Locus 7685

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	21,669,010 – 21,669,165
Length	155
Max. P	0.986751

overview

Window 3

Location	21,669,010 – 21,669,130
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.61
Mean single sequence MFE	-43.42
Consensus MFE	-38.58
Energy contribution	-37.33
Covariance contribution	-1.25
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-2.54
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.05
SVM RNA-class probability	0.986751
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 21669010 120 - 22407834
AUCCGUGGCCUCAUGGACAAGAAGCGGAACAUCCGCAACAUGUCUGUGAUUGCCCACGUAGACCACGGCAAGUCCACUCUGACCGAUUCCCUUGUGUCGAAGGCUGGUAUCAUUGCCGGA
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>DroVir_CAF1 8174 120 - 1
AUCCGUGGCCUGAUGGACAAGAAGCGUAAUAUACGCAACAUGUCCGUCAUCGCUCACGUCGAUCAUGGCAAAUCCACCUUGACCGAUUCGCUUGUGUCCAAGGCUGGUAUCAUUGCCGGC
...((((((.(((((((((.(..(((((...)))))..).)))))))))..)).)))).......((((((..(((((((((((((.....))).)).))))).))).....)))))).. ( -44.50)
>DroGri_CAF1 8329 120 - 1
AUCCGUGGCCUGAUGGACAAGAAGCGUAAUAUUCGCAACAUGUCCGUCAUCGCUCACGUGGAUCACGGCAAGUCCACCUUGACCGAUUCCCUUGUGUCUAAGGCCGGUAUCAUUGCUGGA
.(((..(((((((((((((.(..(((.......)))..).))))))))......((((.(((...(((((((.....)))).)))..)))..))))....)))))((((....))))))) ( -44.10)
>DroWil_CAF1 3395 120 - 1
AUCCGUGGCCUGAUGGACAAGAAGCGUAAUAUUCGCAACAUGUCCGUCAUCGCCCAUGUGGAUCACGGUAAAUCCACUCUGACCGACUCUUUGGUGUCCAAGGCCGGUAUCAUUGCUGGU
....(.(((.(((((((((.(..(((.......)))..).)))))))))..))))..((((((........))))))....(((((....))))).......(((((((....))))))) ( -41.10)
>DroMoj_CAF1 8575 120 - 1
AUCCGUGGCUUGAUGGACAAGAAGCGUAAUAUUCGCAACAUGUCCGUCAUUGCUCACGUCGAUCACGGCAAAUCCACCUUGACCGAUUCGCUUGUGUCCAAGGCUGGUAUUAUUGCCGGC
...((((((.(((((((((.(..(((.......)))..).)))))))))..)).)))).......((((((..(((((((((((((.....))).)).))))).))).....)))))).. ( -45.70)
>DroPer_CAF1 2973 120 - 1
AUCCGUGGCCUCAUGGACAAGAAGCGUAACAUCCGCAACAUGUCCGUGAUUGCCCACGUUGAUCAUGGUAAAUCCACCUUGACCGAUUCGCUCGUGUCCAAGGCCGGUAUCAUUGCUGGU
...((((((.(((((((((.(..(((.......)))..).)))))))))..).))))).......(((.....)))((((((((((.....))).)).)))))((((((....)))))). ( -41.40)
>consensus
AUCCGUGGCCUGAUGGACAAGAAGCGUAAUAUUCGCAACAUGUCCGUCAUCGCCCACGUCGAUCACGGCAAAUCCACCUUGACCGAUUCGCUUGUGUCCAAGGCCGGUAUCAUUGCCGGA
...((((((.(((((((((.(..(((.......)))..).)))))))))..)).)))).......((((((..((.((((((((((.....))).))).))))..)).....)))))).. (-38.58 = -37.33 +  -1.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	21,669,050 – 21,669,165
Length	115
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.85
Mean single sequence MFE	-40.92
Consensus MFE	-35.49
Energy contribution	-35.18
Covariance contribution	-0.30
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.68
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.56
SVM RNA-class probability	0.963596
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 21669050 115 + 22407834
AGAGUGGACUUGCCGUGGUCUACGUGGGCAAUCACAGACAUGUUGCGGAUGUUCCGCUUCUUGUCCAUGAGGCCACGGAUCUCGUCGACGGUGAAGUUGACCUGUAA--AAUAAAUA---
.(((........(((((((((.(((((((((..(((....))).((((.....))))...))))))))))))))))))..)))((((((......))))))......--........--- ( -45.40)
>DroVir_CAF1 8214 113 + 1
AAGGUGGAUUUGCCAUGAUCGACGUGAGCGAUGACGGACAUGUUGCGUAUAUUACGCUUCUUGUCCAUCAGGCCACGGAUUUCGUCGACGGUGAAGUUGACCUAUAA--ACGACA-----
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>DroGri_CAF1 8369 112 + 1
AAGGUGGACUUGCCGUGAUCCACGUGAGCGAUGACGGACAUGUUGCGAAUAUUACGCUUCUUGUCCAUCAGGCCACGGAUUUCGUCGACGGUGAAGUUGACCUAGAA--AAUGU------
.((((.(((((((((((((...((((.((..(((.(((((....(((.......)))....))))).))).))))))......))).))))).))))).))))....--.....------ ( -42.00)
>DroWil_CAF1 3435 118 + 1
AGAGUGGAUUUACCGUGAUCCACAUGGGCGAUGACGGACAUGUUGCGAAUAUUACGCUUCUUGUCCAUCAGGCCACGGAUUUCGUCGACGGUGAAGUUGACCUAUAA--AAACAAAAAAA
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>DroYak_CAF1 3154 111 + 1
AGGGUGGACUUGCCGUGGUCUACGUGUGCAAUCACAGACAUGUUGCGGAUGUUCCGCUUCUUGUCCAUGAGGCCACGGAUUUCGUCGACGGUGAAGUUGACCUAAAAAG------AA---
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>DroMoj_CAF1 8615 113 + 1
AAGGUGGAUUUGCCGUGAUCGACGUGAGCAAUGACGGACAUGUUGCGAAUAUUACGCUUCUUGUCCAUCAAGCCACGGAUUUCGUCGACGGUGAAGUUGACCUAUAA--ACAGCA-----
.((((.((((((((((((.(((((((.((..(((.(((((....(((.......)))....))))).))).))))))....))))).))))).))))).))))....--......----- ( -39.30)
>consensus
AAGGUGGACUUGCCGUGAUCCACGUGAGCAAUGACGGACAUGUUGCGAAUAUUACGCUUCUUGUCCAUCAGGCCACGGAUUUCGUCGACGGUGAAGUUGACCUAUAA__AAAAAA_____
.((((.(((((((((((((...((((.((..(((.(((((....(((.......)))....))))).))).))))))......))).))))).))))).))))................. (-35.49 = -35.18 +  -0.30)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	21,669,050 – 21,669,165
Length	115
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.85
Mean single sequence MFE	-35.90
Consensus MFE	-30.96
Energy contribution	-29.93
Covariance contribution	-1.03
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.66
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.49
SVM RNA-class probability	0.958203
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 21669050 115 - 22407834
---UAUUUAUU--UUACAGGUCAACUUCACCGUCGACGAGAUCCGUGGCCUCAUGGACAAGAAGCGGAACAUCCGCAACAUGUCUGUGAUUGCCCACGUAGACCACGGCAAGUCCACUCU
---........--.....(((.......)))((.(((.....((((((..(((((((((.(..((((.....))))..).)))))))))((((....)))).))))))...))).))... ( -34.80)
>DroVir_CAF1 8214 113 - 1
-----UGUCGU--UUAUAGGUCAACUUCACCGUCGACGAAAUCCGUGGCCUGAUGGACAAGAAGCGUAAUAUACGCAACAUGUCCGUCAUCGCUCACGUCGAUCAUGGCAAAUCCACCUU
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>DroGri_CAF1 8369 112 - 1
------ACAUU--UUCUAGGUCAACUUCACCGUCGACGAAAUCCGUGGCCUGAUGGACAAGAAGCGUAAUAUUCGCAACAUGUCCGUCAUCGCUCACGUGGAUCACGGCAAGUCCACCUU
------.....--....((((..((((..((((.((.....((((((((.(((((((((.(..(((.......)))..).)))))))))..)).)))).)).)))))).))))..)))). ( -35.50)
>DroWil_CAF1 3435 118 - 1
UUUUUUUGUUU--UUAUAGGUCAACUUCACCGUCGACGAAAUCCGUGGCCUGAUGGACAAGAAGCGUAAUAUUCGCAACAUGUCCGUCAUCGCCCAUGUGGAUCACGGUAAAUCCACUCU
...(((((((.--.....(((.......)))...)))))))...(.(((.(((((((((.(..(((.......)))..).)))))))))..))))..((((((........))))))... ( -34.00)
>DroYak_CAF1 3154 111 - 1
---UU------CUUUUUAGGUCAACUUCACCGUCGACGAAAUCCGUGGCCUCAUGGACAAGAAGCGGAACAUCCGCAACAUGUCUGUGAUUGCACACGUAGACCACGGCAAGUCCACCCU
---..------.......(((.......)))((.(((.....((((((..(((((((((.(..((((.....))))..).)))))))))((((....)))).))))))...))).))... ( -35.00)
>DroMoj_CAF1 8615 113 - 1
-----UGCUGU--UUAUAGGUCAACUUCACCGUCGACGAAAUCCGUGGCUUGAUGGACAAGAAGCGUAAUAUUCGCAACAUGUCCGUCAUUGCUCACGUCGAUCACGGCAAAUCCACCUU
-----((((((--.....(((.......)))(((((((.....)(((((.(((((((((.(..(((.......)))..).)))))))))..)).))))))))).)))))).......... ( -38.70)
>consensus
_____UGCAUU__UUAUAGGUCAACUUCACCGUCGACGAAAUCCGUGGCCUGAUGGACAAGAAGCGUAAUAUUCGCAACAUGUCCGUCAUCGCUCACGUAGAUCACGGCAAAUCCACCCU
..................((((........((....)).....((((((.(((((((((.(..(((.......)))..).)))))))))..)).))))..))))..((.....))..... (-30.96 = -29.93 +  -1.03)

alignment

secondary structure

dotplot

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