Locus 7471

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	20,752,336 – 20,752,549
Length	213
Max. P	0.997488

overview

Window 7

Location	20,752,336 – 20,752,441
Length	105
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.84
Mean single sequence MFE	-47.45
Consensus MFE	-33.88
Energy contribution	-33.72
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.41
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.86
SVM RNA-class probability	0.868632
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20752336 105 + 22407834
GGAGCACCUCCCCCACCGCCGCCACCUAUGCCGGGACGAGCAGGUGGUGGACCUCCGCCUCCACCACCACCUCCCAUGCCGGGAAGGGCAGGUGGACCGCCACCA
((((...)))).(((((.(((.((....)).))).....((.(((((((((........))))))))).((((((.....))).))))).))))).......... ( -44.00)
>DroSec_CAF1 4212 105 + 1
GGAGUACCUCCCCCACCGCCGCCACCUAUGCCGGGCCGAGCAGGUGGUGGACCUCCGCCUCCACCACCACCUCCCAUGCCGGGAAGGGCAGGUGGACCGCCACCU
((((...))))....((((((((.......((.(((.(((..(((((((((........)))))))))..)))....))).))...))).))))).......... ( -44.40)
>DroSim_CAF1 4204 105 + 1
GGAGCACCUCCCCCACCGCCGCCACCUAUGCCGGGCCGAGCAGGUGGUGGACCUCCGCCUCCACCACCACCUCCCAUGCCGGGCAGGGCAGGUGGACCGCCACCU
((((...))))....((((((((.....((((.(((.(((..(((((((((........)))))))))..)))....))).)))).))).))))).......... ( -49.70)
>DroWil_CAF1 5561 105 + 1
GGAGCACCCCCACCUCCACCGCCACCCAUGCCGGGUCGUGGUCCUGGAGGACCACCCCCGCCGCCACCACCGCCAAUGCCUGGAAAAGCUGGAGGACCUCCACCG
((((........((((((.(.(((..((((.((((..(((((((....))))))).)))).)((.......))..)))..)))....).))))))..)))).... ( -37.40)
>DroYak_CAF1 4137 105 + 1
GGGGCUCCGCCCCCACCGCCACCACCUAUGCCGGGCAGAGCAGGUGGUGGACCUCCGCCUCCGCCACCACCUCCCAUGCCCGGAAGGGUAGGUGGACCGCCCCCA
(((((..((.......))(((((((((...((((((((((..(((((((((........)))))))))..)))...)))))))..)))).)))))...))))).. ( -57.10)
>DroAna_CAF1 3845 104 + 1
-GUCCACCACCUCCGCCGCCGCCACCUAUGCCGGGAAGAGCGGGAGGCGGUCCGCCACCGCCUCCUCCACCUCCAAUGCCUGGUAUGGGCGGCGGACCACCUCCU
-.................(((((.(((((((((((..(((.((((((((((.....))))))))))....))).....))))))))))).))))).......... ( -52.10)
>consensus
GGAGCACCUCCCCCACCGCCGCCACCUAUGCCGGGCCGAGCAGGUGGUGGACCUCCGCCUCCACCACCACCUCCCAUGCCGGGAAGGGCAGGUGGACCGCCACCU
............(((((...(((.......((.(((.(((..(((((((((........)))))))))..)))....))).))...))).))))).......... (-33.88 = -33.72 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	20,752,370 – 20,752,472
Length	102
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.68
Mean single sequence MFE	-55.27
Consensus MFE	-30.17
Energy contribution	-30.53
Covariance contribution	0.37
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-3.68
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	2.04
SVM RNA-class probability	0.986303
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20752370 102 + 22407834
GACGAGCAGGUGGUGGACCUCCGCCUCCACCACCACCUCCCAUGCCGGGAAGGGCAGGUGGACCGCCACCACCUCCUCCACCGCCCGGAAUG------GG---AGGCCCAC
........(((((((((........))))))))).((((((((.(((((..(((.((((((.......)))))))))......))))).)))------))---)))..... ( -55.40)
>DroSim_CAF1 4238 102 + 1
GCCGAGCAGGUGGUGGACCUCCGCCUCCACCACCACCUCCCAUGCCGGGCAGGGCAGGUGGACCGCCACCUCCUCCUCCACCGCCCGGAAUG------GG---AGGCCCAC
........(((((((((........))))))))).((((((((.((((((((((.((((((....)))))).).))).....)))))).)))------))---)))..... ( -58.50)
>DroEre_CAF1 4057 102 + 1
GCAGAGCAGGUGGUGGACCUCCGCCUCCGCCCCCACCUCCCAUGCCGGGAAGGGCAGGUGGACCGCCCCCACCUCCUCCACCGCCCGGAAUG------GG---AGGCCCAC
.....((.((.(((((....))))).)))).....((((((((.(((((..(((.((((((.......)))))))))......))))).)))------))---)))..... ( -52.00)
>DroWil_CAF1 5595 105 + 1
GUCGUGGUCCUGGAGGACCACCCCCGCCGCCACCACCGCCAAUGCCUGGAAAAGCUGGAGGACCUCCACCGCCACCUCCUCCGCCGGGAAUG------GGUGGUGGGCCAC
...(((((((....))))))).(((((((((....((((((.....)))....((.((((((..............))))))))))).....------))))))))).... ( -46.94)
>DroYak_CAF1 4171 102 + 1
GCAGAGCAGGUGGUGGACCUCCGCCUCCGCCACCACCUCCCAUGCCCGGAAGGGUAGGUGGACCGCCCCCACCUCCUCCACCGCCCGGGAUG------GG---AGGCCCAC
........(((((((((........))))))))).((((((((.(((((..((..((((((.......))))))......))..))))))))------))---)))..... ( -53.70)
>DroAna_CAF1 3878 108 + 1
GAAGAGCGGGAGGCGGUCCGCCACCGCCUCCUCCACCUCCAAUGCCUGGUAUGGGCGGCGGACCACCUCCUCCGCCUCCCAUGCCCGGUAUGGGUAGGGG---AGGUCCAC
...((.(.(((((((((.....)))))))))(((.(((((.(((((.((((((((.((((((........)))))).)))))))).))))).)).)))))---)).))... ( -65.10)
>consensus
GCAGAGCAGGUGGUGGACCUCCGCCUCCGCCACCACCUCCCAUGCCGGGAAGGGCAGGUGGACCGCCACCACCUCCUCCACCGCCCGGAAUG______GG___AGGCCCAC
...(((..(((((((((........)))))))))..))).(((.(((((..(((.(((.((.......)).))).))).....))))).)))................... (-30.17 = -30.53 +   0.37)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	20,752,410 – 20,752,509
Length	99
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.24
Mean single sequence MFE	-52.05
Consensus MFE	-27.47
Energy contribution	-29.75
Covariance contribution	2.28
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.98
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	2.87
SVM RNA-class probability	0.997488
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20752410 99 + 22407834
CAUGCCGGGAAGGGCAGG---UGGAC--CGCCACCACCUCCUCCACCGCCCGGAAUG------GG---AGGCCCACCGCCUCCACCCA---UGCCUGGCAUGAUGCGCCCAGGAGG
(((((((((..((((.((---((((.--.............))))))))))((....------((---((((.....))))))..)).---..))))))))).............. ( -46.94)
>DroPse_CAF1 5343 107 + 1
AAUGCCUGGCAUGGGAGGACCCAGAC--CUCCACCCCCGCCGCCUAUGCCCGGAAUG------GGUGGUGGUCCACCGCCACCGCCCAUGAUGCCUGGCAUGAUGCGACCUGGAG-
....((.(((..(((.(((.......--.))).)))..)))((.((((((.((.(((------(((((((((.....))))))))))))....)).))))))..)).....))..- ( -50.40)
>DroGri_CAF1 4207 101 + 1
AAUGCCGGGCAUGGGCGG---UGGUCCA--CCACCGCCACCACCUAUGCCCGGUCGG------GGUGGAGGUCCGCCACCGCCACCAA---UGCCGGGCAUGAUACGGCCAGGCG-
...(((.(((...(((((---(((....--))))))))......((((((((((.((------(((((.((....)).))))).))..---.)))))))))).....))).))).- ( -62.00)
>DroWil_CAF1 5635 101 + 1
AAUGCCUGGAAAAGCUGG---AGGAC--CUCCACCGCCACCUCCUCCGCCGGGAAUG------GGUGGUGGGCCACCACCGCCACCGA---UGCCUGGCAUGAUACGACCUGGUG-
...(((.((.......((---((((.--.............))))))((((((.((.------((((((((.......)))))))).)---).)))))).........)).))).- ( -45.74)
>DroAna_CAF1 3918 104 + 1
AAUGCCUGGUAUGGGCGG---CGGAC--CACCUCCUCCGCCUCCCAUGCCCGGUAUGGGUAGGGG---AGGUCCACCGCCGCCACCUA---UGCCGGGAAUGAUUCGACCCGGAG-
....(((((((((((.((---(((..--.....(((((.((((((((((...))))))).)))))---))).......))))).))))---))))))).....((((...)))).- ( -56.44)
>DroPer_CAF1 5517 107 + 1
AAUGCCUGGCAUGGGAGGACCCAGAC--CUCCACCCCCGCCGCCUAUGCCCGGAAUG------GGUGGUGGUCCACCGCCACCACCCAUGAUGCCUGGCAUGAUGCGACCUGGAG-
....((.(((..(((.(((.......--.))).)))..)))((.((((((.((.(((------(((((((((.....))))))))))))....)).))))))..)).....))..- ( -50.80)
>consensus
AAUGCCUGGCAUGGGAGG___CGGAC__CUCCACCCCCGCCUCCUAUGCCCGGAAUG______GGUGGAGGUCCACCGCCGCCACCCA___UGCCUGGCAUGAUGCGACCUGGAG_
.(((((.((((((((.((....((.........))....)).)))))))).............(((((((((.....)))))))))..........)))))............... (-27.47 = -29.75 +   2.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	20,752,441 – 20,752,549
Length	108
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.06
Mean single sequence MFE	-51.55
Consensus MFE	-25.41
Energy contribution	-27.13
Covariance contribution	1.73
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-2.89
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	1.07
SVM RNA-class probability	0.909502
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20752441 108 + 22407834
CCUCCUCCACCGCCCGGAAUGGG---AGGCCCACCGCCUCCACCCA---UGCCUGGCAUGAUGCGCCCAGGAGGGGGACCUCCACCACCGCCCAUGAUGAUGGGGCCCAUGGUU
........((((((.((.(((((---((((.....))))...))))---).)).)))...(((.((((.(((((....))))).........(((....))))))).)))))). ( -46.30)
>DroPse_CAF1 5377 111 + 1
CCGCCGCCUAUGCCCGGAAUGGGUGGUGGUCCACCGCCACCGCCCAUGAUGCCUGGCAUGAUGCGACCUGGAG---GUCCACCUCCGCCCCCCAUGAUGAUGGGGCCCAUGGUG
....(((.((((((.((.((((((((((((.....))))))))))))....)).))))))..)))(((.((((---(....)))))(..((((((....))))))..)..))). ( -58.80)
>DroGri_CAF1 4238 108 + 1
CCACCACCUAUGCCCGGUCGGGGUGGAGGUCCGCCACCGCCACCAA---UGCCGGGCAUGAUACGGCCAGGCG---GUCCACCACCACCGCCCAUGAUGAUGAUGCCGAUGGUA
..((((..((((((((((.(((((((.((....)).))))).))..---.))))))))))...((((..((((---((........))))))(((....)))..)))).)))). ( -52.70)
>DroWil_CAF1 5666 108 + 1
CCACCUCCUCCGCCGGGAAUGGGUGGUGGGCCACCACCGCCACCGA---UGCCUGGCAUGAUACGACCUGGUG---GUCCACCGCCACCACCCAUGAUGAUGGGACCAAUGGUU
...........((((((.((.((((((((.......)))))))).)---).)))))).......(((((((((---((.....)))))))(((((....)))))......)))) ( -50.90)
>DroMoj_CAF1 5903 105 + 1
CCUCCACCAAUGCCCGGCAUGGGU---GGUCCCCCACCUCCUCCAA---UGCCUGGCAUGAUGCGACCGGGUG---GUCCGCCACCACCGCCCAUGAUGAUGAUGCCCAUGGUG
....((((((((((.(((((((((---((....))))))......)---)))).))))).........(((((---((........)))))))................))))) ( -41.40)
>DroPer_CAF1 5551 111 + 1
CCGCCGCCUAUGCCCGGAAUGGGUGGUGGUCCACCGCCACCACCCAUGAUGCCUGGCAUGAUGCGACCUGGAG---GUCCACCUCCGCCCCCCAUGAUGAUGGGGCCCAUGGUG
....(((.((((((.((.((((((((((((.....))))))))))))....)).))))))..)))(((.((((---(....)))))(..((((((....))))))..)..))). ( -59.20)
>consensus
CCACCACCUAUGCCCGGAAUGGGUGGUGGUCCACCACCACCACCCA___UGCCUGGCAUGAUGCGACCUGGAG___GUCCACCACCACCGCCCAUGAUGAUGGGGCCCAUGGUG
...........(((.((....(((((((((.....))))))))).......)).)))........(((.((((.........))))....(((((....)))))......))). (-25.41 = -27.13 +   1.73)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:37:39 2006