Locus 7582

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 20,976,071 – 20,976,191
Length 120
Max. P 0.799315
window12191

overview

Window 1

Location 20,976,071 – 20,976,191
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.03
Mean single sequence MFE -31.48
Consensus MFE -22.36
Energy contribution -22.84
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.32
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.61
SVM RNA-class probability 0.799315
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20976071 120 + 22407834
UGUCAUUGCGAUUUGUGCGUGCUGCAAGUGCUAAUUAAAAACAGACUUCGCAGAAAUAUUCGUGUUAAUUUAAUUGUGUUCUCAAAAUUAUCAAGAACAUGAUUGAAUCGUAAUCGAUGC
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>DroSec_CAF1 24898 119 + 1
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>DroSim_CAF1 25280 119 + 1
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>DroEre_CAF1 31434 119 + 1
UGUCAUUGCGAUGGGUGCGUGCUGCAAGCGCUAAUUAAAAACAGACAUCGCAAAGACAUUCGUGUUAAUUGAAUUAUGUUUUUA-AAUUAGCAGGCGCAUGACUGCAUCGCCAUCGAAUC
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>DroYak_CAF1 35328 119 + 1
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>consensus
UGUCAUUGCGAUUUGUGCGUGCUGCAAGCGCUAAUUAAAAACAGACAUCGCAGAGAUAUUCGUGUUAAUUUAAUUGUGUUUUUA_AAUUAUCAAGAACAUGAUUGAAUCGCAAUCGAAGC
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