Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,348,132 – 20,348,241 |
Length | 109 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 20,348,132 – 20,348,241 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.49 |
Mean single sequence MFE | -40.90 |
Consensus MFE | -28.50 |
Energy contribution | -27.87 |
Covariance contribution | -0.64 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -1.15 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 20348132 109 - 22407834 CUGCCACUUCCCGAUCCGCUGGUGGCAUUCAAUAAACUGGGUCGCAACGGCGGCGUGGGUCGCAGGCAGCUGAUGGUCCAGUUAGCUGCAGAUGCA------AAACACAUUUG---AU-- ((((.....((((..((((((...(((((((......))))).))..))))))..))))..))))(((((((((......)))))))))(((((..------.....))))).---..-- ( -41.70) >DroSec_CAF1 5162 109 - 1 CUGCCACUUCCCGAUCCGCUGGUGGCAUUCAAUAAACUGGGUCGCAACGGCGGCGUGGGUCGCAGGCAGCUGAUGGUCCAGUUAGCUGAGGAUGCA------AAACACAUUUG---AU-- ((((.....((((..((((((...(((((((......))))).))..))))))..))))..)))).((((((((......)))))))).(((((..------.....))))).---..-- ( -37.80) >DroEre_CAF1 5652 106 - 1 CUGCCACUUCCCGAUCCGCUGGUGGCAUUCAACAAACUGGGGCGCAACGGCGGCGUGGGUCGCAGGCAGCUGAUGGUCCAGUUAGCUGGGGAUGCA------AAAG---AUUG---AU-- ((((.....((((..((((((.((((.((((......)))))).)).))))))..))))..)))).((((((((......))))))))........------....---....---..-- ( -36.50) >DroYak_CAF1 5092 109 - 1 CUGCCACUUCCCGAUCCGCUGGUGGCAUUCAACAAACUGGGGCGCAACGGCGGCGUGGGUCGCAGGCAGCUGAUGGUCCAGUUAGCUGGGGAUGCA------AAAG---UUUGAAUAU-- .(((((((..(......)..))))))).....((((((...((((..(((((((.(((..(((((....))).))..)))))).))))..).))).------..))---)))).....-- ( -39.70) >DroAna_CAF1 5138 94 - 1 CCGCCACUCCCCGAGCCGCUGGUGGCCUUCAACAAACUGGGCCGCAACGGCGGCGUGGGACGCAGGCAACUGAUGGUCCAGUUAGCUGAGGAUU-------------------------- ((((((...((((.((((((((((((((..........)))))))..))))))).))))...(((....))).)))).(((....))).))...-------------------------- ( -44.00) >DroPer_CAF1 5120 114 - 1 CCACCGCCUC---CGCCGCUGGAGGUGUUUAACAAACUGGGGCGCAGCGGCGGCGUAGGACGCAAACAGCUGAUGGUCCAGUUAGCUGAGGAUUCGGAGACGACACACAUUAG---UGGA (((((((((.---((((((((...((((((.........))))))..)))))))).))).))....((((((((......)))))))).....(((....))).........)---))). ( -45.70) >consensus CUGCCACUUCCCGAUCCGCUGGUGGCAUUCAACAAACUGGGGCGCAACGGCGGCGUGGGUCGCAGGCAGCUGAUGGUCCAGUUAGCUGAGGAUGCA______AAAC___UUUG___AU__ .(((((((............)))))))((((.(.(((((((.(.((.((((.(((.....))).....)))).)))))))))).).)))).............................. (-28.50 = -27.87 + -0.64)
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