Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,925,380 – 20,925,499 |
Length | 119 |
Max. P | 0.923467 |
Location | 20,925,380 – 20,925,499 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.57 |
Mean single sequence MFE | -31.75 |
Consensus MFE | -26.44 |
Energy contribution | -26.92 |
Covariance contribution | 0.48 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 1.15 |
SVM RNA-class probability | 0.923467 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 20925380 119 - 22407834 GGGGCUAUUCCUGAUCGGGCUCUAAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCAUGCUAUCUAAUAUGAGUUCCCAUUCCGCGCA-AGUGGCGU ((((((......(((.(((((.....)))))..(((((((((((((((((.............)))).)))))))))...))))))).......))))))....((((...-.))))... ( -34.54) >DroSec_CAF1 10504 119 - 1 GGGGCUAUUUCUGAUCGGGCUCUAAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCAUGCUAUCUAAUAUGAGUUCCCAUUCUGCGCA-AGUGGCGU ((((((......(((.(((((.....)))))..(((((((((((((((((.............)))).)))))))))...))))))).......))))))....(..(...-.)..)... ( -31.74) >DroSim_CAF1 9888 119 - 1 GGGGCUAUUUCUGAUCGGGCUCUAAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCAUGCUAUCUAAUAUGAGUUCCCAUUCCGCGCA-AGUGGCGU ((((((......(((.(((((.....)))))..(((((((((((((((((.............)))).)))))))))...))))))).......))))))....((((...-.))))... ( -34.54) >DroEre_CAF1 9304 120 - 1 GGGGCCAUUUCUGAUCGGCCUCUAAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCGUGCUAUCUAAUACGAGUUCCCCCGCCGCGCAAAGUGGCGU ((((....(((.....(((........)))...(((((((((((((((((.............)))).))))))))...))))).........)))..))))((((((.....)))))). ( -32.72) >DroYak_CAF1 10427 120 - 1 GGGUUUAUUUGUGAUCGGUCUCUCAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCAUGCUAUCUAAUAUGAGCUCCCAUUCCGCGCAAAGUGGCGU ((((((((....(((.((.((.....)).))..(((((((((((((((((.............)))).)))))))))...)))))))....)))))))).....((((.....))))... ( -25.22) >consensus GGGGCUAUUUCUGAUCGGGCUCUAAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCAUGCUAUCUAAUAUGAGUUCCCAUUCCGCGCA_AGUGGCGU ((((((......(((.(((((.....)))))..(((((((((((((((((.............)))).))))))))...)))))))).......))))))......((((......)))) (-26.44 = -26.92 + 0.48)
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