| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,627,390 – 19,627,486 |
| Length | 96 |
| Max. P | 0.693493 |
| Location | 19,627,390 – 19,627,486 |
|---|---|
| Length | 96 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.72 |
| Mean single sequence MFE | -24.17 |
| Consensus MFE | -18.56 |
| Energy contribution | -18.62 |
| Covariance contribution | 0.06 |
| Combinations/Pair | 1.04 |
| Mean z-score | -1.38 |
| Structure conservation index | 0.77 |
| SVM decision value | 0.33 |
| SVM RNA-class probability | 0.693493 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 19627390 96 - 22407834 --U--------AUGCG--GCCGACCAUUUGUUGUGGUUAUUAUUAUGGUUGAUUUAGUGGCCACAAAUUGAAUGAAUUGUCUUAUUUAACCGAAAUAAGCAAUAUCG--C---------- --.--------..(((--(.....(((((.((((((((((((............))))))))))))...))))).((((.(((((((.....))))))))))).)))--)---------- ( -25.50) >DroVir_CAF1 61397 106 - 1 --U--------AUGUG--CCCGUCCAUUUGUUGUGGUUAUUAUUAUGGUUGAUUUAGUGGCCACAAAUUGAAUGAAUUGUCUUACUUAACCGGAAUAAGCAAUAUUC--GAUUUAAAUAU --.--------.....--..............((((((((((............))))))))))(((((((((..((((.((((.((.....)).))))))))))))--)))))...... ( -20.30) >DroPse_CAF1 66005 106 - 1 --GGUGGGAGGACGGC--GACGUCCAUUUGUUGUGGUUAUUAUUAUGGUUGAUUUAGUGGCCACAAAUUGAAUGAAUUGUCUUAUUUAACCGAAAUAAGCAAUAUUGUGU---------- --.......(((((..--..)))))((((.((((((((((((............))))))))))))...))))..((((.(((((((.....))))))))))).......---------- ( -30.00) >DroGri_CAF1 62252 108 - 1 --U--------AUGUGCGGCCGUCCAUUUGUUGUGGUUAUUAUUAUGGUUGAUUUAGUGGCCACAAAUUGAAUGAAUUGUCUUACUUAACCGAAAUAAGCAAUACUC--GAUUUAUAUAC --.--------..(((.(((.((.(((((.((((((((((((............))))))))))))...))))).)).))).)))......................--........... ( -21.20) >DroWil_CAF1 75110 107 - 1 --A------UUCCUUU--GUCGUCCAUUUGUUGUGGUUAUUAUUAUGGUUGAUUUAGUGGCCACAAAUUGAAUGAAUUGUCUUAUUUAACCGAAAUAAGCAAUAUUAUGU--GG-GAGGC --.------(((((..--.((((.((....((((((((((((............))))))))))))..)).))))((((.(((((((.....))))))))))).......--))-))).. ( -27.00) >DroMoj_CAF1 77476 108 - 1 GGU--------CUCUG--UCCGUCCAUUUGUUGUGGUUAUUAUUAUGGUUGAUUUAGUGGCCACAAAUUGAAUGAAUUGUCUUACUUAAGCGCAAUAAGCAAUAUUC--GAUUUACACAC ...--------...((--(..((((((((.((((((((((((............))))))))))))...))))).((((((((....))).)))))...........--)))..)))... ( -21.00) >consensus __U________AUGUG__GCCGUCCAUUUGUUGUGGUUAUUAUUAUGGUUGAUUUAGUGGCCACAAAUUGAAUGAAUUGUCUUACUUAACCGAAAUAAGCAAUAUUC__G__UU__A_AC ........................(((((.((((((((((((............))))))))))))...))))).((((.((((.((.....)).))))))))................. (-18.56 = -18.62 + 0.06)
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