Locus 7029

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,620,904 – 19,621,001
Length 97
Max. P 0.982842
window11214

overview

Window 4

Location 19,620,904 – 19,621,001
Length 97
Sequences 5
Columns 97
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.77
Mean single sequence MFE -36.52
Consensus MFE -25.43
Energy contribution -26.51
Covariance contribution 1.08
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.78
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 1.93
SVM RNA-class probability 0.982842
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19620904 97 + 22407834
CCCGCAAGACUCGGAGGAUCGGGAUUCGGAUAUGGAUACGGAUUCGGAUUCGGAUACGGAUUCGUUCUGGCUUACGGUCGUUGUGAGCUUUUGUUUU
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>DroSec_CAF1 64521 91 + 1
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>DroSim_CAF1 40492 91 + 1
CCCGCAAGACUCGGAGGAUCGGGAUUCGGAUACGGAUACGGA------UUCGGAUACGGAUUCGUUCUGGGUUACGGUCGCUGUGAGCUUUUGUUUU
...((((((((((.(((((((..(((((((.......(((((------((((....))))))))))))))))..))))).)).)))).))))))... ( -36.41)
>DroEre_CAF1 40408 97 + 1
CCCGCCAGACUCGGAGGAUCGGGACUCGGAUUCCGAUUUGGAUUCGGAUACGGACACGGAUUCGGUAUGGGUUAGGGUCGCUCCGAGUUUUUGUUUU
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>DroYak_CAF1 40217 79 + 1
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>consensus
CCCGCAAGACUCGGAGGAUCGGGAUUCGGAUACGGAUACGGA______UUCGGAUACGGAUUCGUUCUGGGUUACGGUCGCUGCGAGCUUUUGUUUU
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secondary structure

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