Locus 7015

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,565,392 – 19,565,500
Length 108
Max. P 0.999852
window11188 window11189

overview

Window 8

Location 19,565,392 – 19,565,500
Length 108
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.80
Mean single sequence MFE -37.60
Consensus MFE -36.30
Energy contribution -36.30
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -4.44
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 4.26
SVM RNA-class probability 0.999852
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19565392 108 + 22407834
UU------C----A--UUUACGUUGUCUCCCGUUGAUUAUCCUAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUUGGGUAUCCAUAUCACAACCACUUGAUGAGGCUUAGAUAAUCAACAUC
..------.----.--...............((((((((((..((((((((((.(.(((.(((((((((.((.....)).))))))))).))))))))))).)))..))))))))))... ( -41.00)
>DroVir_CAF1 8069 114 + 1
CG------AUUUGUUUUUCGUGUUGUUUUCCGUUGAUUAUCCUAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUCGGGUAUCCAUAUCACAACCACUUGAUGAGGCUUAGAUAAGCAACAUC
((------(........)))...........((((.(((((..((((((((((.(.(((.(((((((((.(........)))))))))).))))))))))).)))..))))).))))... ( -37.20)
>DroGri_CAF1 6663 110 + 1
CA------A----AUUUUCAUGUUGUUCUCCGUUGAUUAUCCUAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUCGGGUAUCCAUAUCACAACCACUUGAUGAGGCUUAGAUAAGCAACAUC
..------.----..................((((.(((((..((((((((((.(.(((.(((((((((.(........)))))))))).))))))))))).)))..))))).))))... ( -36.30)
>DroWil_CAF1 27716 114 + 1
UUUGUUAGG----A--UUUGUGUUGUUUUCCGUUGAUUAUCCUAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUUGGGUAUCCAUAUCACAACCACUUGAUGAGGCUUAGAUAAGCAACAUC
.......((----(--............)))((((.(((((..((((((((((.(.(((.(((((((((.((.....)).))))))))).))))))))))).)))..))))).))))... ( -38.40)
>DroMoj_CAF1 27478 110 + 1
----------UUGUUUCUCUUGUUGUUUUCCGUUGAUUAUCCUAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUCGGGUAUCCAUAUCACAACCACUUGAUGAGGCUUAGAUAAGCAACAUC
----------.....................((((.(((((..((((((((((.(.(((.(((((((((.(........)))))))))).))))))))))).)))..))))).))))... ( -36.30)
>DroAna_CAF1 6279 110 + 1
AU----AAG----A--UUUAUGUUGUUUCCCGUUGAUUAUCCUAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUUGGGUAUCCAUAUCACAACCACUUGAUGAGGCUUAGAUAAGCAACAUC
..----...----.--...............((((.(((((..((((((((((.(.(((.(((((((((.((.....)).))))))))).))))))))))).)))..))))).))))... ( -36.40)
>consensus
CU______A____A__UUCAUGUUGUUUUCCGUUGAUUAUCCUAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUCGGGUAUCCAUAUCACAACCACUUGAUGAGGCUUAGAUAAGCAACAUC
...............................((((.(((((..((((((((((.(.(((.(((((((((.(........)))))))))).))))))))))).)))..))))).))))... (-36.30 = -36.30 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 19,565,392 – 19,565,500
Length 108
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.80
Mean single sequence MFE -43.10
Consensus MFE -41.70
Energy contribution -41.70
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -6.33
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 2.87
SVM RNA-class probability 0.997475
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19565392 108 - 22407834
GAUGUUGAUUAUCUAAGCCUCAUCAAGUGGUUGUGAUAUGGAUACCCAACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGAUAAUCAACGGGAGACAACGUAAA--U----G------AA
..((((((((((((.(((.((((((((((((((((((((((........).)))))))))))))..))))))))))).))))))))))))(....)........--.----.------.. ( -47.80)
>DroVir_CAF1 8069 114 - 1
GAUGUUGCUUAUCUAAGCCUCAUCAAGUGGUUGUGAUAUGGAUACCCGACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGAUAAUCAACGGAAAACAACACGAAAAACAAAU------CG
..(((((.((((((.(((.((((((((((((((((((((((........).)))))))))))))..))))))))))).)))))).)))))......................------.. ( -41.70)
>DroGri_CAF1 6663 110 - 1
GAUGUUGCUUAUCUAAGCCUCAUCAAGUGGUUGUGAUAUGGAUACCCGACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGAUAAUCAACGGAGAACAACAUGAAAAU----U------UG
..(((((.((((((.(((.((((((((((((((((((((((........).)))))))))))))..))))))))))).)))))).))))).................----.------.. ( -41.70)
>DroWil_CAF1 27716 114 - 1
GAUGUUGCUUAUCUAAGCCUCAUCAAGUGGUUGUGAUAUGGAUACCCAACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGAUAAUCAACGGAAAACAACACAAA--U----CCUAACAAA
...((((.((((((.(((.((((((((((((((((((((((........).)))))))))))))..))))))))))).)))))).))))(((............--)----))....... ( -42.20)
>DroMoj_CAF1 27478 110 - 1
GAUGUUGCUUAUCUAAGCCUCAUCAAGUGGUUGUGAUAUGGAUACCCGACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGAUAAUCAACGGAAAACAACAAGAGAAACAA----------
..(((((.((((((.(((.((((((((((((((((((((((........).)))))))))))))..))))))))))).)))))).)))))....................---------- ( -41.70)
>DroAna_CAF1 6279 110 - 1
GAUGUUGCUUAUCUAAGCCUCAUCAAGUGGUUGUGAUAUGGAUACCCAACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGAUAAUCAACGGGAAACAACAUAAA--U----CUU----AU
(((((((.((((((.(((.((((((((((((((((((((((........).)))))))))))))..))))))))))).)))))).)))).(....).......)--)----)..----.. ( -43.50)
>consensus
GAUGUUGCUUAUCUAAGCCUCAUCAAGUGGUUGUGAUAUGGAUACCCAACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGAUAAUCAACGGAAAACAACAUAAA__U____C______AA
..(((((.((((((.(((.((((((((((((((((((((((........).)))))))))))))..))))))))))).)))))).))))).............................. (-41.70 = -41.70 +  -0.00)

alignment

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secondary structure

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