Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,001,265 – 20,001,383 |
Length | 118 |
Max. P | 0.949438 |
Location | 20,001,265 – 20,001,383 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 5 |
Columns | 118 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.53 |
Mean single sequence MFE | -30.02 |
Consensus MFE | -25.30 |
Energy contribution | -26.54 |
Covariance contribution | 1.24 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 1.39 |
SVM RNA-class probability | 0.949438 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 20001265 118 + 22407834 AGAAAAGCAUAGUUUCAUGGAUUUAUCAGGUAGUAUAGCCCUGAACUUCAUGGCUUAUGAUUGCGCAAAGUGGUCAGCUUUGUUUGCGGUCGUAAUUAAUCUGAUUAUGAUCUGGUAA .((((.......))))..(((((.(((((((......(((.((.....)).)))(((((((((((((((((.....)))))))..))))))))))...)))))))...)))))..... ( -34.40) >DroSec_CAF1 184033 118 + 1 AGAAAAGCAUAGUUUCAUGGAUUUAUCAGGUAGUAUAGCCCUGAACUUCAUGGCUUAUGAUUGCGCAAAGUGGUCAGCUUUGUAUGCGGUCGUAAUUAAUCUGAUUAUGAUCUGGUUA .((((.......))))..(((((.(((((((......(((.((.....)).)))(((((((((((((((((.....)))))))..))))))))))...)))))))...)))))..... ( -34.40) >DroSim_CAF1 186542 118 + 1 AGAAAAGUAUAGUUUCAUGGAUUUAUCAGGUAGUAUAGCCCUGAACUUCAUGGCUUAUGAUUGCGCAAAGUGGUCAGCUUUGUAUGCGGUCGUAAUUAAUCUGAUAAUCAUCUGGUUA .((((.......))))..(((((((((((((......(((.((.....)).)))(((((((((((((((((.....)))))))..))))))))))...)))))))))..))))..... ( -34.20) >DroEre_CAF1 181487 118 + 1 AGAAAAGUAUAGUUUCAUGGAUUUAUCAGGUAGUAUAGCCCUGAACUUCAUGGCUUAUGAUUGCGUAAAGUGGUCAGCUUUGUAUGCGGUCGUAAUUAAUCUGAUUAUGAUCUGGUAA .((((.......))))..(((((.(((((((......(((.((.....)).)))(((((((((((((((((.....))))..)))))))))))))...)))))))...)))))..... ( -32.50) >DroYak_CAF1 182448 110 + 1 AGAAAAAUAUAGUUUCAUGGAUUUAUCAUUUAGUAUAGCCCUGAACUUCAAGUCUUUUAAUUGCAUAAAGUGAUCAGUUUUGUAUGCGGUCGUAAUUAAUCUGAUUAUGA-------- .........(((((....((((((....(((((.......)))))....))))))...)))))......((((((((..(((..(((....)))..))).))))))))..-------- ( -14.60) >consensus AGAAAAGUAUAGUUUCAUGGAUUUAUCAGGUAGUAUAGCCCUGAACUUCAUGGCUUAUGAUUGCGCAAAGUGGUCAGCUUUGUAUGCGGUCGUAAUUAAUCUGAUUAUGAUCUGGUAA .((((.......))))..(((((.(((((((......(((.((.....)).)))(((((((((((((((((.....)))))))..))))))))))...)))))))...)))))..... (-25.30 = -26.54 + 1.24)
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