Locus 7052

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,719,388 – 19,719,495
Length 107
Max. P 0.724513
window11249

overview

Window 9

Location 19,719,388 – 19,719,495
Length 107
Sequences 6
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.70
Mean single sequence MFE -35.95
Consensus MFE -22.68
Energy contribution -22.96
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.724513
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19719388 107 - 22407834
GGACGCGGCACACGUGGCGGAAUGAAAAGCAAGUGCCCAGCUUUAGACAGGUGGAAUGCAUUCGCAUUUGCAUUUGCAUUUGUGCUGUGGCACCUAACAAGCGCAUC
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>DroPse_CAF1 9487 100 - 1
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>DroEre_CAF1 8510 107 - 1
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>DroWil_CAF1 11508 88 - 1
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>DroYak_CAF1 8787 101 - 1
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>DroPer_CAF1 9501 100 - 1
----C---UGGAGAUGGGCGAAUGAAAAGCAAGUGCCCAGCUUUAGACAGGUGGAAUGCAUUUGCAUUUUCAUUUGCAUUUGUGCUGUGGCAGCUAACAAGCGCAUC
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>consensus
____G___UGCACGUGGCGGAAUGAAAAGCAAGUGCCCAGCUUUAGACAGGUGGAAUGCAUUUGCAUUUGCAUUUGCAUUUGUGCUGUGGCAGCUAACAAGCGCAUC
............................((...((((((((.....(((((((((((((....)))))).......))))))))))).))))(((....)))))... (-22.68 = -22.96 +   0.28)

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