Locus 7796

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	22,008,496 – 22,008,616
Length	120
Max. P	0.902855

overview

Window 7

Location	22,008,496 – 22,008,616
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.89
Mean single sequence MFE	-55.03
Consensus MFE	-33.25
Energy contribution	-33.59
Covariance contribution	0.34
Combinations/Pair	1.41
Mean z-score	-2.65
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.00
SVM RNA-class probability	0.897131
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 22008496 120 + 22407834
UGCAGUUGCUCUGCUACCGCCCCAAUCCGCCGCCAUGGCCGCUUACCUAGCCGCUGCCCAACAAAAUCACCUUCUGCUAACAAAUCCAUUGGCGGCAGCAGCUUCACUGGUCCAACAUGC
((.(((((((..((....))........(((((((.(((.(((.....))).)))((..................))............)))))))))))))).)).............. ( -29.17)
>DroVir_CAF1 40338 120 + 1
AGCUGCGGCUCUGCUGCCGCCGCAGUCGGCAGCGAUGGCCGCUUACCUGGCGGCCGCGCAACAGAAUCACCUGCUGCUGACCAAUCCGUUGGCGGCGGCCGCUUCGCUGGUGCAGCAGGC
.((((((((...((.((((((((.((((((((((.((((((((.....)))))))))))..(((......))).)))))))(((....))))))))))).))...)))...))))).... ( -67.20)
>DroGri_CAF1 49860 120 + 1
GGCUGCUGCGCUGCUGCCGCCGCAGUCGGCAGCGAUGGCUGCCUAUUUGGCGGCCGCUCAACAGAAUCAUUUGCUGCUCACAAAUCCGUUGGCAGCGGCUGCCUCGCUGGUGCAGCAGGC
(.(((((((((((((((....))))).((((((((((((((((.....)))))))).))............(((((((.((......)).))))))))))))).....)))))))))).) ( -65.50)
>DroWil_CAF1 27502 120 + 1
AGCAGCGGCUUUGCUUCCUCCACAAUCUGCCGCGAUGGCGGCGUACUUGGCAGCCGCGCAGCAGAAUCACUUGCUGCUAACGAAUCCCUUGGCAGCAGCCGCUUCGCUGGUACAGCAGGC
.(.((((((................(((((.(((.((((.((.......)).))))))).)))))......(((((((((.(....).))))))))))))))).)((((...)))).... ( -50.00)
>DroAna_CAF1 50144 120 + 1
UGCCGCUGCCCUGUUGCCGCCCCAGUCCGCGGCAAUGGCUGCCUACCUGGCGGCCGCCCAGCAGAAUCACCUGCUGCUCACGAAUCCCCUGGCGGCGGCCGCCUCCCUGGUCCAGCAGGC
.(((((((..((((((((((........))))))))))..(((.....((((((((((.(((((......)))))((.((.(.....).)))))))))))))).....))).)))).))) ( -60.70)
>DroPer_CAF1 70229 120 + 1
UGCCGCGGCACUGCUGCCACCGCAGUCGGCAGCGAUGGCCGCAUACCUGGCGGCUGCACAACAGAAUCACCUGCUGCUGACGAAUCCUCUGGCGGCAGCGGCCUCACUGGUGCAGCAGGC
.((((((((..(((((((((....)).)))))))...)))))..........(((((((..(((......(((((((((..((....))...))))))))).....)))))))))).))) ( -57.60)
>consensus
UGCAGCGGCUCUGCUGCCGCCGCAGUCGGCAGCGAUGGCCGCCUACCUGGCGGCCGCCCAACAGAAUCACCUGCUGCUAACGAAUCCCUUGGCGGCAGCCGCCUCGCUGGUGCAGCAGGC
.(((((.((...(((((...........)))))...(((((((.....)))))))))....(((......((((((((((........))))))))))........))).....)).))) (-33.25 = -33.59 +   0.34)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	22,008,496 – 22,008,616
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.89
Mean single sequence MFE	-58.48
Consensus MFE	-40.57
Energy contribution	-41.02
Covariance contribution	0.45
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-2.37
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	1.03
SVM RNA-class probability	0.902855
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 22008496 120 - 22407834
GCAUGUUGGACCAGUGAAGCUGCUGCCGCCAAUGGAUUUGUUAGCAGAAGGUGAUUUUGUUGGGCAGCGGCUAGGUAAGCGGCCAUGGCGGCGGAUUGGGGCGGUAGCAGAGCAACUGCA
...........((((....(((((((((((........(((((((((((.....))))))).))))((.(((((((.....))).)))).)).......)))))))))))....)))).. ( -47.60)
>DroVir_CAF1 40338 120 - 1
GCCUGCUGCACCAGCGAAGCGGCCGCCGCCAACGGAUUGGUCAGCAGCAGGUGAUUCUGUUGCGCGGCCGCCAGGUAAGCGGCCAUCGCUGCCGACUGCGGCGGCAGCAGAGCCGCAGCU
((((((((...))))...((((((((.(((((....)))))..((((((((....)))))))))))))))).))))..(((((..(((((((((.(....)))))))).))))))).... ( -66.20)
>DroGri_CAF1 49860 120 - 1
GCCUGCUGCACCAGCGAGGCAGCCGCUGCCAACGGAUUUGUGAGCAGCAAAUGAUUCUGUUGAGCGGCCGCCAAAUAGGCAGCCAUCGCUGCCGACUGCGGCGGCAGCAGCGCAGCAGCC
(((((((((...((((((((.((((((..((((((((((((.....)))))....))))))))))))).(((.....))).))).)))))((((....)))).))))))).))....... ( -61.50)
>DroWil_CAF1 27502 120 - 1
GCCUGCUGUACCAGCGAAGCGGCUGCUGCCAAGGGAUUCGUUAGCAGCAAGUGAUUCUGCUGCGCGGCUGCCAAGUACGCCGCCAUCGCGGCAGAUUGUGGAGGAAGCAAAGCCGCUGCU
((.(((((...))))).((((((((((((.((.(....).)).))))).......((((((((((((((((...))).)))))....))))))))((((.......))))))))))))). ( -49.50)
>DroAna_CAF1 50144 120 - 1
GCCUGCUGGACCAGGGAGGCGGCCGCCGCCAGGGGAUUCGUGAGCAGCAGGUGAUUCUGCUGGGCGGCCGCCAGGUAGGCAGCCAUUGCCGCGGACUGGGGCGGCAACAGGGCAGCGGCA
(((((((..(((.....((((((((((((((.(.....).)).))((((((....)))))).)))))))))).))).))))(((.(((((((........)))))))...)))...))). ( -66.80)
>DroPer_CAF1 70229 120 - 1
GCCUGCUGCACCAGUGAGGCCGCUGCCGCCAGAGGAUUCGUCAGCAGCAGGUGAUUCUGUUGUGCAGCCGCCAGGUAUGCGGCCAUCGCUGCCGACUGCGGUGGCAGCAGUGCCGCGGCA
(((((((((..(((((....)))))((......))........)))))))))..............(((((..(((((((.((((((((........)))))))).))).))))))))). ( -59.30)
>consensus
GCCUGCUGCACCAGCGAAGCGGCCGCCGCCAACGGAUUCGUCAGCAGCAGGUGAUUCUGUUGCGCGGCCGCCAGGUAAGCGGCCAUCGCUGCCGACUGCGGCGGCAGCAGAGCAGCAGCA
(((((((((.((((...(((((((((..((...)).........(((((((....))))))).)))))))))......(((((....)))))...))).)...))))))).))....... (-40.57 = -41.02 +   0.45)

alignment

secondary structure

dotplot

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