Locus 7294

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 20,449,842 – 20,450,042
Length 200
Max. P 0.992396
window11677 window11678 window11679

overview

Window 7

Location 20,449,842 – 20,449,962
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.67
Mean single sequence MFE -43.24
Consensus MFE -41.30
Energy contribution -41.06
Covariance contribution -0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 2.33
SVM RNA-class probability 0.992396
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20449842 120 + 22407834
AAGUUCCAGCUGGACGUGCGGAACAUGGUUUCGGAGCCAUUGGAGCAGAUGGGCAUCACCAUCUGGUUGCAGCUCUGGAUAUUCCAACCGGAGUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUA
..(((((.((.......))))))).....((((((((...((.(((((((((......)))))).))).)))))))))).(((((((((.((....)).).))))))))........... ( -43.60)
>DroSec_CAF1 2828 120 + 1
AAGUUCCAGCUGGACGUGCGGAACAUGGUUUCGGAGCCAUUGGAGCAGAUGGGCAUCACCAUCUGGUUGCAGCUCUGGAUAUUCCAACCGGAAUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUA
..(((((.((.......))))))).....((((((((...((.(((((((((......)))))).))).)))))))))).(((((((((.((....)).).))))))))........... ( -42.80)
>DroSim_CAF1 2882 120 + 1
AAGUUCCAGCUGGACGUGCGGAACAUGGUUUCGGAGCCAUUGGAGCAGAUGGGCAUCACCAUCUGGUUGCAGCUCUGGAUAUUCCAACCGGAGUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUA
..(((((.((.......))))))).....((((((((...((.(((((((((......)))))).))).)))))))))).(((((((((.((....)).).))))))))........... ( -43.60)
>DroEre_CAF1 5085 120 + 1
AAGUUCCAGCUGGAUGUGCGGAACAUGGUUUCGGAGCUAUUGGAGCAGAUGGGCAUCACCAUCUGGUUGCAGCUCUGAAUAUCCCACCCGGAUUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUA
...((((((((.(((((.(((....(((.(((((((((....((.(((((((......))))))).))..)))))))))....))).))).)..)))).).)))))))............ ( -43.00)
>DroYak_CAF1 2876 120 + 1
AAGUUCCAGCUAGAUGUGCGGAACAUGGUUUCGGAGCUAUUGGAGCAGAUGGGCAUCACCAUCUGGUUGCAGCUCUGAAUAUUCCACCCGGAAUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUA
...(((((((..(((((.(((....(((.(((((((((....((.(((((((......))))))).))..)))))))))....))).))).)..))))...)))))))............ ( -43.20)
>consensus
AAGUUCCAGCUGGACGUGCGGAACAUGGUUUCGGAGCCAUUGGAGCAGAUGGGCAUCACCAUCUGGUUGCAGCUCUGGAUAUUCCAACCGGAAUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUA
..(((((.((.......))))))).(((.((((((((...((.(((((((((......)))))).))).))))))))))....))).(((......(((((......))))))))..... (-41.30 = -41.06 +  -0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 20,449,842 – 20,449,962
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.67
Mean single sequence MFE -34.49
Consensus MFE -31.42
Energy contribution -31.26
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.45
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.96
SVM RNA-class probability 0.889493
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20449842 120 - 22407834
UAUAUCCGUCAACUCCAACGCCGAUGACUCCGGUUGGAAUAUCCAGAGCUGCAACCAGAUGGUGAUGCCCAUCUGCUCCAAUGGCUCCGAAACCAUGUUCCGCACGUCCAGCUGGAACUU
.......((((.(.........).))))((((((((((.......((((......(((((((......))))))).....((((........))))))))......)))))))))).... ( -33.72)
>DroSec_CAF1 2828 120 - 1
UAUAUCCGUCAACUCCAACGCCGAUGAUUCCGGUUGGAAUAUCCAGAGCUGCAACCAGAUGGUGAUGCCCAUCUGCUCCAAUGGCUCCGAAACCAUGUUCCGCACGUCCAGCUGGAACUU
..(((((((........)))..)))).(((((((((((.......((((......(((((((......))))))).....((((........))))))))......)))))))))))... ( -33.92)
>DroSim_CAF1 2882 120 - 1
UAUAUCCGUCAACUCCAACGCCGAUGACUCCGGUUGGAAUAUCCAGAGCUGCAACCAGAUGGUGAUGCCCAUCUGCUCCAAUGGCUCCGAAACCAUGUUCCGCACGUCCAGCUGGAACUU
.......((((.(.........).))))((((((((((.......((((......(((((((......))))))).....((((........))))))))......)))))))))).... ( -33.72)
>DroEre_CAF1 5085 120 - 1
UAUAUCCGUCAACUCCAACGCCGAUGAAUCCGGGUGGGAUAUUCAGAGCUGCAACCAGAUGGUGAUGCCCAUCUGCUCCAAUAGCUCCGAAACCAUGUUCCGCACAUCCAGCUGGAACUU
.............((((.(.(((.......)))(((((((((((.((((((....(((((((......)))))))......)))))).))....))))))))).......).)))).... ( -35.30)
>DroYak_CAF1 2876 120 - 1
UAUAUCCGUCAACUCCAACGCCGAUGAUUCCGGGUGGAAUAUUCAGAGCUGCAACCAGAUGGUGAUGCCCAUCUGCUCCAAUAGCUCCGAAACCAUGUUCCGCACAUCUAGCUGGAACUU
.............((((.(.(((.......)))(((((((((((.((((((....(((((((......)))))))......)))))).))....))))))))).......).)))).... ( -35.80)
>consensus
UAUAUCCGUCAACUCCAACGCCGAUGACUCCGGUUGGAAUAUCCAGAGCUGCAACCAGAUGGUGAUGCCCAUCUGCUCCAAUGGCUCCGAAACCAUGUUCCGCACGUCCAGCUGGAACUU
..(((((((........)))..))))..((((((((((.......((((((....(((((((......)))))))......))))))((.(((...))).))....)))))))))).... (-31.42 = -31.26 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 20,449,922 – 20,450,042
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.08
Mean single sequence MFE -45.64
Consensus MFE -42.82
Energy contribution -42.94
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.54
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 1.80
SVM RNA-class probability 0.977635
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20449922 120 + 22407834
AUUCCAACCGGAGUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUAUCGAGGCACUUGGCGGACUGUGUGUAGUUGGUGUAGACAGCCAAAGCGCUGGACAUGGCGUGCAGCAAAUCGGCGUCGGU
(((((((((.((....)).).))))))))(((((..((((((((.((((.(((....))).))))..))))))))..).(((.....((((.((.....)).)))).....))))))).. ( -41.10)
>DroSec_CAF1 2908 120 + 1
AUUCCAACCGGAAUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUAUCCAGGCACUUGGCGGACUGUGUGUAGUUGGUGUAGACAGCGAGGGCACUGGACAUGGCGUGCAGCAAAUCGGCGUCGGU
(((((....))))).(((((((((((.(((((((..(((.(((((((.(((.((...(((..(.......)..)))...)).))))).))))).))).))).))))...))))))))))) ( -42.50)
>DroSim_CAF1 2962 120 + 1
AUUCCAACCGGAGUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUAUCCAGGCACUUGGCGGACUGUGUGUAGUUGGUGUAGACAGCCAGGGCACUGGACAUGGCGUGCAGCAAAUCGGCGUCGGU
(((((....))))).(((((((((((.(((((((..(((.(((((((.((((((...(((..(.......)..)))...)))))))).))))).))).))).))))...))))))))))) ( -46.90)
>DroEre_CAF1 5165 120 + 1
AUCCCACCCGGAUUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUAUCCAGGCACUUGGCGGACUGUGUGUAGUUGGUGUACACAGCCAAGGCACUGGACAUGGCGUGCAGCAAGCUGGCGUCGGU
((((.....))))..((((((((..(.(((((((..(((.(((((((.((((((....((((((((.....)))))))))))))))).))))).))).))).))))...)..)))))))) ( -48.70)
>DroYak_CAF1 2956 120 + 1
AUUCCACCCGGAAUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUAUCCAGGCACUUGGCAGACUGUGUGUAGUUGGUGUAAACUGCCAAGGCACUGGACAUGGCGUGCAGCAAAUCAGCGUCGGU
(((((....))))).(((((((((((.(((((((..(((.(((((((.((((((((..((..(.......)..))..)))))))))).))))).))).))).))))...))))))))))) ( -49.00)
>consensus
AUUCCAACCGGAAUCAUCGGCGUUGGAGUUGACGGAUAUAUCCAGGCACUUGGCGGACUGUGUGUAGUUGGUGUAGACAGCCAAGGCACUGGACAUGGCGUGCAGCAAAUCGGCGUCGGU
(((((....))))).(((((((((((.(((((((..(((.(((((((.((((((.(((((....))))).((....)).)))))))).))))).))).))).))))...))))))))))) (-42.82 = -42.94 +   0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:32:38 2006