Locus 7144

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 20,011,683 – 20,011,822
Length 139
Max. P 0.999680
window11406 window11407

overview

Window 6

Location 20,011,683 – 20,011,795
Length 112
Sequences 5
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.86
Mean single sequence MFE -35.88
Consensus MFE -34.90
Energy contribution -35.18
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 3.88
SVM RNA-class probability 0.999680
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20011683 112 - 22407834
UUGUCAACACGAUGUGAAGUGGGGUCUGUGUGCGUGAGAGCUCUUAAGCCUUAUGCAACAGCUCAAAUUAGCCAUGCAAUUUGUACUUAACUAUUUGCAGCGUCUUGUUGCA
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>DroSec_CAF1 189360 112 - 1
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>DroSim_CAF1 191887 112 - 1
UUGUCAACACGAUGUGAAGUGGGGUCUGUGUGCGUGAGAGCUCUUAAGCCUUAUGCAACAGCUCAAAUUAGCCAUGCAAUUUGUACUUAACUAUUUGCAGCGUCUUGUUGCA
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>DroEre_CAF1 186813 112 - 1
UUGUCAACACGAUGUGAAGUGGGGUCUGUGUGCGUGAGAGCUCUUAAGCCUUAUGCAACAGCUCAAAUUAGCCAUGCAAUUUGUACUUAACUAUUUGCAGCGUCUUGCUGCA
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>DroYak_CAF1 187783 112 - 1
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>consensus
UUGUCAACACGAUGUGAAGUGGGGUCUGUGUGCGUGAGAGCUCUUAAGCCUUAUGCAACAGCUCAAAUUAGCCAUGCAAUUUGUACUUAACUAUUUGCAGCGUCUUGUUGCA
.((.(((((.(((((......(((.((((.((((((((.(((....))))))))))))))))))..........(((((...((.....))...)))))))))).))))))) (-34.90 = -35.18 +   0.28)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 20,011,716 – 20,011,822
Length 106
Sequences 5
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.74
Mean single sequence MFE -33.22
Consensus MFE -33.02
Energy contribution -33.10
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.99
SVM decision value 3.02
SVM RNA-class probability 0.998139
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20011716 106 - 22407834
CCUUCUCCGUCUAAUUCUACGGUCAACUUGUCAACACGAUGUGAAGUGGGGUCUGUGUGCGUGAGAGCUCUUAAGCCUUAUGCAACAGCUCAAAUUAGCCAUGCAA
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>DroSec_CAF1 189393 106 - 1
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>DroSim_CAF1 191920 106 - 1
CCUUCUCCGGCUAAUUCUACGGUCAACUUGUCAACACGAUGUGAAGUGGGGUCUGUGUGCGUGAGAGCUCUUAAGCCUUAUGCAACAGCUCAAAUUAGCCAUGCAA
........((((((((((((..(((..((((....))))..))).))))(..((((.((((((((.(((....)))))))))))))))..).))))))))...... ( -35.50)
>DroEre_CAF1 186846 106 - 1
CCUUCUCCGGCUAAUUCUACGGUCAACUUGUCAACACGAUGUGAAGUGGGGUCUGUGUGCGUGAGAGCUCUUAAGCCUUAUGCAACAGCUCAAAUUAGCCAUGCAA
........((((((((((((..(((..((((....))))..))).))))(..((((.((((((((.(((....)))))))))))))))..).))))))))...... ( -35.50)
>DroYak_CAF1 187816 106 - 1
CCUUCUCCGGGUAAUUCUACGGUCAACUUGUCAACACGACCUGAAGUAGGGUCUGUGUGCGUGAGAGCUCUUAGGCCUUAUGCAACAGCUCAAAUUAGCCAUGCAA
........((.(((((((((..(((..((((....))))..))).))))(..((((.((((((((.(((....)))))))))))))))..).))))).))...... ( -31.20)
>consensus
CCUUCUCCGGCUAAUUCUACGGUCAACUUGUCAACACGAUGUGAAGUGGGGUCUGUGUGCGUGAGAGCUCUUAAGCCUUAUGCAACAGCUCAAAUUAGCCAUGCAA
........((((((((((((..(((..((((....))))..))).))))(..((((.((((((((.(((....)))))))))))))))..).))))))))...... (-33.02 = -33.10 +   0.08)

alignment

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secondary structure

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