Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 21,859,705 – 21,859,824 |
Length | 119 |
Max. P | 0.996621 |
Location | 21,859,705 – 21,859,824 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.03 |
Mean single sequence MFE | -42.77 |
Consensus MFE | -39.48 |
Energy contribution | -39.48 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -2.04 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 2.72 |
SVM RNA-class probability | 0.996621 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 21859705 119 - 22407834 UC-GGCCUGCUCGUCAAUAAAUCGUAGAGUGCCAGUAAUGAUGCCAGCUUGGCAGAGCUCUGGGCAUAGCUCCACUCUGCGAUAGCAGCCGUUAAUGUCAGGCGAGCAGAAAUAUAUGGG ..-...(((((((((.....(((((((((((..(((....((((((((((....)))))...))))).))).))))))))))).(((........)))..)))))))))........... ( -46.00) >DroSec_CAF1 147703 119 - 1 UC-GGCCUGCUCGUCAAUAAAUCGUAGAGUGCCAGUAAUGAUGCCAGCUUGGCAGAGCUCUGGGCAUAGCUCCACUCUGCGAUAGCAGCCGUUAAUGUCAGGCGAGCGGAAAUAUAUGGG ..-...(((((((((.....(((((((((((..(((....((((((((((....)))))...))))).))).))))))))))).(((........)))..)))))))))........... ( -45.30) >DroSim_CAF1 94049 119 - 1 UC-GGCCUGCUCGUCAAUAAAUCGUAGAGUGCCAGUAAUGAUGCCAGCUUGGCAGAGCUCUGGGCAUAGCUCCACUCUGCGAUAGCAGCCGUUAAUGUCAGGCGAGCGGAAAUAUAUGGG ..-...(((((((((.....(((((((((((..(((....((((((((((....)))))...))))).))).))))))))))).(((........)))..)))))))))........... ( -45.30) >DroEre_CAF1 109864 119 - 1 UC-GGUCUGCUCGUCAAUAAAUCGUAGAGUGCCUGUAAUGAUGCCAGCUUGGCAGAGCUCUGGGCAUAGCUCCACUCUGCGAUAGCAGCCGUUAAUGUCAGGCGAAGGAAAAUAUAUGGG .(-((.(((((.........(((((((((((...((....((((((((((....)))))...))))).))..)))))))))))))))))))...((((....(....)...))))..... ( -38.00) >DroYak_CAF1 101325 119 - 1 UC-GGUCUGCUCGUCAAUAAAUCGUAGAGUGCCUGUAAUGAUGCCAGCUUGGCAGAGCUUUGGGCAUAGCUUCACUCUGCGAUAGCAGCCGUUAAUGUCAGACGAGGGAAAAUAUAUGGG ..-..(((.((((((.....(((((((((((...((....((((((((((....)))))...))))).))..))))))))))).(((........)))..)))))))))........... ( -39.90) >DroAna_CAF1 97801 120 - 1 UCUGGCCUGCUCGUCAAUAAAUCGUGGAGUGCCAGUAAUGAUGCCAGCUUGGCAGAGCUCUGGGCAUAGCUCCACUCUGCGAUAGCAGCCGUUAAUGUCAGACGAGCGAAAAUAUAUGGG .......((((((((........(((((((..((....))((((((((((....)))))...))))).))))))).((((....))))............))))))))............ ( -42.10) >consensus UC_GGCCUGCUCGUCAAUAAAUCGUAGAGUGCCAGUAAUGAUGCCAGCUUGGCAGAGCUCUGGGCAUAGCUCCACUCUGCGAUAGCAGCCGUUAAUGUCAGGCGAGCGAAAAUAUAUGGG .......((((((((.....(((((((((((...((....((((((((((....)))))...))))).))..))))))))))).(((........)))..))))))))............ (-39.48 = -39.48 + 0.00)
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