Locus 774

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 2,206,766 – 2,206,925
Length 159
Max. P 0.905302
window1265 window1266 window1267 window1268

overview

Window 5

Location 2,206,766 – 2,206,885
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.38
Mean single sequence MFE -30.46
Consensus MFE -22.64
Energy contribution -22.96
Covariance contribution 0.32
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.40
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.80
SVM RNA-class probability 0.853894
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2206766 119 + 22407834
UGUAAUAAAU-GUGUCUUCACAUUUAAGUUUUACCUGUGGAUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAGUCGAGGCUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAAC
.....(((((-(((....)))))))).......((.(((...))).)).((((((((....((((....)))))))))))).((((((((((((........)))))...)))))))... ( -39.20)
>DroSec_CAF1 14958 119 + 1
UGUUAUAAAU-GUGUCUUCACACUUAAGUUUUACCUGUGAAUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAGUCGAGACUCUUUAUAUCCGUGGGCUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAAC
...((((((.-(.(((((((((..((.....))..))))))(((((.(.(((.....)))).))).))))).)))))))...(((((.((((((........))))))....)))))... ( -29.40)
>DroSim_CAF1 18656 119 + 1
UGUAAUAAAU-GAGUCUUCACACUUAAGUUUUACCUGUGGAUCACUGGAGAUAUUAAAUCCGAGUUGAGACUCUUGAUGUCCGUGGGCUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAAC
..........-(((((((((((..((.....))..))))))(((((.(.(((.....)))).)).)))))))).........(((((.((((((........))))))....)))))... ( -30.20)
>DroEre_CAF1 14200 120 + 1
UGUCGUAAUAGCUGUCCUAACUUGUAUGUAUUACCUGUGGAUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAAUGGAGACUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAUACCAGGGAGCCCACAAU
..........(((.((((.((..(((.....)))..))(((((.((((.(((..(((((((..(((((...........))))))))))))))).)))).))).)))))))))....... ( -32.10)
>DroAna_CAF1 13121 94 + 1
--------------------------UCUUUUACCUGUGUAUCACUGGGGCUAACAGAUUUGGAUCAAUAGUCCUUAUGUUUGUGGGUUUAGUCACAAAAGAUACUAAAGUACCCACAAC
--------------------------................((..(((((((...(((....)))..)))))))..)).(((((((((((((..........)))))...)))))))). ( -21.40)
>consensus
UGUAAUAAAU_GUGUCUUCACACUUAAGUUUUACCUGUGGAUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAGUCGAGACUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAAC
.................................((.(((...))).)).((((((((....((((....)))))))))))).((((((((((((........))))))...))))))... (-22.64 = -22.96 +   0.32) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 2,206,766 – 2,206,885
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.38
Mean single sequence MFE -31.55
Consensus MFE -19.16
Energy contribution -19.76
Covariance contribution 0.60
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 1.04
SVM RNA-class probability 0.905302
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2206766 119 - 22407834
GUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGCCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAUCCACAGGUAAAACUUAAAUGUGAAGACAC-AUUUAUUACA
.(((((((((..((((.......(((......)))...((((((((((..((.......)).)))))))))))))).)))))))))((((....((((((((....)))-))))))))). ( -36.70)
>DroSec_CAF1 14958 119 - 1
GUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAGCCCACGGAUAUAAAGAGUCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAUUCACAGGUAAAACUUAAGUGUGAAGACAC-AUUUAUAACA
((((((((((...(((((.(....).))))))))))))(((.(((..((((((......))))))..))).))).(((.((((((..((.....))..))))))..)))-......))). ( -36.70)
>DroSim_CAF1 18656 119 - 1
GUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAGCCCACGGACAUCAAGAGUCUCAACUCGGAUUUAAUAUCUCCAGUGAUCCACAGGUAAAACUUAAGUGUGAAGACUC-AUUUAUUACA
((((((((((...(((((.(....).)))))))))))).))).....((((((....(((.((((((.....((.(((...))).))......)))))).)))))))))-.......... ( -34.60)
>DroEre_CAF1 14200 120 - 1
AUUGUGGGCUCCCUGGUAUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGUCUCCAUUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAUCCACAGGUAAUACAUACAAGUUAGGACAGCUAUUACGACA
.(((((((.((.((((.......(((......)))...((((((((((....(((....))))))))))))))))).)))))))))((((((..................)))))).... ( -30.27)
>DroAna_CAF1 13121 94 - 1
GUUGUGGGUACUUUAGUAUCUUUUGUGACUAAACCCACAAACAUAAGGACUAUUGAUCCAAAUCUGUUAGCCCCAGUGAUACACAGGUAAAAGA--------------------------
.((((((((...(((((..(....)..)))))))))))))......((((....).)))..((((((..((....)).....))))))......-------------------------- ( -19.50)
>consensus
GUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGUCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAUCCACAGGUAAAACUUAAAUGUGAAGACAC_AUUUAUUACA
.(((((((((...(((((.(....).)))))))))))))).......((((....))))(((((.............)))))...................................... (-19.16 = -19.76 +   0.60) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 2,206,805 – 2,206,925
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.56
Mean single sequence MFE -37.25
Consensus MFE -26.64
Energy contribution -26.70
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.81
SVM RNA-class probability 0.856386
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2206805 120 + 22407834
AUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAGUCGAGGCUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAACGACAACCGUAAGUGCCCCAAUUGGGUUUAUCCAGUGGAAU
.((((((((((((((((....((((....)))))))))))).((((((((((((........)))))...))))))).(((.....)))....((((.....))))...))))))))... ( -45.60)
>DroSec_CAF1 14997 120 + 1
AUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAGUCGAGACUCUUUAUAUCCGUGGGCUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAACGACAACCGUAAGUGCCCCAAUUGGGUUUAUCCAAUGGAAU
..((((((((((.....))).((((....))))......)))(((((.((((((........))))))....))))).(((.....))).))))..(((.(((((....))))))))... ( -32.00)
>DroSim_CAF1 18695 120 + 1
AUCACUGGAGAUAUUAAAUCCGAGUUGAGACUCUUGAUGUCCGUGGGCUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAACGACAACCGUAAGUGCCCCAAUUGGGUUUAUCCAUUGGAAU
.(((.((((.....(((((((.(((((.(.(.((((.((((.(((((.((((((........))))))....)))))...))))....)))).).).)))))))))))))))).)))... ( -35.30)
>DroEre_CAF1 14240 120 + 1
AUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAAUGGAGACUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAUACCAGGGAGCCCACAAUGACGACUGUAAGCACUCCGAUGGGGUUUAUCCAGUGGUAG
(((((((((......((((((.(.(((((..........(((.(((.(((((...)))))....))).)))((..(((........)))..)).))))).).)))))).))))))))).. ( -39.80)
>DroYak_CAF1 15610 120 + 1
AUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAAUGGAGACUCUUGAUAUCCGUGGGUCUGGUCACCAGAGAGACCAAGGAGCCCACAAUGACGACGGUAAGCACUCCGAUGGGGUUUAUCCACUGGAAU
...(((((.((((((((.(((....))).....)))))))))((((((.(((((........)))))....))))))........))))......((((.((((.....)))).)))).. ( -37.40)
>DroAna_CAF1 13135 120 + 1
AUCACUGGGGCUAACAGAUUUGGAUCAAUAGUCCUUAUGUUUGUGGGUUUAGUCACAAAAGAUACUAAAGUACCCACAACUAAAACAGUGAUAACUCCAAUUACAACUACCCAGUGGUAG
(((((((((((((...(((....)))..))))))......(((((((((((((..........)))))...))))))))......)))))))..............(((((....))))) ( -33.40)
>consensus
AUCACUGGAGAUAUCAAAUCCGAAUCGAGACUCUUGAUAUCCGUGGGUUUGGUCACCAGAGAGACCAGAGAACCCACAACGACAACCGUAAGUACCCCAAUUGGGUUUAUCCAGUGGAAU
.(((.((((((((((((.((......)).....)))))))).((((((((((((........))))))...))))))................((((.....))))...)))).)))... (-26.64 = -26.70 +   0.06) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 2,206,805 – 2,206,925
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.56
Mean single sequence MFE -38.65
Consensus MFE -29.12
Energy contribution -28.96
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -2.37
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 1.01
SVM RNA-class probability 0.899187
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2206805 120 - 22407834
AUUCCACUGGAUAAACCCAAUUGGGGCACUUACGGUUGUCGUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGCCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAU
....(((((((((((.((..(((((((.(((..(((.(((..((((((((...(((((.(....).)))))))))))))))))))))).)))))))...)).)))).....))))))).. ( -43.20)
>DroSec_CAF1 14997 120 - 1
AUUCCAUUGGAUAAACCCAAUUGGGGCACUUACGGUUGUCGUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAGCCCACGGAUAUAAAGAGUCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAU
....(((((((....(((....))).................((((((((...(((((.(....).)))))))))))))(((((...((((((......)))))).)))))))))))).. ( -39.00)
>DroSim_CAF1 18695 120 - 1
AUUCCAAUGGAUAAACCCAAUUGGGGCACUUACGGUUGUCGUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAGCCCACGGACAUCAAGAGUCUCAACUCGGAUUUAAUAUCUCCAGUGAU
.(((((((((......)).)))))))((((...(((.(((..((((((((...(((((.(....).)))))))))))))))))))..((((....))))(((.........))))))).. ( -37.00)
>DroEre_CAF1 14240 120 - 1
CUACCACUGGAUAAACCCCAUCGGAGUGCUUACAGUCGUCAUUGUGGGCUCCCUGGUAUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGUCUCCAUUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAU
....(((((((.......((((((((.(((((((((....)))))))))..........))))))))............(((((((((....(((....))))))))))))))))))).. ( -39.30)
>DroYak_CAF1 15610 120 - 1
AUUCCAGUGGAUAAACCCCAUCGGAGUGCUUACCGUCGUCAUUGUGGGCUCCUUGGUCUCUCUGGUGACCAGACCCACGGAUAUCAAGAGUCUCCAUUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAU
(((((.((((.......)))).)))))..........(((((((((((.((..(((((.(....).))))))))))))((((((((((....(((....)))))))))))))..)))))) ( -40.30)
>DroAna_CAF1 13135 120 - 1
CUACCACUGGGUAGUUGUAAUUGGAGUUAUCACUGUUUUAGUUGUGGGUACUUUAGUAUCUUUUGUGACUAAACCCACAAACAUAAGGACUAUUGAUCCAAAUCUGUUAGCCCCAGUGAU
....(((((((..((((...(((((.(((......(((((.((((((((...(((((..(....)..)))))))))))))...))))).....))))))))......))))))))))).. ( -33.10)
>consensus
AUUCCACUGGAUAAACCCAAUUGGAGCACUUACGGUUGUCGUUGUGGGUUCUCUGGUCUCUCUGGUGACCAAACCCACGGAUAUCAAGAGUCUCGACUCGGAUUUGAUAUCUCCAGUGAU
....(((((((.........(((((..((((.....((((..((((((((...(((((.(....).)))))))))))))))))....)))).....)))))..........))))))).. (-29.12 = -28.96 +  -0.16) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript


Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:45:16 2006