Locus 7335

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 20,478,895 – 20,479,015
Length 120
Max. P 0.965489
window11767

overview

Window 7

Location 20,478,895 – 20,479,015
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.92
Mean single sequence MFE -26.36
Consensus MFE -24.84
Energy contribution -25.00
Covariance contribution 0.16
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 1.58
SVM RNA-class probability 0.965489
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20478895 120 - 22407834
GCCUUGCUCUAAAUAAAUUAUUAGCGUGCCAUAAUCUAUAAUUAAAUCGUGUAAACUGUCGCAAGCGUUUAUGCGGUCGCAUUAAUAUUAAUUGCUAAUAUUUAGGGCCUUUAAAUUGCU
.....((((((((((.....((((((.....((((...((((...(((((((((((.(.(....)))))))))))))...))))..))))..))))))))))))))))............ ( -26.60)
>DroSec_CAF1 31840 120 - 1
GCCUUGCUCUAAAUAAUUUAUUAGCGUGCCAUAAUCUAUAAUUAAAUCGUGUAAACUGUCGCAAGCGUUUAUGCGGUCGCAUUAAUAUUAAUUGCUAAUAUUUAGGGCCUUUAAAUUGCU
.....((((((((((.....((((((.....((((...((((...(((((((((((.(.(....)))))))))))))...))))..))))..))))))))))))))))............ ( -26.60)
>DroSim_CAF1 35661 120 - 1
GCCUUGCUCUAAAUAAUUUAUUAGCGUGCCAUAAUCUAUAAUUAAAUCGUGUAAACUGUCGCAAGCGUUUAUGCGGUCGCAUUAAUAUUAAUUGCUAAUAUUUAGGGCCUUUAAAUUGCU
.....((((((((((.....((((((.....((((...((((...(((((((((((.(.(....)))))))))))))...))))..))))..))))))))))))))))............ ( -26.60)
>DroEre_CAF1 33923 120 - 1
GCCUGGCUCUAAAUAAUUUAUUAGCAUGCCAUAAUCUAUAAUUAAAUCGUGUAAACUGCCGCAAGCGUUUAUGCGGUCGCAUUAAUAUUAAUUGCUAAUAUUUAGGGGCUUUGAAUUGCU
....(.(((((((((.....((((((.....((((...((((...(((((((((((.(.(....)))))))))))))...))))..))))..))))))))))))))).)........... ( -26.40)
>DroYak_CAF1 31398 120 - 1
GUCUCGCUCUAAAUAAUUUAUUAGCAUGCCAUAAUCUAUAAUUAAAUCGUGUAAACUGCCGCAAGCGUUUAUGCGGUCGCAUUAAUAUUAAUUGCUAAUAUUUAGGGGCUUUAAAUUGCU
......(((((((((.....((((((.....((((...((((...(((((((((((.(.(....)))))))))))))...))))..))))..)))))))))))))))((........)). ( -25.60)
>consensus
GCCUUGCUCUAAAUAAUUUAUUAGCGUGCCAUAAUCUAUAAUUAAAUCGUGUAAACUGUCGCAAGCGUUUAUGCGGUCGCAUUAAUAUUAAUUGCUAAUAUUUAGGGCCUUUAAAUUGCU
.....((((((((((.....((((((.....((((...((((...(((((((((((.(.(....)))))))))))))...))))..))))..))))))))))))))))............ (-24.84 = -25.00 +   0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:34:00 2006