Locus 7062

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,775,555 – 19,775,675
Length 120
Max. P 0.900476
window11262

overview

Window 2

Location 19,775,555 – 19,775,675
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.67
Mean single sequence MFE -44.28
Consensus MFE -25.17
Energy contribution -25.32
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.52
Mean z-score -2.09
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 1.01
SVM RNA-class probability 0.900476
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19775555 120 + 22407834
AACACUGGCGAACUGCUGUUGAGUGGUGGGCACAUUUUCGGGAGUUCCACAGUCAAUGAACUGAAUGUCACACAACUGAUCUUCCAGCUUGUAUCGCUUACAGCAGUUUUCAGCUCCACC
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>DroVir_CAF1 44588 120 + 1
AACGCUGGCGAAUUGUUGCUGCGCAGGCAACGGAUGCUCCGGCGUGCCGCAGUCAAUGAACUGUAUAUCCGAGAGCUGAUCUUCCAACUUGUAACGCUUGCAGCAGUUUUCGGCGCCAGC
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>DroGri_CAF1 42866 120 + 1
AACGCUGGCGAAUUGCUGCUGUGCUGGCAACGGAUGCUCCGGUGUGCCGCAGUCAAUGAACUGUAUGUCCGAGAGCUGAUCCUCCAGCUUGUAGCGUUUGCAGCAGUUCUCGGCGCCUGC
..((((((.((((((((((..((((((((.(((.....)))...))))(((((......)))))........((((((......))))))..))))...))))))))))))))))..... ( -51.70)
>DroWil_CAF1 57055 120 + 1
CACGCUGGCAAAUUGUUGUUGUGUUGUCGGAGCAUGCUCCGGAGUACCACAAUCAAUGAAUUGUAUAUCAGAUAGCUGAUCCUCUAGCUUAUAACGCUUGCAACAAUUCUCAGCACCAGC
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>DroAna_CAF1 40257 120 + 1
GACGCUGGCGAACUGUUGUUGCGUGCUGGGCACCGUCUCGGGUGUUCCACAGUCAAUGAACUGGAUGUCGCACAACUGGUCCUCCAGCUUAUAGCGCUUGCAGCAGUUUUCCGCGCCGGC
...((((((((((((((((.((((((((((((((......)))).))))((((......))))......))))..((((....))))........))..))))))))).....))))))) ( -49.00)
>DroPer_CAF1 50803 120 + 1
CACGCUGGCAAACUGUUGCUGCACCGUCGGCGCAUGCUCGGGCGUGCCGCAAUCAAUAAACUGUAUAUCGCAGAGCUGAUCCUCCAGUUUGUAGCGCUUGCAGCAGUUCUCCGCACCCGC
...((.((..(((((((((.((.(((..(((....))))))))((((..(((........((((.....)))).((((......)))))))..))))..)))))))))..))))...... ( -41.40)
>consensus
AACGCUGGCGAACUGUUGCUGCGCGGUCGGCGCAUGCUCCGGAGUGCCACAGUCAAUGAACUGUAUAUCACAGAGCUGAUCCUCCAGCUUGUAGCGCUUGCAGCAGUUCUCAGCGCCAGC
...(((((.((((((((((.((((................((....))(((((......))))).........(((((......)))))....))))..)))))))))))))))...... (-25.17 = -25.32 +   0.14)

alignment

Postscript

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