Locus 7289

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 20,429,414 – 20,429,574
Length 160
Max. P 0.994410
window11662 window11663 window11664 window11665

overview

Window 2

Location 20,429,414 – 20,429,534
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.89
Mean single sequence MFE -49.41
Consensus MFE -41.63
Energy contribution -41.38
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.81
SVM RNA-class probability 0.857191
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20429414 120 + 22407834
UCACCCGUCUCGCCGAUCGCCAGCACGUCCAGUUAGGGGCGGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGCCAUCAUUUCGUCGAGGCGGCUGAUACUG
(((.((((((((.(((......((((((((......)))))...(((((((.(((((((..........))))))))))))))......))).......))).)))))))).)))..... ( -56.32)
>DroVir_CAF1 11370 120 + 1
UCACCCGUCUCGCCCAUUGCGAGCACCUCCAGUUAGGGGCGGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGGCAUCAUUUCGUCGAGGAAGUUGAUACUA
(((.(((((((....((((.(((...)))))))..)))))))(((((((((.(((((((..........))))))))))))(((...((((....))))..)))))))....)))..... ( -48.00)
>DroGri_CAF1 11854 120 + 1
UCACCCGUCUCGCCGAUCGCCAGUACGUCCAGUUAGGGGCGGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGACAUCAUUUCGUCGAGGAAGUUGAUUUUA
(((.(..(((((.((((((((...((.....))....)))))..(((((((.(((((((..........))))))))))))))................))).)))))..).)))..... ( -45.80)
>DroWil_CAF1 22287 120 + 1
UCACCAGUAUCACCGAUUGCCAGUACGUCCAGUUAGGGGCGGCCUCGCUCCACCCGUGAUAGUCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGUGCACAUUUCGUCGAGGAAGUUGAUAUUA
.....(((((((.(...........(((((......))))).(((((((((.((((((((........)))))))))))))(((...((((....))))..)))))))..).))))))). ( -48.30)
>DroMoj_CAF1 13928 120 + 1
UCACCCGUCUCGCCCAUCGCCAGUACGUCCAGUUAGGGGCGGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGACAUCAUUUCGUCGAGGAAGUUGAUUUUA
(((.(((((((......((......))........)))))))(((((((((.(((((((..........))))))))))))(((...((((....))))..)))))))....)))..... ( -45.14)
>DroAna_CAF1 7644 120 + 1
UCCCCCGUCUCGCCGAUCGCCAGUACGUCCAGUUAGGGGCGGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGCCAUCAUUUCGUCGAGGCGGCUGAUACUG
((..((((((((.(((..(((...((.....))....)))(((.(((((((.(((((((..........)))))))))))))).......)))......))).))))))))..))..... ( -52.90)
>consensus
UCACCCGUCUCGCCGAUCGCCAGUACGUCCAGUUAGGGGCGGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGACAUCAUUUCGUCGAGGAAGUUGAUACUA
....................((((.(((((......))))).(((((((((.(((((((..........))))))))))))(((...((((....))))..)))))))..))))...... (-41.63 = -41.38 +  -0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 3

Location 20,429,414 – 20,429,534
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.89
Mean single sequence MFE -52.70
Consensus MFE -47.03
Energy contribution -47.58
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.48
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 2.48
SVM RNA-class probability 0.994410
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20429414 120 - 22407834
CAGUAUCAGCCGCCUCGACGAAAUGAUGGCAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCCGCCCCUAACUGGACGUGCUGGCGAUCGGCGAGACGGGUGA
.....(((.((((((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((........)))))))).))))))))))((((((.....)).(((....)))...))))....)).))) ( -57.70)
>DroVir_CAF1 11370 120 - 1
UAGUAUCAACUUCCUCGACGAAAUGAUGCCAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCCGCCCCUAACUGGAGGUGCUCGCAAUGGGCGAGACGGGUGA
............(((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((........)))))))).))))))))).(((((((......))((.(((((.....)))))))))))). ( -54.50)
>DroGri_CAF1 11854 120 - 1
UAAAAUCAACUUCCUCGACGAAAUGAUGUCAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCCGCCCCUAACUGGACGUACUGGCGAUCGGCGAGACGGGUGA
............(((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((........)))))))).))))))))).(((((((..((((.(((....))).))))..))..))))). ( -53.40)
>DroWil_CAF1 22287 120 - 1
UAAUAUCAACUUCCUCGACGAAAUGUGCACAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGACUAUCACGGGUGGAGCGAGGCCGCCCCUAACUGGACGUACUGGCAAUCGGUGAUACUGGUGA
............(((((((((((((....)))).)))))(((((((((.(((........))).)))).))))))))).((((((.....))...(((((.....))))).....)))). ( -42.00)
>DroMoj_CAF1 13928 120 - 1
UAAAAUCAACUUCCUCGACGAAAUGAUGUCAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCCGCCCCUAACUGGACGUACUGGCGAUGGGCGAGACGGGUGA
............(((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((........)))))))).))))))))).((((((.....)).(((.((.((.....)).))))))))). ( -52.60)
>DroAna_CAF1 7644 120 - 1
CAGUAUCAGCCGCCUCGACGAAAUGAUGGCAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCCGCCCCUAACUGGACGUACUGGCGAUCGGCGAGACGGGGGA
........((.((((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((........)))))))).)))))))))).))((((.......(((.((.((.....)).))))))))). ( -56.01)
>consensus
UAAUAUCAACUUCCUCGACGAAAUGAUGGCAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCCGCCCCUAACUGGACGUACUGGCGAUCGGCGAGACGGGUGA
............(((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((........)))))))).))))))))).((((((.....)).(((.((.((.....)).))))))))). (-47.03 = -47.58 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 4

Location 20,429,454 – 20,429,574
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.59
Mean single sequence MFE -45.80
Consensus MFE -36.72
Energy contribution -36.02
Covariance contribution -0.69
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.30
SVM RNA-class probability 0.676875
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20429454 120 + 22407834
GGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGCCAUCAUUUCGUCGAGGCGGCUGAUACUGCAGAAGAACUUGGCUAAGGCGAACCUGGCGCAGCAGCGGG
.((((((((((.(((((((..........))))))))))))(((...((((....))))..)))))))).((((...((((((.....))..((((.((....))))))))))))))... ( -51.00)
>DroVir_CAF1 11410 117 + 1
GGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGGCAUCAUUUCGUCGAGGAAGUUGAUACUACAAAAGAAUUUAGCUAGAGCCA---CCGCACAGCAGCGAG
(((((((((((.(((((((..........))))))))))))(((...((((....))))..))))))..((((((..((.....))...))))))...))).---.(((......))).. ( -41.80)
>DroGri_CAF1 11894 117 + 1
GGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGACAUCAUUUCGUCGAGGAAGUUGAUUUUACAAAAGAAUUUAGCUAGAGCCA---CAGCACAGCAGCGAG
(((((((((((.(((((((..........))))))))))))(((...((((....))))..))))))..((((((.(((......))).))))))...))).---..((......))... ( -42.20)
>DroSim_CAF1 1185 120 + 1
GGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAAGCCAUCAUUUCGUCGAGGCGGCUGAUACUGCGGAAAAACUUGGCUAAAGCUAACAUGGCGCAGCAACGGG
(((((((((((.(((((((..........)))))))))))))).......(((.((........)))))))))....(((((.......(((((....))))).....)))))....... ( -47.50)
>DroWil_CAF1 22327 117 + 1
GGCCUCGCUCCACCCGUGAUAGUCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGUGCACAUUUCGUCGAGGAAGUUGAUAUUACAAAAGAAUUUAGCUAGGGCAA---CGGCACAACAGCGUG
..(((((((((.((((((((........)))))))))))))(((...((((....))))..)))))))..((((......(....)......(((..(....---)))).))))...... ( -40.20)
>DroAna_CAF1 7684 117 + 1
GGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGCCAUCAUUUCGUCGAGGCGGCUGAUACUGCAGAAUAAUUUAGCUAGGGCGA---CGGCCCAGCAGCGGG
(((((((((((.(((((((..........)))))))))))))).......(((.((........)))))))))....(((((((....))).(((.((((..---..))))))).)))). ( -52.10)
>consensus
GGCCUCGCUCCACCCGCGACAGCCGGUAAUCGCGGGGGAGCGACAAUAAUGCCAUCAUUUCGUCGAGGAAGCUGAUACUACAAAAGAAUUUAGCUAGAGCCA___CGGCACAGCAGCGGG
..(((((((((.(((((((..........))))))))))))(((...((((....))))..))))))).((((((..............))))))...((.......))........... (-36.72 = -36.02 +  -0.69)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 20,429,454 – 20,429,574
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.59
Mean single sequence MFE -48.05
Consensus MFE -40.13
Energy contribution -40.18
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.74
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.26
SVM RNA-class probability 0.937331
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20429454 120 - 22407834
CCCGCUGCUGCGCCAGGUUCGCCUUAGCCAAGUUCUUCUGCAGUAUCAGCCGCCUCGACGAAAUGAUGGCAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCC
...((((((((((.(((....)))..))..((.....))))))...)))).((((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((........)))))))).)))))))))). ( -54.30)
>DroVir_CAF1 11410 117 - 1
CUCGCUGCUGUGCGG---UGGCUCUAGCUAAAUUCUUUUGUAGUAUCAACUUCCUCGACGAAAUGAUGCCAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCC
...(((((.......---((((....)))).........)))))........(((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((........)))))))).))))))))).. ( -46.89)
>DroGri_CAF1 11894 117 - 1
CUCGCUGCUGUGCUG---UGGCUCUAGCUAAAUUCUUUUGUAAAAUCAACUUCCUCGACGAAAUGAUGUCAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCC
...((..(......)---..))..............................(((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((........)))))))).))))))))).. ( -45.10)
>DroSim_CAF1 1185 120 - 1
CCCGUUGCUGCGCCAUGUUAGCUUUAGCCAAGUUUUUCCGCAGUAUCAGCCGCCUCGACGAAAUGAUGGCUUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCC
...(.(((((((.......(((((.....)))))....))))))).)....((((((((((..(((.....))))))))(((((((((((((........)))))))).)))))))))). ( -50.50)
>DroWil_CAF1 22327 117 - 1
CACGCUGUUGUGCCG---UUGCCCUAGCUAAAUUCUUUUGUAAUAUCAACUUCCUCGACGAAAUGUGCACAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGACUAUCACGGGUGGAGCGAGGCC
...((((..((....---..))..))))........................(((((((((((((....)))).)))))(((((((((.(((........))).)))).))))))))).. ( -37.30)
>DroAna_CAF1 7684 117 - 1
CCCGCUGCUGGGCCG---UCGCCCUAGCUAAAUUAUUCUGCAGUAUCAGCCGCCUCGACGAAAUGAUGGCAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCC
...((((..((((..---..))))..((...........)).....)))).((((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((........)))))))).)))))))))). ( -54.20)
>consensus
CCCGCUGCUGUGCCG___UCGCCCUAGCUAAAUUCUUCUGCAGUAUCAACCGCCUCGACGAAAUGAUGGCAUUAUUGUCGCUCCCCCGCGAUUACCGGCUGUCGCGGGUGGAGCGAGGCC
...((((..((.........))..))))........................(((((((((((((....)))).)))))(((((((((((((........)))))))).))))))))).. (-40.13 = -40.18 +   0.06)

alignment

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