Locus 735

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 2,123,698 – 2,123,846
Length 148
Max. P 0.995152
window1209 window1210 window1211 window1212

overview

Window 9

Location 2,123,698 – 2,123,806
Length 108
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.52
Mean single sequence MFE -33.17
Consensus MFE -18.65
Energy contribution -21.07
Covariance contribution 2.42
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.70
SVM RNA-class probability 0.826919
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2123698 108 + 22407834
GGAUUAUGGGAUA-------UAUUGUGUGCAUUUCGAAUGCAGAUAUGCAGU-UAGCCCGCUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGGCU----CGGGGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCA
.......(((...-------.(((((((((((.....)))))....))))))-...)))((((((((((.(((((......((((.((...----))))))..))))).)))))))))). ( -38.90)
>DroSec_CAF1 123994 115 + 1
GGAUUAUGGGAUAUACCAUAUAUUGUGUGCAUUUCGAAUGCAGAUAUGCAGC-UAACCCGCUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGGCU----CGGGGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCA
((..(((((......)))))...(((.(((((.....))))).)))......-....))((((((((((.(((((......((((.((...----))))))..))))).)))))))))). ( -40.50)
>DroSim_CAF1 123776 110 + 1
GGAUUAUGGGAUAU-----AUAUUGUGUGCAUUUCGAAUGCAGAUACGCAGC-UAGCCCGCUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGGCU----CGGGGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCA
.......(((....-----....(((.(((((.....))))).)))......-...)))((((((((((.(((((......((((.((...----))))))..))))).)))))))))). ( -38.43)
>DroEre_CAF1 126783 107 + 1
GGAUUAUGGGAUAU-------AUAGUGUGCAUAUCGAAUGCAGAUACGCACU-AAACCCACUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGGCU----CG-GGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCA
......((((....-------.(((((((..((((.......))))))))))-)..))))(((((((((.(((((......(((((.....----))-)))..))))).))))))))).. ( -37.70)
>DroYak_CAF1 129057 111 + 1
GGAUUAUUGGAUAUA----AUAUUGUGUGCAUUUCGAAUGCAGAUACGCAGU-AAGCCCACUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGACU----GGGGGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCA
((.((((((((((..----.))))((.(((((.....))))).))...))))-))..)).(((((((((.(((((......((((.(....----).))))..))))).))))))))).. ( -34.10)
>DroAna_CAF1 130691 94 + 1
GGAUUAUUGCAC--------------GUGCAUGUUCAAU------AUGAUGUUAAAUGUACUAGGUAAAUAUUUACAAUUAGCUGACAAAUGAGAAGGGGAUAUACAUUUUUGG------
......((((..--------------((((((...((..------....))....))))))...))))(((((..(..(((.........)))...)..)))))..........------ (  -9.40)
>consensus
GGAUUAUGGGAUAU______UAUUGUGUGCAUUUCGAAUGCAGAUACGCAGU_AAACCCACUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGGCU____CGGGGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCA
......((((.............(((.(((((.....))))).)))..........))))(((((((((.(((((......((((............))))..))))).))))))))).. (-18.65 = -21.07 +   2.42)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 2,123,698 – 2,123,806
Length 108
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.52
Mean single sequence MFE -32.43
Consensus MFE -19.85
Energy contribution -21.97
Covariance contribution 2.11
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -3.05
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 2.02
SVM RNA-class probability 0.985749
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2123698 108 - 22407834
UGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCCCCG----AGCCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGCGGGCUA-ACUGCAUAUCUGCAUUCGAAAUGCACACAAUA-------UAUCCCAUAAUCC
.((((((((((.((((.((((((((----...)).)))))).....)))).))))))))))(((.((-..(((((.((.......)).))))).......-------)).)))....... ( -35.70)
>DroSec_CAF1 123994 115 - 1
UGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCCCCG----AGCCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGCGGGUUA-GCUGCAUAUCUGCAUUCGAAAUGCACACAAUAUAUGGUAUAUCCCAUAAUCC
.((((((((((.((((.((((((((----...)).)))))).....)))).))))))))))(((...-(((..((((.(((((.....)))))....))))..)))....)))....... ( -39.80)
>DroSim_CAF1 123776 110 - 1
UGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCCCCG----AGCCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGCGGGCUA-GCUGCGUAUCUGCAUUCGAAAUGCACACAAUAU-----AUAUCCCAUAAUCC
.((((((((((.((((.((((((((----...)).)))))).....)))).))))))))))(((.((-..........(((((.....)))))........-----.)).)))....... ( -36.51)
>DroEre_CAF1 126783 107 - 1
UGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCC-CG----AGCCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGUGGGUUU-AGUGCGUAUCUGCAUUCGAUAUGCACACUAU-------AUAUCCCAUAAUCC
.((((((((((.((((.(((((-((----.....))))))).....)))).))))))))))(((..(-((((((((((.......)))))))))....)-------)...)))....... ( -42.70)
>DroYak_CAF1 129057 111 - 1
UGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCCCCC----AGUCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGUGGGCUU-ACUGCGUAUCUGCAUUCGAAAUGCACACAAUAU----UAUAUCCAAUAAUCC
.((((((((((.((((.((((((.(----....).)))))).....)))).))))))))))((((..-...)).....(((((.....)))))........----.....))........ ( -32.10)
>DroAna_CAF1 130691 94 - 1
------CCAAAAAUGUAUAUCCCCUUCUCAUUUGUCAGCUAAUUGUAAAUAUUUACCUAGUACAUUUAACAUCAU------AUUGAACAUGCAC--------------GUGCAAUAAUCC
------....((((((((...........(((((.(((....)))))))).........)))))))).......(------((((.((......--------------)).))))).... (  -7.75)
>consensus
UGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCCCCG____AGCCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGCGGGCUA_ACUGCAUAUCUGCAUUCGAAAUGCACACAAUA______AUAUCCCAUAAUCC
.((((((((((.((((.((((((............)))))).....)))).)))))))))).........(((((.((.......)).)))))........................... (-19.85 = -21.97 +   2.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 2,123,731 – 2,123,846
Length 115
Sequences 5
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.26
Mean single sequence MFE -31.64
Consensus MFE -26.02
Energy contribution -26.14
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.824848
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2123731 115 + 22407834
CAGAUAUGCAGUUAGCCCGCUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGGCUCGGGGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCACCCGACCUCAAUUAUUGAUCACGCUUUUCAUUUGGCAAAC
..........(((.(((.((((((((((.(((((......((((.((...))))))..))))).))))))))))....((..(((.....))))).............))).))) ( -32.00)
>DroSec_CAF1 124034 114 + 1
CAGAUAUGCAGCUAACCCGCUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGGCUCGGGGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCACCCGACCUCA-UUAUUGAUUAGGCUUUUCAUUUGGCAAAC
..........(((((...((((((((((.(((((......((((.((...))))))..))))).))))))))))..((....(((-....)))...))........))))).... ( -33.70)
>DroSim_CAF1 123811 115 + 1
CAGAUACGCAGCUAGCCCGCUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGGCUCGGGGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCACCCGACCUCAAUUAUUGAUUAGGCUUUUCAUUUGGCAAAC
..........(((((((.((((((((((.(((((......((((.((...))))))..))))).))))))))))........(((.....)))...))))........))).... ( -33.40)
>DroEre_CAF1 126816 114 + 1
CAGAUACGCACUAAACCCACUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGGCUCG-GGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCACCCGACCUCAAUUAUUGAUUAGGCUUUUCAUUUGGCAAAC
..((...((.((((.....(((((((((.(((((......(((((.....))-)))..))))).))))))))).........(((.....)))))))))...))........... ( -28.60)
>DroYak_CAF1 129093 115 + 1
CAGAUACGCAGUAAGCCCACUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGACUGGGGGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCAUCCGACCUCAAUAAUUGAUUAGGCUUUUCAUUUGGCAAAC
.......((...(((((..(((((((((.(((((......((((.(....).))))..))))).))))))))).........(((.....)))...)))))........)).... ( -30.50)
>consensus
CAGAUACGCAGUUAGCCCGCUGGCCAAAUAUUUGCAAUUAGCCCGCGGCUCGGGGCCAUAAAUUUUUGGCCAGCACCCGACCUCAAUUAUUGAUUAGGCUUUUCAUUUGGCAAAC
........((((......))))(((((((...(((....((((...))))...(((((........))))).))).((....(((.....)))...))......))))))).... (-26.02 = -26.14 +   0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 2,123,731 – 2,123,846
Length 115
Sequences 5
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.26
Mean single sequence MFE -38.50
Consensus MFE -33.14
Energy contribution -33.62
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.20
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 2.55
SVM RNA-class probability 0.995152
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2123731 115 - 22407834
GUUUGCCAAAUGAAAAGCGUGAUCAAUAAUUGAGGUCGGGUGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCCCCGAGCCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGCGGGCUAACUGCAUAUCUG
(((.(((.........((.(((((.........))))).))((((((((((.((((.((((((((...)).)))))).....)))).)))))))))).))).))).......... ( -41.10)
>DroSec_CAF1 124034 114 - 1
GUUUGCCAAAUGAAAAGCCUAAUCAAUAA-UGAGGUCGGGUGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCCCCGAGCCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGCGGGUUAGCUGCAUAUCUG
(((.(((.........(((..(((.....-...)))..)))((((((((((.((((.((((((((...)).)))))).....)))).)))))))))).))).))).......... ( -40.00)
>DroSim_CAF1 123811 115 - 1
GUUUGCCAAAUGAAAAGCCUAAUCAAUAAUUGAGGUCGGGUGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCCCCGAGCCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGCGGGCUAGCUGCGUAUCUG
(((.(((.........(((..(((.........)))..)))((((((((((.((((.((((((((...)).)))))).....)))).)))))))))).))).))).......... ( -40.70)
>DroEre_CAF1 126816 114 - 1
GUUUGCCAAAUGAAAAGCCUAAUCAAUAAUUGAGGUCGGGUGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCC-CGAGCCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGUGGGUUUAGUGCGUAUCUG
((..(((.........(((..(((.........)))..)))((((((((((.((((.(((((-((.....))))))).....)))).)))))))))).))).....))....... ( -36.80)
>DroYak_CAF1 129093 115 - 1
GUUUGCCAAAUGAAAAGCCUAAUCAAUUAUUGAGGUCGGAUGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCCCCCAGUCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGUGGGCUUACUGCGUAUCUG
((..(((.........((((............)))).....((((((((((.((((.((((((.(....).)))))).....)))).)))))))))).)))..)).......... ( -33.90)
>consensus
GUUUGCCAAAUGAAAAGCCUAAUCAAUAAUUGAGGUCGGGUGCUGGCCAAAAAUUUAUGGCCCCGAGCCGCGGGCUAAUUGCAAAUAUUUGGCCAGCGGGCUAACUGCGUAUCUG
(((.(((.........(((..(((.........)))..)))((((((((((.((((.((((((........)))))).....)))).)))))))))).))).))).......... (-33.14 = -33.62 +   0.48)

alignment

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secondary structure

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