| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 2,158,667 – 2,158,782 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.547511 |
| Location | 2,158,667 – 2,158,782 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.69 |
| Mean single sequence MFE | -50.12 |
| Consensus MFE | -34.02 |
| Energy contribution | -34.75 |
| Covariance contribution | 0.73 |
| Combinations/Pair | 1.31 |
| Mean z-score | -1.30 |
| Structure conservation index | 0.68 |
| SVM decision value | 0.03 |
| SVM RNA-class probability | 0.547511 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2158667 115 + 22407834 --CGCCGAAAGGUAGUGGAAGGCUCCAUUGAUGGCGUGCAUGAAGAGCGGCGAUGUGGGUGGUGGACCAUAGGCCGCAGCAG---CCGCUGCUGCUACCGCUGCAACGGCGGGCAGGCUC --.(((....)))((((((....))))))...(((.(((.......(((((..(((((........))))).)))))(((((---(....)))))).((((((...))))))))).))). ( -54.40) >DroPse_CAF1 543 115 + 1 --CGCGGACAGGUAAUGGAAGGCUCCGUUGAUGGCGUGCAUGAAGAGCGGCGAUGUGGGUGGCGGUCCAUAGGCGGCAGCUG---CUGCUGCAGCCACUGCUGCCACAGCGGGCAGACUC --((((..((..(((((((....))))))).)).))))......((((.((..(((..((((((((.....(((.(((((..---..))))).)))...)))))))).))).)).).))) ( -46.50) >DroGri_CAF1 572 108 + 1 UUCGCGGACAGAUAGUGGAAGG------------CUUGCAUGAAUAGCGGCGACGGUGGCUGCGGUCCAUAUGCGGCAGCUGCAGCCGCUGCUGCAACAGCUGCUGCCGUUGGUAAGCUC (((((.........))))).((------------(((((...((..((((((..((((((((((((((......))..))))))))))))((((...))))))))))..)).))))))). ( -47.30) >DroSec_CAF1 504 115 + 1 --CGCCGAAAGGUAGUGGAAGGCUCCAUUAAUGGCGUGCAUGAAAAGCGGCGAUGUGGGUGGUGGACCAUAGGCCGCAGCAG---CCGCUGCUGCUACCGCUGCAACGGCGGGCAGGCUC --.(((....)))((((((....))))))...(((.(((.......(((((..(((((........))))).)))))(((((---(....)))))).((((((...))))))))).))). ( -54.40) >DroAna_CAF1 507 115 + 1 --CGCCGACAAGUAAUGGAAGGCACCGUUGAUCGCGUGCAUGAAGAGCGGCGAUGUGGGCGGUGGACCGUAGGCAGCGGCAG---CUGCUGCCGCCACAGCUGCCACGGCUGGCAAGCUC --((((.((...((((((......))))))(((((.(((.......)))))))))).))))((((......((((((((...---)))))))).))))((((((((....)))).)))). ( -51.60) >DroPer_CAF1 1699 115 + 1 --CGCGGACAGGUAAUGGAAGGCUCCGUUGAUGGCGUGCAUGAAGAGCGGCGAUGUGGGUGGCGGUCCAUAGGCGGCAGCUG---CUGCUGCAGCCACUGCUGCCACAGCGGGCAGACUC --((((..((..(((((((....))))))).)).))))......((((.((..(((..((((((((.....(((.(((((..---..))))).)))...)))))))).))).)).).))) ( -46.50) >consensus __CGCCGACAGGUAAUGGAAGGCUCCGUUGAUGGCGUGCAUGAAGAGCGGCGAUGUGGGUGGCGGACCAUAGGCGGCAGCAG___CCGCUGCUGCCACAGCUGCCACGGCGGGCAGGCUC ..(((((.....((((((......))))))................(((((..(((((........)))))(((.(((((.......))))).)))...)))))..)))))......... (-34.02 = -34.75 + 0.73)
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