Locus 7541

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 20,923,730 – 20,923,889
Length 159
Max. P 0.999868
window12124 window12125 window12126

overview

Window 4

Location 20,923,730 – 20,923,850
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.25
Mean single sequence MFE -43.38
Consensus MFE -37.78
Energy contribution -38.70
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.52
SVM RNA-class probability 0.961298
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20923730 120 + 22407834
CCAUGUUUUUGCCUUAUCAGCGGACGAGGACGCAGCGUGAGUGCGGCUGUCACUUGGGGCAAACAUAUGUUUCGCUACAAAUUGACGACCGCAACGCUCUUAUCAGCAGCGGCUGCUGAU
....(((((((((........)).)))))))(.(((((...(((((.(((((.(((..((((((....)))).))..)))..))))).)))))))))))..((((((((...)))))))) ( -44.00)
>DroSec_CAF1 8935 120 + 1
CCAUGUUUUUGCCUUAUCAGCGGACGAGGACGCAGCGUGAGUGCGGCUGUCACUUGGGGCAAACAUAUGUUUCGCUACAAAUUGACGACAGCAACGCUCUUAUCAGCAGCGGCUGCUGAU
..(((((....(((..((....))..)))....)))))(((((..((((((..(((..((((((....)))).))..)))......))))))..)))))..((((((((...)))))))) ( -41.70)
>DroSim_CAF1 8262 120 + 1
CCAUGUUUUUGCCUUAUCAGCGGACGAGGACGCAGCGUGAGUGCGGCUGUCACUUGGGGCAAACAUAUGUUUCGCUACAAAUUGACGACCGCAACGCUCUUAUCAGCAGCGGCUGCUGAU
....(((((((((........)).)))))))(.(((((...(((((.(((((.(((..((((((....)))).))..)))..))))).)))))))))))..((((((((...)))))))) ( -44.00)
>DroEre_CAF1 7845 119 + 1
CCAUCUUUUGGCCUUAUCAGCCGACGAGGACGCAGCGUGAGUGCGGCUGUCACUUGGGGCAAACAUAUGUUUCGCUACAAAUUGACGACCGCAAGGCGCUUAUCAGCAGC-GCUGCUGAU
...(((((((((.......))))).))))..((((((((..(((((.(((((.(((..((((((....)))).))..)))..))))).)))))...)(((....))).))-))))).... ( -44.00)
>DroYak_CAF1 8233 118 + 1
CCAUGUUUUCGCCUUAUCAGCGGACGAGAACGCAGCGUGAGUGCGGCUGUCACUUGGGGCAAACAUAUGUUUCGCUACAAAUUGACGACCGCAACGCUCUUAUCAGCCG--GCUGCUGAU
....(((((((((........)).)))))))(.(((((...(((((.(((((.(((..((((((....)))).))..)))..))))).)))))))))))..((((((..--...)))))) ( -43.20)
>consensus
CCAUGUUUUUGCCUUAUCAGCGGACGAGGACGCAGCGUGAGUGCGGCUGUCACUUGGGGCAAACAUAUGUUUCGCUACAAAUUGACGACCGCAACGCUCUUAUCAGCAGCGGCUGCUGAU
...((((((((((........)).))))))))..((((...(((((.(((((.(((..((((((....)))).))..)))..))))).)))))))))....((((((((...)))))))) (-37.78 = -38.70 +   0.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 5

Location 20,923,730 – 20,923,850
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.25
Mean single sequence MFE -42.80
Consensus MFE -38.56
Energy contribution -39.20
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 2.67
SVM RNA-class probability 0.996232
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20923730 120 - 22407834
AUCAGCAGCCGCUGCUGAUAAGAGCGUUGCGGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCACUCACGCUGCGUCCUCGUCCGCUGAUAAGGCAAAAACAUGG
((((((((...))))))))...(((((((((((.((((.((((..((.((((....))))))..)))))))).))))))...)))))..(.(((..((....))..)))).......... ( -43.40)
>DroSec_CAF1 8935 120 - 1
AUCAGCAGCCGCUGCUGAUAAGAGCGUUGCUGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCACUCACGCUGCGUCCUCGUCCGCUGAUAAGGCAAAAACAUGG
((((((((...))))))))..(((.((.((((((....(((((..((.((((....))))))..))))))))))).)).)))..(((..(((..(....)..)))..))).......... ( -37.80)
>DroSim_CAF1 8262 120 - 1
AUCAGCAGCCGCUGCUGAUAAGAGCGUUGCGGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCACUCACGCUGCGUCCUCGUCCGCUGAUAAGGCAAAAACAUGG
((((((((...))))))))...(((((((((((.((((.((((..((.((((....))))))..)))))))).))))))...)))))..(.(((..((....))..)))).......... ( -43.40)
>DroEre_CAF1 7845 119 - 1
AUCAGCAGC-GCUGCUGAUAAGCGCCUUGCGGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCACUCACGCUGCGUCCUCGUCGGCUGAUAAGGCCAAAAGAUGG
(((((((..-..)))))))..(.((((((((((.((((.((((..((.((((....))))))..)))))))).)))))..(((.((((((....)).))))))).))))))......... ( -45.70)
>DroYak_CAF1 8233 118 - 1
AUCAGCAGC--CGGCUGAUAAGAGCGUUGCGGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCACUCACGCUGCGUUCUCGUCCGCUGAUAAGGCGAAAACAUGG
((((((...--..))))))...(((((((((((.((((.((((..((.((((....))))))..)))))))).))))))...)))))..(((.(((.((........))))).))).... ( -43.70)
>consensus
AUCAGCAGCCGCUGCUGAUAAGAGCGUUGCGGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCACUCACGCUGCGUCCUCGUCCGCUGAUAAGGCAAAAACAUGG
((((((((...))))))))...(((((((((((.((((.((((..((.((((....))))))..)))))))).))))))...)))))..(.(((..((....))..)))).......... (-38.56 = -39.20 +   0.64)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 6

Location 20,923,770 – 20,923,889
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.91
Mean single sequence MFE -39.12
Consensus MFE -36.34
Energy contribution -36.94
Covariance contribution 0.60
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.53
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 4.31
SVM RNA-class probability 0.999868
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20923770 119 - 22407834
CCCCCAGUC-CCCCACUUAAAGUCUCUUGCUGUUGUUGUUAUCAGCAGCCGCUGCUGAUAAGAGCGUUGCGGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCAC
....((((.-....((.....)).....))))..(((.((((((((((...)))))))))).)))..((((((.((((.((((..((.((((....))))))..)))))))).)))))). ( -41.60)
>DroSec_CAF1 8975 120 - 1
CCCCCAUUCAUCCCACUUAAAGUCCCUUGCUGUUGUUGUUAUCAGCAGCCGCUGCUGAUAAGAGCGUUGCUGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCAC
..................................(((.((((((((((...)))))))))).)))((.((((((....(((((..((.((((....))))))..))))))))))).)).. ( -35.40)
>DroSim_CAF1 8302 120 - 1
CCCCCAUUCACCCCACUUAAAGUCACUUGCUGUUGUUGUUAUCAGCAGCCGCUGCUGAUAAGAGCGUUGCGGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCAC
..................................(((.((((((((((...)))))))))).)))..((((((.((((.((((..((.((((....))))))..)))))))).)))))). ( -39.60)
>DroEre_CAF1 7885 119 - 1
CCCCCAUUCAACCACAUUAAGGUCCCUGGCUGCAGUUGUUAUCAGCAGC-GCUGCUGAUAAGCGCCUUGCGGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCAC
..........(((.......)))....(((.((.....(((((((((..-..)))))))))))))).((((((.((((.((((..((.((((....))))))..)))))))).)))))). ( -40.00)
>DroYak_CAF1 8273 118 - 1
CACCCGUUCAACCACUUUUAAGUCUCUUGCUGUUGUUGUUAUCAGCAGC--CGGCUGAUAAGAGCGUUGCGGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCAC
....((((((((.((...((((...))))..)).))).((((((((...--..))))))))))))).((((((.((((.((((..((.((((....))))))..)))))))).)))))). ( -39.00)
>consensus
CCCCCAUUCAACCCACUUAAAGUCCCUUGCUGUUGUUGUUAUCAGCAGCCGCUGCUGAUAAGAGCGUUGCGGUCGUCAAUUUGUAGCGAAACAUAUGUUUGCCCCAAGUGACAGCCGCAC
..................................(((.((((((((((...)))))))))).)))..((((((.((((.((((..((.((((....))))))..)))))))).)))))). (-36.34 = -36.94 +   0.60)

alignment

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