Locus 7049

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	19,710,957 – 19,711,066
Length	109
Max. P	0.917581

overview

Window 4

Location	19,710,957 – 19,711,066
Length	109
Sequences	4
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.01
Mean single sequence MFE	-57.25
Consensus MFE	-43.70
Energy contribution	-45.57
Covariance contribution	1.87
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.05
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	1.12
SVM RNA-class probability	0.917581
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19710957 109 - 22407834
GGACUACGGACUACGGACUUCGGGCUACGGGUUGCUGGCCGGGUG------GCUUUAGGCUACGGGUUCCGGACCCGGUGCCCGGUGCUCGGAGUCCGGACUUUGGACGCCGGAU
((....((((...((((((((((((..(((((.((((((((((((------((.....))))).....))))..))))))))))..))))))))))))...))))....)).... ( -54.40)
>DroSec_CAF1 144 105 - 1
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>DroSim_CAF1 143 111 - 1
GGACUCCGGACUACGGACUCCGGGCUACGGGUUGCUGGCCGGGGG----GAGCUCUAGGCUACGGGUUCCGGACCCGGUGCCCGGUGCUCGGAGUCCGGACUUUGGACGCCGGAU
((..((((((...((((((((((((..(((((.....((((((.(----((((((........)))))))...)))))))))))..))))))))))))...))))))..)).... ( -65.80)
>DroYak_CAF1 143 108 - 1
GGCCUCCAGGCUACGGGCUGCGGGUUGCGGGCUGCGGGCAGAGGGCAACGGGUUUUGGGCUACGGGUUCCGAACCCGGAGACCG-------GAGCCCGGACUUUGGACGCCGGAU
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>consensus
GGACUCCGGACUACGGACUCCGGGCUACGGGUUGCUGGCCGGGGG____GAGCUCUAGGCUACGGGUUCCGGACCCGGUGCCCGGUGCUCGGAGUCCGGACUUUGGACGCCGGAU
((..((((((...((((((((((((..(((((....((((.((((.......)))).)))).((((((...))))))..)))))..))))))))))))...))))))..)).... (-43.70 = -45.57 +   1.87)

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