Locus 6999

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>2L_DroMel_CAF1 19473733 117 + 22407834
ACCACCGGCAUCAU-UUCAUGCUCAAUUCAAAUGUUGUUCAAUCCCAUUCAAACAAUUUGUAUCGUAGUUUUAUUACCACAAUAAAACGGAUUAAGCAAUCCGCCCCUUCCCUG--GCAG
......(((((...-...)))))..........((((((.(((((.......((.....))......((((((((.....))))))))))))).))))))..(((........)--)).. ( -20.70)
>DroVir_CAF1 36169 104 + 1
AC--GGAGCAUCAU-UUCAUGCUCAAUUCAAAUGUUGUUCAAUCUCAUUCAAACAAUUUGUAUUGUAGUUUUAUUACCACAAUAAAACGGAUUAAGCGGCCCGGG----AU---------
..--.((((((...-...)))))).((((....((((((.(((((.......(((((....))))).((((((((.....))))))))))))).))))))...))----))--------- ( -24.00)
>DroPse_CAF1 36682 112 + 1
AGAACCGGCAUCAU-UUCAUGCUCCAUUCAAAUGUUGCUCAAUCUCAUUCAAACAAUUUGUAUUGUAGUUUUAUUACCACAAUAAAACGGAUAAAGGAGCUC----CGUCUUUG--CCC-
......((((....-.....(((((.......((.....)).....((((..(((((....))))).((((((((.....))))))))))))...)))))..----......))--)).- ( -22.73)
>DroGri_CAF1 32314 99 + 1
------GGCAUCAU-UUCAUGCUCAAUUCAAAUGUUGUUCAAUCUCAUUCAAACAAUUUGUAUUGUAGUUUUAUUACCACAAUAAAACGGAUUAAACAGCCCGU-----CU---------
------(((((...-...)))))..........((((((.(((((.......(((((....))))).((((((((.....))))))))))))).))))))....-----..--------- ( -19.00)
>DroWil_CAF1 44849 112 + 1
---ACCAGCAUCAUUUUCAUGCUCAAUUCAAAUGUUGUUCAAUCUCAUUCAAACAAUUUGUAUUGUAGUUUUAUUACCACAAUAAAACGGAUUAAGCAGCUA----UG-CGGAGGAGAAG
---.(((((((.......)))))....((..((((((((.(((((.......(((((....))))).((((((((.....))))))))))))).)))))).)----).-..))))..... ( -21.70)
>DroMoj_CAF1 41310 107 + 1
AU--CGAGCUUCAU-UUCAUGUUCAAUUCAAAUGUUGUUCAAUCUCAUUCAAACAAUUUGUAUUGUAGUUUUAUUACCACAAUAAAACGGAUUAAGCGGCCCGGA----CUCUG------
..--.((((.....-.....))))...((....((((((.(((((.......(((((....))))).((((((((.....))))))))))))).))))))...))----.....------ ( -18.40)
>consensus
A___CCAGCAUCAU_UUCAUGCUCAAUUCAAAUGUUGUUCAAUCUCAUUCAAACAAUUUGUAUUGUAGUUUUAUUACCACAAUAAAACGGAUUAAGCAGCCCG______CU_UG______
......(((((.......)))))..........((((((.(((((.......(((((....))))).((((((((.....))))))))))))).)))))).................... (-17.28 = -16.65 +  -0.63) 

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Window 3

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>2L_DroMel_CAF1 19473733 117 - 22407834
CUGC--CAGGGAAGGGGCGGAUUGCUUAAUCCGUUUUAUUGUGGUAAUAAAACUACGAUACAAAUUGUUUGAAUGGGAUUGAACAACAUUUGAAUUGAGCAUGAA-AUGAUGCCGGUGGU
(..(--(.......(((((((((....)))))))))(((((((((......)))))))))(((((((((..(......)..))))..)))))....(.((((...-...)))))))..). ( -29.90)
>DroVir_CAF1 36169 104 - 1
---------AU----CCCGGGCCGCUUAAUCCGUUUUAUUGUGGUAAUAAAACUACAAUACAAAUUGUUUGAAUGAGAUUGAACAACAUUUGAAUUGAGCAUGAA-AUGAUGCUCC--GU
---------..----..((((........))))...(((((((((......)))))))))(((((((((..(......)..))))..)))))....((((((...-...)))))).--.. ( -23.80)
>DroPse_CAF1 36682 112 - 1
-GGG--CAAAGACG----GAGCUCCUUUAUCCGUUUUAUUGUGGUAAUAAAACUACAAUACAAAUUGUUUGAAUGAGAUUGAGCAACAUUUGAAUGGAGCAUGAA-AUGAUGCCGGUUCU
-.((--((......----..(((((...........(((((((((......)))))))))(((((((((..(......)..))))..)))))...))))).....-....))))...... ( -28.03)
>DroGri_CAF1 32314 99 - 1
---------AG-----ACGGGCUGUUUAAUCCGUUUUAUUGUGGUAAUAAAACUACAAUACAAAUUGUUUGAAUGAGAUUGAACAACAUUUGAAUUGAGCAUGAA-AUGAUGCC------
---------..-----...((((((((((((((((((((((((((......)))))))))..........))))).))))))))).(((((.(........).))-)))..)))------ ( -23.90)
>DroWil_CAF1 44849 112 - 1
CUUCUCCUCCG-CA----UAGCUGCUUAAUCCGUUUUAUUGUGGUAAUAAAACUACAAUACAAAUUGUUUGAAUGAGAUUGAACAACAUUUGAAUUGAGCAUGAAAAUGAUGCUGGU---
........(((-((----(..(((((((((......(((((((((......)))))))))(((((((((..(......)..))))..))))).)))))))).)......)))).)).--- ( -25.90)
>DroMoj_CAF1 41310 107 - 1
------CAGAG----UCCGGGCCGCUUAAUCCGUUUUAUUGUGGUAAUAAAACUACAAUACAAAUUGUUUGAAUGAGAUUGAACAACAUUUGAAUUGAACAUGAA-AUGAAGCUCG--AU
------.....----..(((((.(.((((((((((((((((((((......)))))))))..........))))).)))))).)..(((((.(........).))-)))..)))))--.. ( -23.10)
>consensus
______CA_AG______CGGGCUGCUUAAUCCGUUUUAUUGUGGUAAUAAAACUACAAUACAAAUUGUUUGAAUGAGAUUGAACAACAUUUGAAUUGAGCAUGAA_AUGAUGCCGG___U
.......................(((((((......(((((((((......)))))))))(((((((((..(......)..))))..))))).))))))).................... (-18.86 = -18.53 +  -0.33) 

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