Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,206,766 – 2,206,925 |
Length | 159 |
Max. P | 0.905302 |
Location | 2,206,766 – 2,206,885 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.38 |
Mean single sequence MFE | -30.46 |
Consensus MFE | -22.64 |
Energy contribution | -22.96 |
Covariance contribution | 0.32 |
Combinations/Pair | 1.31 |
Mean z-score | -1.40 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 0.80 |
SVM RNA-class probability | 0.853894 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2206766 119 + 22407834 UGUAAUAAAU-GUGUCUUCACAUUUAAGUUUUACCUGUGGAUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAGUCGAGGCUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAAC .....(((((-(((....)))))))).......((.(((...))).)).((((((((....((((....)))))))))))).((((((((((((........)))))...)))))))... ( -39.20) >DroSec_CAF1 14958 119 + 1 UGUUAUAAAU-GUGUCUUCACACUUAAGUUUUACCUGUGAAUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAGUCGAGACUCUUUAUAUCCGUGGGCUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAAC ...((((((.-(.(((((((((..((.....))..))))))(((((.(.(((.....)))).))).))))).)))))))...(((((.((((((........))))))....)))))... ( -29.40) >DroSim_CAF1 18656 119 + 1 UGUAAUAAAU-GAGUCUUCACACUUAAGUUUUACCUGUGGAUCACUGGAGAUAUUAAAUCCGAGUUGAGACUCUUGAUGUCCGUGGGCUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAAC ..........-(((((((((((..((.....))..))))))(((((.(.(((.....)))).)).)))))))).........(((((.((((((........))))))....)))))... ( -30.20) >DroEre_CAF1 14200 120 + 1 UGUCGUAAUAGCUGUCCUAACUUGUAUGUAUUACCUGUGGAUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAAUGGAGACUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAUACCAGGGAGCCCACAAU ..........(((.((((.((..(((.....)))..))(((((.((((.(((..(((((((..(((((...........))))))))))))))).)))).))).)))))))))....... ( -32.10) >DroAna_CAF1 13121 94 + 1 --------------------------UCUUUUACCUGUGUAUCACUGGGGCUAACAGAUUUGGAUCAAUAGUCCUUAUGUUUGUGGGUUUAGUCACAAAAGAUACUAAAGUACCCACAAC --------------------------................((..(((((((...(((....)))..)))))))..)).(((((((((((((..........)))))...)))))))). ( -21.40) >consensus UGUAAUAAAU_GUGUCUUCACACUUAAGUUUUACCUGUGGAUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAGUCGAGACUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAAC .................................((.(((...))).)).((((((((....((((....)))))))))))).((((((((((((........))))))...))))))... (-22.64 = -22.96 + 0.32)
Location | 2,206,766 – 2,206,885 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.38 |
Mean single sequence MFE | -31.55 |
Consensus MFE | -19.16 |
Energy contribution | -19.76 |
Covariance contribution | 0.60 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.90 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 1.04 |
SVM RNA-class probability | 0.905302 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2206766 119 - 22407834 GUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGCCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAUCCACAGGUAAAACUUAAAUGUGAAGACAC-AUUUAUUACA .(((((((((..((((.......(((......)))...((((((((((..((.......)).)))))))))))))).)))))))))((((....((((((((....)))-))))))))). ( -36.70) >DroSec_CAF1 14958 119 - 1 GUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAGCCCACGGAUAUAAAGAGUCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAUUCACAGGUAAAACUUAAGUGUGAAGACAC-AUUUAUAACA ((((((((((...(((((.(....).))))))))))))(((.(((..((((((......))))))..))).))).(((.((((((..((.....))..))))))..)))-......))). ( -36.70) >DroSim_CAF1 18656 119 - 1 GUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAGCCCACGGACAUCAAGAGUCUCAACUCGGAUUUAAUAUCUCCAGUGAUCCACAGGUAAAACUUAAGUGUGAAGACUC-AUUUAUUACA ((((((((((...(((((.(....).)))))))))))).))).....((((((....(((.((((((.....((.(((...))).))......)))))).)))))))))-.......... ( -34.60) >DroEre_CAF1 14200 120 - 1 AUUGUGGGCUCCCUGGUAUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGUCUCCAUUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAUCCACAGGUAAUACAUACAAGUUAGGACAGCUAUUACGACA .(((((((.((.((((.......(((......)))...((((((((((....(((....))))))))))))))))).)))))))))((((((..................)))))).... ( -30.27) >DroAna_CAF1 13121 94 - 1 GUUGUGGGUACUUUAGUAUCUUUUGUGACUAAACCCACAAACAUAAGGACUAUUGAUCCAAAUCUGUUAGCCCCAGUGAUACACAGGUAAAAGA-------------------------- .((((((((...(((((..(....)..)))))))))))))......((((....).)))..((((((..((....)).....))))))......-------------------------- ( -19.50) >consensus GUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGUCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAUCCACAGGUAAAACUUAAAUGUGAAGACAC_AUUUAUUACA .(((((((((...(((((.(....).)))))))))))))).......((((....))))(((((.............)))))...................................... (-19.16 = -19.76 + 0.60)
Location | 2,206,805 – 2,206,925 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.56 |
Mean single sequence MFE | -37.25 |
Consensus MFE | -26.64 |
Energy contribution | -26.70 |
Covariance contribution | 0.06 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -2.21 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.81 |
SVM RNA-class probability | 0.856386 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2206805 120 + 22407834 AUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAGUCGAGGCUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAACGACAACCGUAAGUGCCCCAAUUGGGUUUAUCCAGUGGAAU .((((((((((((((((....((((....)))))))))))).((((((((((((........)))))...))))))).(((.....)))....((((.....))))...))))))))... ( -45.60) >DroSec_CAF1 14997 120 + 1 AUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAGUCGAGACUCUUUAUAUCCGUGGGCUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAACGACAACCGUAAGUGCCCCAAUUGGGUUUAUCCAAUGGAAU ..((((((((((.....))).((((....))))......)))(((((.((((((........))))))....))))).(((.....))).))))..(((.(((((....))))))))... ( -32.00) >DroSim_CAF1 18695 120 + 1 AUCACUGGAGAUAUUAAAUCCGAGUUGAGACUCUUGAUGUCCGUGGGCUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAACGACAACCGUAAGUGCCCCAAUUGGGUUUAUCCAUUGGAAU .(((.((((.....(((((((.(((((.(.(.((((.((((.(((((.((((((........))))))....)))))...))))....)))).).).)))))))))))))))).)))... ( -35.30) >DroEre_CAF1 14240 120 + 1 AUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAAUGGAGACUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAUACCAGGGAGCCCACAAUGACGACUGUAAGCACUCCGAUGGGGUUUAUCCAGUGGUAG (((((((((......((((((.(.(((((..........(((.(((.(((((...)))))....))).)))((..(((........)))..)).))))).).)))))).))))))))).. ( -39.80) >DroYak_CAF1 15610 120 + 1 AUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAAUGGAGACUCUUGAUAUCCGUGGGUCUGGUCACCAGAGAGACCAAGGAGCCCACAAUGACGACGGUAAGCACUCCGAUGGGGUUUAUCCACUGGAAU ...(((((.((((((((.(((....))).....)))))))))((((((.(((((........)))))....))))))........))))......((((.((((.....)))).)))).. ( -37.40) >DroAna_CAF1 13135 120 + 1 AUCACUGGGGCUAACAGAUUUGGAUCAAUAGUCCUUAUGUUUGUGGGUUUAGUCACAAAAGAUACUAAAGUACCCACAACUAAAACAGUGAUAACUCCAAUUACAACUACCCAGUGGUAG (((((((((((((...(((....)))..))))))......(((((((((((((..........)))))...))))))))......)))))))..............(((((....))))) ( -33.40) >consensus AUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAAUCGAGACUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAACGACAACCGUAAGUACCCCAAUUGGGUUUAUCCAGUGGAAU .(((.((((((((((((.((......)).....)))))))).((((((((((((........))))))...))))))................((((.....))))...)))).)))... (-26.64 = -26.70 + 0.06)
Location | 2,206,805 – 2,206,925 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.56 |
Mean single sequence MFE | -38.65 |
Consensus MFE | -29.12 |
Energy contribution | -28.96 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -2.37 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | 1.01 |
SVM RNA-class probability | 0.899187 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2206805 120 - 22407834 AUUCCACUGGAUAAACCCAAUUGGGGCACUUACGGUUGUCGUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGCCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAU ....(((((((((((.((..(((((((.(((..(((.(((..((((((((...(((((.(....).)))))))))))))))))))))).)))))))...)).)))).....))))))).. ( -43.20) >DroSec_CAF1 14997 120 - 1 AUUCCAUUGGAUAAACCCAAUUGGGGCACUUACGGUUGUCGUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAGCCCACGGAUAUAAAGAGUCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAU ....(((((((....(((....))).................((((((((...(((((.(....).)))))))))))))(((((...((((((......)))))).)))))))))))).. ( -39.00) >DroSim_CAF1 18695 120 - 1 AUUCCAAUGGAUAAACCCAAUUGGGGCACUUACGGUUGUCGUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAGCCCACGGACAUCAAGAGUCUCAACUCGGAUUUAAUAUCUCCAGUGAU .(((((((((......)).)))))))((((...(((.(((..((((((((...(((((.(....).)))))))))))))))))))..((((....))))(((.........))))))).. ( -37.00) >DroEre_CAF1 14240 120 - 1 CUACCACUGGAUAAACCCCAUCGGAGUGCUUACAGUCGUCAUUGUGGGCUCCCUGGUAUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGUCUCCAUUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAU ....(((((((.......((((((((.(((((((((....)))))))))..........))))))))............(((((((((....(((....))))))))))))))))))).. ( -39.30) >DroYak_CAF1 15610 120 - 1 AUUCCAGUGGAUAAACCCCAUCGGAGUGCUUACCGUCGUCAUUGUGGGCUCCUUGGUCUCUCUGGUGACCAGACCCACGGAUAUCAAGAGUCUCCAUUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAU (((((.((((.......)))).)))))..........(((((((((((.((..(((((.(....).))))))))))))((((((((((....(((....)))))))))))))..)))))) ( -40.30) >DroAna_CAF1 13135 120 - 1 CUACCACUGGGUAGUUGUAAUUGGAGUUAUCACUGUUUUAGUUGUGGGUACUUUAGUAUCUUUUGUGACUAAACCCACAAACAUAAGGACUAUUGAUCCAAAUCUGUUAGCCCCAGUGAU ....(((((((..((((...(((((.(((......(((((.((((((((...(((((..(....)..)))))))))))))...))))).....))))))))......))))))))))).. ( -33.10) >consensus AUUCCACUGGAUAAACCCAAUUGGAGCACUUACGGUUGUCGUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGUCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAU ....(((((((.........(((((..((((.....((((..((((((((...(((((.(....).)))))))))))))))))....)))).....)))))..........))))))).. (-29.12 = -28.96 + -0.16)
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