Locus 764

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 2,180,778 – 2,180,926
Length 148
Max. P 0.985913
window1253 window1254 window1255

overview

Window 3

Location 2,180,778 – 2,180,886
Length 108
Sequences 4
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.46
Mean single sequence MFE -23.77
Consensus MFE -14.88
Energy contribution -15.12
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.563307
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2180778 108 + 22407834
GCAGCCAAGUGGCAUCCACUUGUGCUCUAGAAUCAGACACCAAAACACAGAUAUGGCCGCACAUAUGUAAGCACGGCACACAUGG------UCACAUACAUAUGUAUGUGUACA
...(((((((((...))))))(((((((......)))...........(.(((((......))))).)..))))))).......(------((((((((....))))))).)). ( -30.30)
>DroSec_CAF1 26853 100 + 1
GCAGCCAAGUGGCAUCCACUUGUGCUCUAGAAUCAGACACCAAAACGCAGAUAUGGCCGCACAU----AAGCACGGCACACAUGG------UCACAUACUA----AUAUGUACA
((.(((((((((...))))))).))(((......))).........)).(((.((((((..(..----..)..)))).))....)------))(((((...----.)))))... ( -22.70)
>DroSim_CAF1 21407 100 + 1
GCAGCCAAGUGGCAUCCACUUGUGCUCUAGAAUCAGACACCAAAACACAGAUAUGGCCGCACAU----AAGCACGGCACACAUGG------UCACAUACUA----AUAUGUACA
..((((((((((...))))))).))).........(((.........((....))((((..(..----..)..)))).......)------))(((((...----.)))))... ( -22.30)
>DroYak_CAF1 25573 110 + 1
GCAGCCAAGUGGCAUCCACUUGUGCUCUAGAAUCAGACACCAAAACACAGAUAUGCCCGCACAUAUGUAAGCACACCACACACACCAUACACCACACAUGG----GCACCUACA
..((((((((((...))))))).)))...........................((((((......((((..................)))).......)))----)))...... ( -19.79)
>consensus
GCAGCCAAGUGGCAUCCACUUGUGCUCUAGAAUCAGACACCAAAACACAGAUAUGGCCGCACAU____AAGCACGGCACACAUGG______UCACAUACUA____AUAUGUACA
((.(((((((((...))))))(((.(((......))))))..............))).))...................................................... (-14.88 = -15.12 +   0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 2,180,778 – 2,180,886
Length 108
Sequences 4
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.46
Mean single sequence MFE -37.00
Consensus MFE -27.92
Energy contribution -27.18
Covariance contribution -0.75
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.78
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 2.02
SVM RNA-class probability 0.985913
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2180778 108 - 22407834
UGUACACAUACAUAUGUAUGUGA------CCAUGUGUGCCGUGCUUACAUAUGUGCGGCCAUAUCUGUGUUUUGGUGUCUGAUUCUAGAGCACAAGUGGAUGCCACUUGGCUGC
....(((((((....))))))).------(((((((.((((..(........)..)))))))...((((((((((.........)))))))))).))))..(((....)))... ( -41.00)
>DroSec_CAF1 26853 100 - 1
UGUACAUAU----UAGUAUGUGA------CCAUGUGUGCCGUGCUU----AUGUGCGGCCAUAUCUGCGUUUUGGUGUCUGAUUCUAGAGCACAAGUGGAUGCCACUUGGCUGC
..((((((.----...)))))).------..(((((.((((..(..----..)..)))))))))..(((((((((.........))))))).(((((((...)))))))))... ( -34.30)
>DroSim_CAF1 21407 100 - 1
UGUACAUAU----UAGUAUGUGA------CCAUGUGUGCCGUGCUU----AUGUGCGGCCAUAUCUGUGUUUUGGUGUCUGAUUCUAGAGCACAAGUGGAUGCCACUUGGCUGC
..((((((.----...)))))).------(((((((.((((..(..----..)..)))))))...((((((((((.........)))))))))).))))..(((....)))... ( -35.40)
>DroYak_CAF1 25573 110 - 1
UGUAGGUGC----CCAUGUGUGGUGUAUGGUGUGUGUGGUGUGCUUACAUAUGUGCGGGCAUAUCUGUGUUUUGGUGUCUGAUUCUAGAGCACAAGUGGAUGCCACUUGGCUGC
((((((..(----(((((..((.(....).))..))))).)..)))))).....((((.((....((((((((((.........))))))))))(((((...))))))).)))) ( -37.30)
>consensus
UGUACAUAU____UAGUAUGUGA______CCAUGUGUGCCGUGCUU____AUGUGCGGCCAUAUCUGUGUUUUGGUGUCUGAUUCUAGAGCACAAGUGGAUGCCACUUGGCUGC
....(((((........))))).........(((((.((((..(........)..)))))))))..(((((((((.........))))))).(((((((...)))))))))... (-27.92 = -27.18 +  -0.75)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 2,180,813 – 2,180,926
Length 113
Sequences 4
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.62
Mean single sequence MFE -37.62
Consensus MFE -25.74
Energy contribution -26.30
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.47
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 1.70
SVM RNA-class probability 0.972972
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2180813 113 - 22407834
UAUCAAAUCGCUGGCUGUCUGGCGGACCUCUGCUACUAUAUGUACACAUACAUAUGUAUGUGA------CCAUGUGUGCCGUGCUUACAUAUGUGCGGCCAUAUCUGUGUUUUGGUGUC
(((((((.(((.((.....((((((....)))))).........(((((((....))))))).------))(((((.((((..(........)..)))))))))..))).))))))).. ( -39.50)
>DroSec_CAF1 26888 105 - 1
UAUCAAAUCGCUGGCUGUCUGGCGGACCUCUGCUGCUAUGUGUACAUAU----UAGUAUGUGA------CCAUGUGUGCCGUGCUU----AUGUGCGGCCAUAUCUGCGUUUUGGUGUC
(((((((.(((((((.....(((((....)))))))))((..((((((.----...)))))).------.))((((.((((..(..----..)..))))))))...))).))))))).. ( -35.90)
>DroSim_CAF1 21442 105 - 1
UAUCAAAUCGCUGGCUGUCUGGCGGACCUCUGCUGCUAUAUGUACAUAU----UAGUAUGUGA------CCAUGUGUGCCGUGCUU----AUGUGCGGCCAUAUCUGUGUUUUGGUGUC
(((((((.(((((((.....(((((....)))))))))(((((((....----..))))))).------..(((((.((((..(..----..)..)))))))))..))).))))))).. ( -33.80)
>DroYak_CAF1 25608 115 - 1
UAUCAAAUCGCUGGCUGUCUGCCGUUCCUCCGACGCUAUAUGUAGGUGC----CCAUGUGUGGUGUAUGGUGUGUGUGGUGUGCUUACAUAUGUGCGGGCAUAUCUGUGUUUUGGUGUC
(((((((.(((.(((.....))).....((((.(((.(((((((((..(----(((((..((.(....).))..))))).)..)))))))))))))))).......))).))))))).. ( -41.30)
>consensus
UAUCAAAUCGCUGGCUGUCUGGCGGACCUCUGCUGCUAUAUGUACAUAU____UAGUAUGUGA______CCAUGUGUGCCGUGCUU____AUGUGCGGCCAUAUCUGUGUUUUGGUGUC
(((((((.(((((((.....(((((....)))))))))((..((((........))))..)).........(((((.((((..(........)..)))))))))..))).))))))).. (-25.74 = -26.30 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:45:03 2006