Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 19,752,807 – 19,752,912 |
Length | 105 |
Max. P | 0.917804 |
Location | 19,752,807 – 19,752,912 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 5 |
Columns | 109 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.49 |
Mean single sequence MFE | -38.54 |
Consensus MFE | -30.92 |
Energy contribution | -30.80 |
Covariance contribution | -0.12 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -2.02 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 1.12 |
SVM RNA-class probability | 0.917804 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 19752807 105 + 22407834 GCGAGACACAACAACAAACUGUUUGUGGAGCGCACUUAGCGGUGGGGCCACAGUGACCAGCUAUCGAUAGCA----GUUCUAUCGGUGUGGGAGCUUUUCCAUCGCAUG (((...(((((((......)).)))))...))).....(((((((((....(((..(((..(((((((((..----...))))))))))))..))).)))))))))... ( -39.10) >DroSec_CAF1 19457 109 + 1 GCGAGACACAACAACAAACUGUUUGUGGAGCGCACUUAGCGGUGGGGCCCCAGCAGCCAGCUAUCGAUAGCGAUAGGUUCUAUCGGUGCGGGAGCUUUCCUAUCGCAUG (((...(((((((......)).)))))...))).....(((((((((((((.(((.((.((((....))))(((((...))))))))))))).))...))))))))... ( -43.70) >DroSim_CAF1 18139 105 + 1 GCGAGACACAACAACAAACUGUUUGUGGAGCGCACUUAGCGGUGGGGCCCCAGCAGCCAGCUAUCGAUAGCG----GUUCUAUCGGUGCGGGAGCUUUCCUAUCGCAUG (((...(((((((......)).)))))...))).....((((((((((((((((.....)))((((((((..----...))))))))..))).))...))))))))... ( -40.70) >DroEre_CAF1 20808 105 + 1 GCGAGACACAACAACAAACUGUUUGUGGAGCUCAAUUAGUGGUGGGGCCACAGUCGUAAGCAAUCGAUAGCA----CUGCUAUCGGUGCGGCAGCUUUUCUAUCGCAUA ((((..(((((((......)).)))))(((((......((((.....)))).(((((.....(((((((((.----..))))))))))))))))))).....))))... ( -36.60) >DroYak_CAF1 22065 105 + 1 GCAAGACACAACAACAAACUAUUUGUGGAGCGCAGCUAGCGGUGGGUCCACAGCAGUCUGCAAUCGAUAGCA----GUGCUAUCGGAGCAAGAGCUUUUUUAUCGCAUG ((....(((((...........)))))((((((((((.((.(((....))).)))).))))..((((((((.----..)))))))).......)))).......))... ( -32.60) >consensus GCGAGACACAACAACAAACUGUUUGUGGAGCGCACUUAGCGGUGGGGCCACAGCAGCCAGCUAUCGAUAGCA____GUUCUAUCGGUGCGGGAGCUUUUCUAUCGCAUG (((...(((((((......)).)))))...))).....(((((((((....(((..((.((.((((((((.........))))))))))))..))).)))))))))... (-30.92 = -30.80 + -0.12)
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