Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 264,956 – 265,056 |
Length | 100 |
Max. P | 0.578796 |
Location | 264,956 – 265,056 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 100 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.60 |
Mean single sequence MFE | -38.38 |
Consensus MFE | -29.34 |
Energy contribution | -28.98 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.64 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.578796 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 264956 100 + 22407834 AUGUGCAGAGAGUACAUUGCUCGGUGUACUGCAGAUAAGUCGCUGGUCUCAGAUGACGUGGCUCGGCUGAGAUCAACGAUCCUUUAGCCAAACUCACCCU .......(((((((((((....))))))))((.((...((((.(((((((((.(((......))).))))))))).))))...)).))....)))..... ( -31.80) >DroPse_CAF1 84195 100 + 1 AGGUGCAGAGUGUGCACUGUUCCGUGUACUGCAGAUACGUGGCUGGUCGCUGGGGUCGCAGCUCUCCAGAGAUCAGUGAGCCCUUGGCCACACUCACGCG ..(((..(((((((((((((..(((((.......)))))..)).((((.((((((........)))))).)))))))).(((...)))))))))).))). ( -38.70) >DroSim_CAF1 69935 100 + 1 AAGUGCAGAGGGUACACUGCUCGGUGUAUUGCAGAUAAGUCGCUGGUCUCAGAUGACGUGGCUCGGCUGAGAUCAGCGAUCCUUUAGCCAAGCUGACCCU ..(.((((((((((((((....))))))).........((((((((((((((.(((......))).))))))))))))))))))).)))........... ( -39.30) >DroEre_CAF1 62877 100 + 1 AUGUGCAGAGCGUACACUGCUCAGUGUACUGCAGAUAAGUCGCUGGUCUCAGAUGACGCGGCUCGGCUGAGAUCAGCGAUCCUUUAGCCAAGCUGACCCU ((.((((....(((((((....))))))))))).))..((((((((((((((.(((......))).))))))))))))))...(((((...))))).... ( -40.40) >DroYak_CAF1 60698 100 + 1 AAGUGCAGAGGGUACACUGCUCGGUGUACUGCAGAUACGUCGCUGGUCUCAGGUGACGCGGCUCGGCUGAGAUCAGCGAUCCUUUGGCCAAGCUGACCCU .....(((((((((((((....))))))).........((((((((((((((.(((......))).)))))))))))))))))))).............. ( -43.90) >DroPer_CAF1 84856 100 + 1 AGGUGCAGAGUGUGCACUGUUCCGUGUACUGCAGAUACGUGGCUGGACGCUGGGGUCGUAGCUCUCCAGAGAUCAGUGAGCCCUUGGCCACACUCACGCG ..(((..((((((((((((.(((((.(((..(......)..).)).)))((((((........)))))).)).))))).(((...)))))))))).))). ( -36.20) >consensus AAGUGCAGAGGGUACACUGCUCGGUGUACUGCAGAUAAGUCGCUGGUCUCAGAUGACGCGGCUCGGCUGAGAUCAGCGAUCCUUUAGCCAAACUCACCCU ...((((....(((((((....)))))))))))......(((((((((((((.((........)).)))))))))))))..................... (-29.34 = -28.98 + -0.36)
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