Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,220,085 – 2,220,184 |
Length | 99 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 2,220,085 – 2,220,184 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 99 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.20 |
Mean single sequence MFE | -42.95 |
Consensus MFE | -32.22 |
Energy contribution | -31.50 |
Covariance contribution | -0.72 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -2.18 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2220085 99 - 22407834 GGGCUUGGUCUGCCAGCCGGGCACGUCGGGCGUGGUGGUCGGGGUCUCCCCAUUGCUCAUGUUCACCAUUGUGCCCAUGUGCAUUAGGCAGAGCGAGCA ..(((((.((((((......((((((.(((((..(((((.((((...))))...((....))..)))))..)))))))))))....)))))).))))). ( -53.70) >DroPse_CAF1 1834 99 - 1 UGGCUUCGUUUGCCAGCCCUGCACCUCGGGCGUGGUGCUGAGCGUCUCGCCAUUGCUCAUGUUAAUCAUCGUUCCCAUGUGCAUCAGACAGAGCGAGCA ..(((.((((((((((((((((.(....)))).)).)))).))((((.(....(((.((((..(((....)))..)))).))).))))).)))))))). ( -34.40) >DroEre_CAF1 962 99 - 1 GGGCUUGGUCUGCCAGCCGGGUACGUCGGGCGUGGUGCUCGGGGUCUCCCCAUUGUUCAUGUUCACCAUGGUGCCCAUGUGCAUCAGGCAGAGGGAGCA ..((((..((((((.(((.((....)).))).((((((..((((...))))......((((..(((....)))..)))).))))))))))))..)))). ( -45.40) >DroYak_CAF1 932 99 - 1 GGGCUUGGUCUGCCAGCCGGGUACGUCAGGCGUGGUGCUCGGCGUCUCCCCAUUGCUCAUGUUCACCAUCGUGCCCAUGUGCAUCAGGCAGAGCGAGCA ..(((((.((((((.(((((((((..........)))))))))..........(((.((((..(((....)))..)))).)))...)))))).))))). ( -47.90) >DroAna_CAF1 311 99 - 1 GGGUUUCGUCUGCCAGCCGGACACCUCUGGUGUGUUGUUCGGAGCUUCACCAUUGCUCAUGUUCACCAUGGUGCCCAUGUGCAUCAGGCAGAGGGAGCA ..(((((.((((((..(((((((.(.(....).).)))))))...........(((.((((..(((....)))..)))).)))...)))))).))))). ( -41.90) >DroPer_CAF1 1808 99 - 1 UGGCUUCGUUUGCCAGCCCUGCACCUCGGGCGUGGUGCUGAGCGUCUCGCCAUUGCUCAUGUUAAUCAUCGUUCCCAUGUGCAUCAGACAGAGCGAGCA ..(((.((((((((((((((((.(....)))).)).)))).))((((.(....(((.((((..(((....)))..)))).))).))))).)))))))). ( -34.40) >consensus GGGCUUCGUCUGCCAGCCGGGCACCUCGGGCGUGGUGCUCGGCGUCUCCCCAUUGCUCAUGUUCACCAUCGUGCCCAUGUGCAUCAGGCAGAGCGAGCA ..((((..((((((..((((((((..........))))))))...........(((.((((..(((....)))..)))).)))...))))))..)))). (-32.22 = -31.50 + -0.72)
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