Locus 707

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	2,046,794 – 2,046,944
Length	150
Max. P	0.950687

overview

Window 7

Location	2,046,794 – 2,046,905
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.40
Mean single sequence MFE	-38.90
Consensus MFE	-17.05
Energy contribution	-16.08
Covariance contribution	-0.97
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-2.38
Structure conservation index	0.44
SVM decision value	1.01
SVM RNA-class probability	0.898937
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2046794 111 + 22407834
AAACAACUAGUGCGCCUCCUACCCUUUAAUGGGAUAACAUUUUCGCAUCUUAGCAGGGAUUGCUAUGUGCAGCAGAUGGUGGAGGCACUGCAGCAGCUGCAGUACACCAAA
.........(((.((((((..(((......)))....(((((.(((((..((((((...)))))).)))).).)))))..))))))(((((((...))))))).))).... ( -40.10)
>DroPse_CAF1 82895 111 + 1
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.((........))..((((((((((.....))))))))))(((((((..((((......(((((..(((((((..(.....)..)))))))))))))))).).)))))).. ( -46.50)
>DroSec_CAF1 64254 111 + 1
AAACAACUAGUGCUCCUCCUACCCUUUAAUGGGAUAACAUUUUCGCAUCUUAGCAGGGAUUGCUAUGUGCAGCAGAUGGUGGAGGCACUGCAGCAGCUGCAGUACACCAAA
.........(((..(((((..(((......)))....(((((.(((((..((((((...)))))).)))).).)))))..))))).(((((((...))))))).))).... ( -35.20)
>DroEre_CAF1 63144 111 + 1
AAACAACUAGUGCGCCUCCUACCCUUUAAUGGGAUAACAUUUUCGCAUCUUAGCAGGGAUUGCUAUGUGCAGCAGAUGAUGGAAGCACUGCAGCAGCUGCAGUACACCAAA
.........(((.((.(((..(((......)))....(((((.(((((..((((((...)))))).)))).).)))))..))).))(((((((...))))))).))).... ( -33.40)
>DroYak_CAF1 66465 111 + 1
AAACAACUAGUGCGCCUUCUAGCCUUUAAUGGGAUAACAUUUUCGCAUCUUAGCAGGGAUUGUUAUGUGCAGCAGAUGAUGGAGGCACUGCAGCAGCUGCAGUACACCAAA
.........(((.((((((...(((.....)))....(((((.(((((..((((((...)))))).)))).).)))))..))))))(((((((...))))))).))).... ( -31.70)
>DroPer_CAF1 95237 111 + 1
AGCAUUGUGAGGCAUUUGUUGCCCCUCUCUGGGGCAACGGUGGGGUCGAUGAGUAAGGCCUGCUAUGCGGAGCAGCUGAUUGAAGCUCUGCAGCAGCUCAAGUAUCCCAAG
.((........))..((((((((((.....))))))))))(((((((..((((......(((((..(((((((..(.....)..)))))))))))))))).).)))))).. ( -46.50)
>consensus
AAACAACUAGUGCGCCUCCUACCCUUUAAUGGGAUAACAUUUUCGCAUCUUAGCAGGGAUUGCUAUGUGCAGCAGAUGAUGGAAGCACUGCAGCAGCUGCAGUACACCAAA
.........((((........(((......))).................((((.....(((((......))))).........((......)).))))..))))...... (-17.05 = -16.08 +  -0.97)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	2,046,794 – 2,046,905
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.40
Mean single sequence MFE	-36.88
Consensus MFE	-18.82
Energy contribution	-18.63
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.34
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	1.40
SVM RNA-class probability	0.950687
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2046794 111 - 22407834
UUUGGUGUACUGCAGCUGCUGCAGUGCCUCCACCAUCUGCUGCACAUAGCAAUCCCUGCUAAGAUGCGAAAAUGUUAUCCCAUUAAAGGGUAGGAGGCGCACUAGUUGUUU
.((((((((((((((...)))))))(((((((((......(((((.(((((.....))))).).))))..((((......))))....))).)))))))))))))...... ( -41.10)
>DroPse_CAF1 82895 111 - 1
CUUGGGAUACUUGAGCUGCUGCAGAGCUUCAAUCAGCUGCUCCGCAUAGCAGGCCUUACUCAUCGACCCCACCGUUGCCCCAGAGAGGGGCAACAAAUGCCUCACAAUGCU
..((((.....(((((((((((.((((..(.....)..)))).))..)))))......)))).....))))..((((((((.....))))))))................. ( -37.90)
>DroSec_CAF1 64254 111 - 1
UUUGGUGUACUGCAGCUGCUGCAGUGCCUCCACCAUCUGCUGCACAUAGCAAUCCCUGCUAAGAUGCGAAAAUGUUAUCCCAUUAAAGGGUAGGAGGAGCACUAGUUGUUU
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>DroEre_CAF1 63144 111 - 1
UUUGGUGUACUGCAGCUGCUGCAGUGCUUCCAUCAUCUGCUGCACAUAGCAAUCCCUGCUAAGAUGCGAAAAUGUUAUCCCAUUAAAGGGUAGGAGGCGCACUAGUUGUUU
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>DroYak_CAF1 66465 111 - 1
UUUGGUGUACUGCAGCUGCUGCAGUGCCUCCAUCAUCUGCUGCACAUAACAAUCCCUGCUAAGAUGCGAAAAUGUUAUCCCAUUAAAGGCUAGAAGGCGCACUAGUUGUUU
..(((.(((((((((...)))))))))..))).((.(((.(((..((((((.....(((......)))....))))))..........(((....)))))).))).))... ( -29.10)
>DroPer_CAF1 95237 111 - 1
CUUGGGAUACUUGAGCUGCUGCAGAGCUUCAAUCAGCUGCUCCGCAUAGCAGGCCUUACUCAUCGACCCCACCGUUGCCCCAGAGAGGGGCAACAAAUGCCUCACAAUGCU
..((((.....(((((((((((.((((..(.....)..)))).))..)))))......)))).....))))..((((((((.....))))))))................. ( -37.90)
>consensus
UUUGGUGUACUGCAGCUGCUGCAGUGCCUCCAUCAUCUGCUGCACAUAGCAAUCCCUGCUAAGAUGCGAAAAUGUUAUCCCAUUAAAGGGUAGGAGGCGCACUAGUUGUUU
..((((((.((((((...)))))).((((........(((((....))))).......................((((((.......)))))).))))))))))....... (-18.82 = -18.63 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	2,046,834 – 2,046,944
Length	110
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.88
Mean single sequence MFE	-36.17
Consensus MFE	-20.81
Energy contribution	-19.32
Covariance contribution	-1.49
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-1.82
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	0.00
SVM RNA-class probability	0.535622
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2046834 110 + 22407834
UUUCGCAUCUUAGCAGGGAUUGCUAUGUGCAGCAGAUGGUGGAGGCACUGCAGCAGCUGCAGUACACCAAAAAGGUGAACAAAAGCUGGCUUCAAACGCCGAACAGCACA-
....((((..((((((...)))))).)))).((...(((((((((((((((((...))))))).((((.....))))...........)))))...)))))....))...- ( -36.20)
>DroPse_CAF1 82935 110 + 1
UGGGGUCGAUGAGUAAGGCCUGCUAUGCGGAGCAGCUGAUUGAAGCUCUGCAGCAGCUCAAGUAUCCCAAGAAGGUGAACAGGACCUGGCUGUUGAUGCCGGG-AACACAG
.((.((((((.(((.(((((((((.((((((((..(.....)..))))))))..)))....((.((((.....)).))))))).))).))))))))).))(..-..).... ( -40.40)
>DroSim_CAF1 62687 110 + 1
UUUCGCAUCUUAGCAGGGAUUGCUAUGUGCAGCAGAUGGUGGAGGCACUGCAGCAGCUGCAGUACACCAAAAAGGUGAACAAAAGCUGGCUUCAAACGCCGAACAGCACA-
....((((..((((((...)))))).)))).((...(((((((((((((((((...))))))).((((.....))))...........)))))...)))))....))...- ( -36.20)
>DroEre_CAF1 63184 110 + 1
UUUCGCAUCUUAGCAGGGAUUGCUAUGUGCAGCAGAUGAUGGAAGCACUGCAGCAGCUGCAGUACACCAAAAAGGUGAACAAAAGUUGGCUUCAAACGCCGAACAGUGCA-
((((((((((..(((.(........).)))...))))).)))))((((((..((....)).((.((((.....)))).)).....(((((.......))))).)))))).- ( -33.10)
>DroYak_CAF1 66505 110 + 1
UUUCGCAUCUUAGCAGGGAUUGUUAUGUGCAGCAGAUGAUGGAGGCACUGCAGCAGCUGCAGUACACCAAAAAGGUGAACAAAAGCUGGCUUCAAACGCCGAACAGCACA-
....((((..((((((...)))))).)))).((..........((((((((((...))))))).((((.....)))).......)))(((.......))).....))...- ( -30.70)
>DroPer_CAF1 95277 110 + 1
UGGGGUCGAUGAGUAAGGCCUGCUAUGCGGAGCAGCUGAUUGAAGCUCUGCAGCAGCUCAAGUAUCCCAAGAAGGUGAACAGGACCUGGCUGUUGAUGCCGGG-AACACAG
.((.((((((.(((.(((((((((.((((((((..(.....)..))))))))..)))....((.((((.....)).))))))).))).))))))))).))(..-..).... ( -40.40)
>consensus
UUUCGCAUCUUAGCAGGGAUUGCUAUGUGCAGCAGAUGAUGGAAGCACUGCAGCAGCUGCAGUACACCAAAAAGGUGAACAAAAGCUGGCUUCAAACGCCGAACAGCACA_
....((....((((.....(((((......))))).........((......)).))))..((.((((.....)))).))......((((.......))))....)).... (-20.81 = -19.32 +  -1.49)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:43:28 2006