAU
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>DroVir_CAF1 2165 120 - 1
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>DroGri_CAF1 2681 120 - 1
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>DroWil_CAF1 533 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 546 120 - 1
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>DroAna_CAF1 14943 120 - 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

Postscript

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Postscript

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