Locus 7357

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 20,500,706 – 20,500,810
Length 104
Max. P 0.797557
window11810

overview

Window 0

Location 20,500,706 – 20,500,810
Length 104
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.67
Mean single sequence MFE -27.43
Consensus MFE -21.97
Energy contribution -21.92
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.65
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.61
SVM RNA-class probability 0.797557
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20500706 104 - 22407834
UAUU-UCGUGUGUGAAUACUUUUUUGGUGUAAUUCCA---GUUAUAGUUUUGGUUCUGCCAAGCUAAACCGGCUAUAUGACUUUGGUUACAAAGGGCUUAUUCUCACA
....-...((((.(((((..(((((..(((((((..(---((((((...((((((..((...))..))))))...)))))))..))))))))))))..))))).)))) ( -26.50)
>DroSec_CAF1 17744 104 - 1
UAUU-UCGUGUGAGAAUACUUUUUUGGUGUAAUUCCA---GUUAUAGUUUUGGUUCUGCCAAGCUAAACCGGCUAUAUGACUUUGGUUACAAAGGGCUUAUUCUCACA
....-...((((((((((..(((((..(((((((..(---((((((...((((((..((...))..))))))...)))))))..))))))))))))..)))))))))) ( -30.70)
>DroSim_CAF1 22775 104 - 1
UAUU-UCGUGUGUGAAUACUUUUUUGGUGUAAUUCCA---GUUAUAGUUUUGGUUCUGCCAAGCUAAACCGGCUAUAUGACUUUGGUUACAAAGGGCUUAUUCUCACA
....-...((((.(((((..(((((..(((((((..(---((((((...((((((..((...))..))))))...)))))))..))))))))))))..))))).)))) ( -26.50)
>DroEre_CAF1 16873 104 - 1
UAUUUUCGUGUGUGAAUACUUUUUU-GUGUAAUUCCA---GUUAUAGUUUUGGUUCUGCCAAGCUAAACCGGCUAUAUGACUUUGGUUACAAAGGGCUUAUUCUCACA
........((((.(((((..(((((-.(((((((..(---((((((...((((((..((...))..))))))...)))))))..))))))))))))..))))).)))) ( -27.40)
>DroYak_CAF1 16835 105 - 1
UAUUUUUGUGUGUGAAUACUUUUUUGGUGUAAUUCCA---GUUAUAGUUUUGGUUCUGCCAAGCUAAACCGGCUAUAUGACUUUGGUUACAAAAGGCUUAUUCUCACA
........((((.(((((..(((((..(((((((..(---((((((...((((((..((...))..))))))...)))))))..))))))))))))..))))).)))) ( -26.90)
>DroAna_CAF1 9526 103 - 1
UAUUUUUGUGUGUGAAUAGUUUUUUAGUGUAAUUCCAGCAGUUACAGUUUUGG-----CCAAGCUUUGCUACUCUCGUACCUUUGGUUACAAAAGGCUUAUUCACACG
.........((((((((((((((((.(((.....((((.((.(((((...(((-----(........))))..)).))).)))))).)))))))))).))))))))). ( -26.60)
>consensus
UAUU_UCGUGUGUGAAUACUUUUUUGGUGUAAUUCCA___GUUAUAGUUUUGGUUCUGCCAAGCUAAACCGGCUAUAUGACUUUGGUUACAAAGGGCUUAUUCUCACA
........((((.(((((..(((((..(((((..(((...((((((...((((((..((...))..))))))...))))))..)))))))))))))..))))).)))) (-21.97 = -21.92 +  -0.05)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:34:39 2006