Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 19,977,984 – 19,978,140 |
Length | 156 |
Max. P | 0.969728 |
Location | 19,977,984 – 19,978,100 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 5 |
Columns | 116 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.22 |
Mean single sequence MFE | -28.40 |
Consensus MFE | -20.80 |
Energy contribution | -21.16 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -1.72 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 0.25 |
SVM RNA-class probability | 0.652880 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 19977984 116 + 22407834 AACAAUGCCCUUGUCGAAAAUUGCAUUGUUUAGUUUCCAUCUGUCGUAUUAUGACAAAGACAUAGCUUAAUCUUUGCGGGAAGCCACAAAGGACAGUAGAGUGUAGAACAAUACAU ((((((((..((......))..)))))))).....((...(((((...(((((.......)))))......(((((.((....)).))))))))))..))(((((......))))) ( -26.10) >DroSec_CAF1 160887 116 + 1 AACAAUGCCCUUGUCGAAAAUUGCAUUGCUUAGUUUCCAUCUGUCGUAUUAUGACAGAGACAUUGCUCAGUCUUUGCGGGAAGCCACAAAGGACAGUAGAGUGUAGAACAAUGCAU .....................(((((((...........((((((((...)))))))).((((((((...((((((.((....)).))))))..))))..))))....))))))). ( -30.70) >DroSim_CAF1 163423 116 + 1 AACAAUGCCCUUGUCGAAAAUUGCAUUGUUUAGUUUCCAUCUGUCGUAUUAUGACAGAGACAUUGCUCAAUCUUUGUGGGAAGCCACAAAGCACAGUAGAGUGUAGAACAACGCAU ((((((((..((......))..))))))))..(((....((((((((...))))))))))).(((((....((((((((....))))))))...))))).((((......)))).. ( -33.40) >DroEre_CAF1 158977 109 + 1 AGCAAUGA-------GGCAAUUGCAUUGCUUAGUUUCCAUUUGUCGUAUUAUGACAGGGACAUUGCUCAAUCUUUGGGACAAGCCACAAGGGACAGUAGAGUAUAAAACAACACAU ((((((((-------((((((...)))))))....(((...((((((...)))))).))))))))))...((((((((.....)).))))))........................ ( -26.10) >DroYak_CAF1 159922 107 + 1 AACAAUGA---------CAAUGUCAUUGCUUAGUUUCUAUAUGUCGUAUUAUGACAUGGACAUUACUCAAUCUUUGCGACAAGCCACAAAGGACAGUUGAGUGUAGAACAACAAAG ..((((((---------(...)))))))(((.(((((((((((((((...)))))))).....(((((((((((((.(......).)))))....))))))))))))..))).))) ( -25.70) >consensus AACAAUGCCCUUGUCGAAAAUUGCAUUGCUUAGUUUCCAUCUGUCGUAUUAUGACAGAGACAUUGCUCAAUCUUUGCGGGAAGCCACAAAGGACAGUAGAGUGUAGAACAACACAU ((((((((..............))))))))..((((...((((((((...)))))))).((.(((((...((((((.((....)).))))))..))))).))...))))....... (-20.80 = -21.16 + 0.36)
Location | 19,977,984 – 19,978,100 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 5 |
Columns | 116 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.22 |
Mean single sequence MFE | -30.22 |
Consensus MFE | -23.22 |
Energy contribution | -22.42 |
Covariance contribution | -0.80 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -2.45 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | 1.65 |
SVM RNA-class probability | 0.969728 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 19977984 116 - 22407834 AUGUAUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGAUUAAGCUAUGUCUUUGUCAUAAUACGACAGAUGGAAACUAAACAAUGCAAUUUUCGACAAGGGCAUUGUU .(((((((((......(((((((((((((((((....)))))))).......((((.......))))....))))).)))).....)))))))))......(((((.....))))) ( -30.10) >DroSec_CAF1 160887 116 - 1 AUGCAUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGACUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAGAUGGAAACUAAGCAAUGCAAUUUUCGACAAGGGCAUUGUU ..(((((((((.(((......))).((((((((....))))))))...))))))))).((((((.......)))))).(....)..((((((((..((......))..)))))))) ( -35.50) >DroSim_CAF1 163423 116 - 1 AUGCGUUGUUCUACACUCUACUGUGCUUUGUGGCUUCCCACAAAGAUUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAGAUGGAAACUAAACAAUGCAAUUUUCGACAAGGGCAUUGUU ..(((((((((..(((......)))((((((((....))))))))...))))))))).((((((.......)))))).(....)..((((((((..((......))..)))))))) ( -38.30) >DroEre_CAF1 158977 109 - 1 AUGUGUUGUUUUAUACUCUACUGUCCCUUGUGGCUUGUCCCAAAGAUUGAGCAAUGUCCCUGUCAUAAUACGACAAAUGGAAACUAAGCAAUGCAAUUGCC-------UCAUUGCU .((((((((((.....((((.((((..((((((((((..(........)..))).......)))))))...))))..))))....))))))))))......-------........ ( -19.61) >DroYak_CAF1 159922 107 - 1 CUUUGUUGUUCUACACUCAACUGUCCUUUGUGGCUUGUCGCAAAGAUUGAGUAAUGUCCAUGUCAUAAUACGACAUAUAGAAACUAAGCAAUGACAUUG---------UCAUUGUU ........(((((.((((((.....((((((((....)))))))).)))))).......(((((.......))))).)))))....(((((((((...)---------)))))))) ( -27.60) >consensus AUGUGUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGAUUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAGAUGGAAACUAAGCAAUGCAAUUUUCGACAAGGGCAUUGUU ...((((((((...((......)).((((((((....))))))))...))))))))((((((((.......)))))..))).....((((((((..............)))))))) (-23.22 = -22.42 + -0.80)
Location | 19,978,024 – 19,978,140 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 5 |
Columns | 116 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.95 |
Mean single sequence MFE | -29.32 |
Consensus MFE | -21.84 |
Energy contribution | -22.64 |
Covariance contribution | 0.80 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -1.69 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 0.21 |
SVM RNA-class probability | 0.635222 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 19978024 116 - 22407834 CCUGUUCCUGUGGACUUUGUGCAAAAUUGUCAUUAGAUUAAUGUAUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGAUUAAGCUAUGUCUUUGUCAUAAUACGACAG ........((((((....(((((.....(((....)))...)))))...)))))).....(((((((((((((....)))))))).......((((.......))))....))))) ( -25.20) >DroSec_CAF1 160927 115 - 1 CCUGUUCCUGUGGACAGUGUGGAAAAA-GUCAUUAGAUUAAUGCAUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGACUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAG ..(((((..(((((..((((((((...-..(((((...))))).....))))))))))))).(((.(((((((....)))))))))).)))))......(((((.......))))) ( -34.60) >DroSim_CAF1 163463 116 - 1 CCUGUUUCCGUGGACAUUGUGGAAAAAUGUCAUUAGAUUAAUGCGUUGUUCUACACUCUACUGUGCUUUGUGGCUUCCCACAAAGAUUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAG .((((...((((((((((.......))))))....(((....(((((((((..(((......)))((((((((....))))))))...)))))))))....)))....)))))))) ( -35.40) >DroEre_CAF1 159010 116 - 1 CCUGAUUCUGUGGACAUUGUGGCAAAAUGUCAUUAGAUUAAUGUGUUGUUUUAUACUCUACUGUCCCUUGUGGCUUGUCCCAAAGAUUGAGCAAUGUCCCUGUCAUAAUACGACAA ..((((...(.((((((((((((((...(((((..(((....((((......))))......)))....)))))))))).((.....)).)))))))))).))))........... ( -23.90) >DroYak_CAF1 159953 112 - 1 ----GUCCUGUGGACAUUGUAAAAAAAUGUCAUUGGAUUACUUUGUUGUUCUACACUCAACUGUCCUUUGUGGCUUGUCGCAAAGAUUGAGUAAUGUCCAUGUCAUAAUACGACAU ----(((.((((((((((.......))))))..((((((((((.((((.........))))....((((((((....))))))))...)))))..)))))...))))....))).. ( -27.50) >consensus CCUGUUCCUGUGGACAUUGUGGAAAAAUGUCAUUAGAUUAAUGUGUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGAUUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAG ...........(((((((((((((.((((.(((((...))))))))).)))))).(((....((.((((((((....)))))))))).))).)))))))(((((.......))))) (-21.84 = -22.64 + 0.80)
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