Locus 7682

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	21,656,020 – 21,656,127
Length	107
Max. P	0.997204

overview

Window 8

Location	21,656,020 – 21,656,127
Length	107
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	73.24
Mean single sequence MFE	-50.68
Consensus MFE	-24.85
Energy contribution	-25.16
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.86
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	2.82
SVM RNA-class probability	0.997204
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 21656020 107 + 22407834
-AUUCCGUCG------AAAUGUGGAGGGGGCAGUGGAGCAAUCGGUCCCAGACCAGUGGGUGUGGUUAUCCCACUGCCA---CCGCUGCUAUAAUGACCAAAUAGCUUUGGCGAUUU
-....(((((------((..((((....((((((((...(((((..((((......))))..)))))...)))))))).---)))).(((((.........)))))))))))).... ( -39.70)
>DroVir_CAF1 49388 99 + 1
CGUGCCCA---------UGGGCGGCUGUGGCAGUGGCGGCAUGGCACCCAGUCCAGUGGGCGUUGUGAUGCCGCUGCC------GCUGCUAUAG---CCGAACAGUUUGGGCGAUCU
..((((((---------((..(((((((((((((((((((.((((.....).)))...(((((....)))))))))))------))))))))))---)))..))...)))))).... ( -60.60)
>DroPse_CAF1 33212 105 + 1
GGUACCCAUG------ACCGGGGGUGGGGGCAGCGGUGGCAUCUGGCCCAGACCAGUGGGUGUGGUUAUGCCGCUGCCA---C---UGCUGUAGUGGCCAAAGAGCUUGGGGGAUCG
(((.((((.(------..(...(((.(..((((((((((((..(((((((.(((....))).)))....)))).)))))---)---))))))..).)))...)..).))))..))). ( -51.50)
>DroWil_CAF1 53170 111 + 1
UGUACCCAUAUGGGGCACUGGGGGCGGUGGUAACGGUGGCAUCUGUCCCAGGCCAGUGGGUGUGGUUAUGCCACUGCCA---C---UGCUAUAGUGUCCGAAUAGUUUCGGUGAUCG
..((((......((((((((..(((((((((...((((((((.....(((.(((....))).)))..))))))))))))---)---)))).))))))))(((....))))))).... ( -53.00)
>DroAna_CAF1 32972 110 + 1
-AUACCAUCG------ACGGGAGGCGGGGGUAGUGGCGGCAUCGGCCCCAGGCCAGUGGGCGUGGUGAUCCCGCUGCCACCACCGCUACUAUAGUGUCCAAACAGUUUGGGCGAUCG
-.....(((.------((.((.(((((.(((.(..((((.((((...(((.(((....))).))))))).))))..).))).))))).))...))((((((.....))))))))).. ( -47.80)
>DroPer_CAF1 48211 105 + 1
GGUACCCAUG------ACCGGGGGUGGGGGCAGCGGUGGCAUCUGGCCCAGACCAGUGGGUGUGGUUAUGCCGCUGCCA---C---UGCUGUAGUGGCCAAAGAGCUUGGGGGAUCG
(((.((((.(------..(...(((.(..((((((((((((..(((((((.(((....))).)))....)))).)))))---)---))))))..).)))...)..).))))..))). ( -51.50)
>consensus
_GUACCCAUG______ACCGGGGGCGGGGGCAGCGGUGGCAUCGGGCCCAGACCAGUGGGUGUGGUUAUGCCGCUGCCA___C___UGCUAUAGUGGCCAAACAGCUUGGGCGAUCG
..(((((..............)))))..((((((((((..(((...((((......))))...)))..))))))))))...................((((.....))))....... (-24.85 = -25.16 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	21,656,020 – 21,656,127
Length	107
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	73.24
Mean single sequence MFE	-38.02
Consensus MFE	-18.84
Energy contribution	-19.01
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.40
Mean z-score	-1.81
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	0.56
SVM RNA-class probability	0.781676
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 21656020 107 - 22407834
AAAUCGCCAAAGCUAUUUGGUCAUUAUAGCAGCGG---UGGCAGUGGGAUAACCACACCCACUGGUCUGGGACCGAUUGCUCCACUGCCCCCUCCACAUUU------CGACGGAAU-
.(((.((((((....)))))).)))...((((.((---.((((((.((....(((.(((....))).)))..)).)))))))).)))).((.((.......------.)).))...- ( -33.70)
>DroVir_CAF1 49388 99 - 1
AGAUCGCCCAAACUGUUCGG---CUAUAGCAGC------GGCAGCGGCAUCACAACGCCCACUGGACUGGGUGCCAUGCCGCCACUGCCACAGCCGCCCA---------UGGGCACG
.....(((((...((..(((---((...(((((------((((..((((((.((...((....))..)))))))).))))))...)))...)))))..))---------)))))... ( -45.40)
>DroPse_CAF1 33212 105 - 1
CGAUCCCCCAAGCUCUUUGGCCACUACAGCA---G---UGGCAGCGGCAUAACCACACCCACUGGUCUGGGCCAGAUGCCACCGCUGCCCCCACCCCCGGU------CAUGGGUACC
...........((((..((((((((.....)---)---)(((((((((((..(((.(((....))).))).....)))))...)))))).........)))------)).))))... ( -34.90)
>DroWil_CAF1 53170 111 - 1
CGAUCACCGAAACUAUUCGGACACUAUAGCA---G---UGGCAGUGGCAUAACCACACCCACUGGCCUGGGACAGAUGCCACCGUUACCACCGCCCCCAGUGCCCCAUAUGGGUACA
......(((((....)))))......((((.---(---(((((((((.....)))).((((......)))).....)))))).))))............((((((.....)))))). ( -38.20)
>DroAna_CAF1 32972 110 - 1
CGAUCGCCCAAACUGUUUGGACACUAUAGUAGCGGUGGUGGCAGCGGGAUCACCACGCCCACUGGCCUGGGGCCGAUGCCGCCACUACCCCCGCCUCCCGU------CGAUGGUAU-
(.(((((((((.....))))........(..((((.(((((..((((.(((.(((.(((....))).)))....))).))))..))))).))))..)..).------)))).)...- ( -41.00)
>DroPer_CAF1 48211 105 - 1
CGAUCCCCCAAGCUCUUUGGCCACUACAGCA---G---UGGCAGCGGCAUAACCACACCCACUGGUCUGGGCCAGAUGCCACCGCUGCCCCCACCCCCGGU------CAUGGGUACC
...........((((..((((((((.....)---)---)(((((((((((..(((.(((....))).))).....)))))...)))))).........)))------)).))))... ( -34.90)
>consensus
CGAUCGCCCAAACUAUUUGGACACUAUAGCA___G___UGGCAGCGGCAUAACCACACCCACUGGUCUGGGACAGAUGCCACCACUGCCCCCGCCCCCCGU______CAUGGGUAC_
...........(((((.........))))).........((((((((..........((((......))))..........))))))))...(((................)))... (-18.84 = -19.01 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:42:38 2006