Locus 7024

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,591,650 – 19,591,777
Length 127
Max. P 0.746469
window11206 window11207

overview

Window 6

Location 19,591,650 – 19,591,741
Length 91
Sequences 6
Columns 92
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.69
Mean single sequence MFE -27.05
Consensus MFE -17.18
Energy contribution -17.43
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.45
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.34
SVM RNA-class probability 0.694753
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19591650 91 + 22407834
GACACACCCACACACUC-UCAGUGGAAGAUAGAGUCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCUAUGUCAUGCUAGGCCGCUCC
.......((((......-...))))..((((.(((((((((((.((((.......))))..))))))))))).))))..((......))... ( -26.10)
>DroEre_CAF1 12818 85 + 1
------CCCACACACUC-UCGGUGGAAGAUAGAGUCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCUAUGUCAUGCUAGGCCGGUCC
------...........-(((((((..((((.(((((((((((.((((.......))))..))))))))))).))))...))..)))))... ( -26.50)
>DroWil_CAF1 25261 91 + 1
GAGACAGUGAGAGUGAG-UGAAUGAGAGAGAAAGCCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCAAUGUCAUGCUAGGCUAGUCC
..((((((.((.((((.-....(....).....((((((((((.((((.......))))..))))))))))....)))).))..))).))). ( -26.20)
>DroYak_CAF1 12843 85 + 1
------CCCACACACUC-UCAGUGGGAGAUAGAGUCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCUAUGUCAUGCUAGGCCGGUCC
------(((((......-...))))).((((.(((((((((((.((((.......))))..))))))))))).))))............... ( -28.50)
>DroMoj_CAF1 21799 77 + 1
----------GGGAGUG-----UGGGCGGUAGGGCCAUUUGGCGCUGGCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGCCAAUGUCAUGCUAGGCUAGGCC
----------....((.-----(((.(((((.(((...(((((((((((.........)))....)))))))).))).)))).).))).)). ( -25.90)
>DroAna_CAF1 12667 83 + 1
---------AUGGAGUCGUGGGAGUGAGAUAGAGUCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCAAUGUCAUGCUAGGCUGCUCU
---------..(((((.((...((((.((((..((((((((((.((((.......))))..))))))))))..)))).))))..)).))))) ( -29.10)
>consensus
______CCCACACACUC_UCAGUGGGAGAUAGAGUCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCAAUGUCAUGCUAGGCCGGUCC
...........................((((..((((((((((.((((.......))))..))))))))))..))))............... (-17.18 = -17.43 +   0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 19,591,679 – 19,591,777
Length 98
Sequences 6
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.01
Mean single sequence MFE -25.48
Consensus MFE -18.09
Energy contribution -18.07
Covariance contribution -0.03
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.89
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.46
SVM RNA-class probability 0.746469
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19591679 98 + 22407834
AGAGUCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCUAUGUCAUGCUAGGCCGCUCCAACU---CCCCAAUUUGUAUCUAUGGAUGUACAAAAAAA
.((((....((((.(((.(((..((((((((((...)))))))))).))).))))))).....)))---).....(((((((........))))))).... ( -26.80)
>DroSim_CAF1 12720 95 + 1
AGAGUCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCUAUGUCAUGCUAGGCCGCUCCAACU---CCCCAAUUUGUAUCUAUGGCUGUAUAAAA---
.((((....((((.(((.(((..((((((((((...)))))))))).))).))))))).....)))---).....(((((((........))))))).--- ( -24.90)
>DroEre_CAF1 12841 95 + 1
AGAGUCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCUAUGUCAUGCUAGGCCGGUCCAACU---CCCCAAUAUGUAUCUAUGGAUGUAUAAAA---
.((((...(((((.(((.(((..((((((((((...)))))))))).))).))))))))....)))---).....((((((((....))))))))...--- ( -27.80)
>DroWil_CAF1 25290 82 + 1
AAAGCCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCAAUGUCAUGCUAGGCUAGUCC---------CCACU--GUAACCGCAGC-----AAAA---
...((((((((((.((((.......))))..)))))))))).......((((.((.((((..---------..)))--)...))..)))-----)...--- ( -25.40)
>DroYak_CAF1 12866 95 + 1
AGAGUCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCUAUGUCAUGCUAGGCCGGUCCAACU---CCCCAAUAUGUAUCUAUGGAUGUAAAAAA---
.((((...(((((.(((.(((..((((((((((...)))))))))).))).))))))))....)))---).........((((....)))).......--- ( -25.40)
>DroAna_CAF1 12688 86 + 1
AGAGUCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCAAUGUCAUGCUAGGCUGCUCUAACUGUGCCCCAUU-CC----------UU--CAAAAA--
.(((..((..(((((.....(((..((((((.....(((((...)))))....))))))..)))..)))))..)).-.)----------))--......-- ( -22.60)
>consensus
AGAGUCAUUUGGCACUGCCAUUAAUGUAGCCGCUAAGUGGCUAUGUCAUGCUAGGCCGCUCCAACU___CCCCAAU_UGUAUCUAUGGAUGUACAAAA___
.........((((.(((.(((..((((((((((...)))))))))).))).)))))))........................................... (-18.09 = -18.07 +  -0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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