Locus 6996

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	19,461,106 – 19,461,213
Length	107
Max. P	0.985969

overview

Window 6

Location	19,461,106 – 19,461,213
Length	107
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.76
Mean single sequence MFE	-52.37
Consensus MFE	-38.72
Energy contribution	-38.53
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.57
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	2.03
SVM RNA-class probability	0.985969
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19461106 107 + 22407834
-------GGGCGUUCCGGGCGGAGUGCCCUCAACGCCGCCGGAAACGCCACCAGUAGUGGGCUCGCCCACGGGCAGCAGCAGCUGUCCGGCUCAGACUUACGCACACCACUAUG----
-------.((((((((((.(((.((.......)).))))))).))))))....(((((((.........((((((((....))))))))((..........))...))))))).---- ( -49.70)
>DroVir_CAF1 19882 116 + 1
-UGCCCCUACUGUGCCUGGCGGCGUGCCGUCCACACCGCCAGAGACACCGCCCGUAGUGGGUUCACCCACGGGCAGCAGCAGCUGCCCCAGCCAGGCAUAUGCGCAUCAUUAC-CAUG
-.........((((((((((((.(((.....))).))))))).......(((....(((((....)))))(((((((....)))))))......)))....))))).......-.... ( -52.40)
>DroGri_CAF1 17839 116 + 1
-UGCCUCCGCUGUGCCUGGCGGUGUGCCCUCCACACCGCCUGAGACGCCGCCAGUGGUGGGUUCACCCACCGGCAGCGGCAGCUGCCCCAGUCAGGCCUAUGCCCAUCAUUAC-CAUG
-.......((((.(((((((((((((.....)))))))))...(((.........((((((....))))))((((((....))))))...))))))).)).))..........-.... ( -52.70)
>DroEre_CAF1 16903 107 + 1
-------GGGUGUUCCGGGCGGAGUGCCCUCAACGCCGCCGGAAACGCCGCCCGUAGUGGGCUCGCCCACGGGCAGCAGCAGCUGUCCGGCUCAGACUUACGCACACCACUAUG----
-------.((((((((((.(((.((.......)).))))))).))))))(((....(((((....)))))(((((((....)))))))))).......................---- ( -49.80)
>DroYak_CAF1 17831 107 + 1
-------GGGUGUGCCGGGCGGAGUGCCCUCAACUCCGCCGGAAACGCCACCCGUAGUGGGCUCGCCCACGGGCAGCAGCAGCUGUCCGGCUCAGACUUACGCACACCACUAUG----
-------.(((((((..((((((((.......))))))))(....)(((.......(((((....)))))(((((((....))))))))))..........)))))))......---- ( -59.20)
>DroAna_CAF1 16177 114 + 1
CGGCGACAGGUUUACCUGGUGGUGUGCCGUCCACUCCGCCGGAAACACCGCCAGUGGUAGGCUCGCCCACGGGCAGCAGUAGCUGUCCGGCCCAGACAUAUGCCCACCAUUAUU----
.((((....((((.((.(((((.(((.....))).)))))))))))..))))((((((.(((((.....((((((((....)))))))).....)).....))).))))))...---- ( -50.40)
>consensus
_______GGGUGUGCCGGGCGGAGUGCCCUCAACACCGCCGGAAACGCCGCCAGUAGUGGGCUCGCCCACGGGCAGCAGCAGCUGUCCGGCUCAGACUUACGCACACCACUAUG____
........(((((..(.(((((.((.......)).))))).)..)))))....((((((((....)))))(((((((....)))))))..........)))................. (-38.72 = -38.53 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	19,461,106 – 19,461,213
Length	107
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.76
Mean single sequence MFE	-55.80
Consensus MFE	-39.19
Energy contribution	-38.75
Covariance contribution	-0.44
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-2.04
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	1.65
SVM RNA-class probability	0.969936
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19461106 107 - 22407834
----CAUAGUGGUGUGCGUAAGUCUGAGCCGGACAGCUGCUGCUGCCCGUGGGCGAGCCCACUACUGGUGGCGUUUCCGGCGGCGUUGAGGGCACUCCGCCCGGAACGCCC-------
----..((((((((.((....(((((...(((.((((....)))).))))))))..)).))))))))..((((((((.(((((.((.......)).))))).)))))))).------- ( -51.00)
>DroVir_CAF1 19882 116 - 1
CAUG-GUAAUGAUGCGCAUAUGCCUGGCUGGGGCAGCUGCUGCUGCCCGUGGGUGAACCCACUACGGGCGGUGUCUCUGGCGGUGUGGACGGCACGCCGCCAGGCACAGUAGGGGCA-
(((.-...))).(((.(.((((((((....(((((((....)))))))(((((....)))))..))))).((((..(((((((((((.....))))))))))))))).))).).)))- ( -65.40)
>DroGri_CAF1 17839 116 - 1
CAUG-GUAAUGAUGGGCAUAGGCCUGACUGGGGCAGCUGCCGCUGCCGGUGGGUGAACCCACCACUGGCGGCGUCUCAGGCGGUGUGGAGGGCACACCGCCAGGCACAGCGGAGGCA-
(((.-...)))...((((...((((.....))))...))))((((((((((((....))))))...))))))(((((.(((((((((.....)))))))))..((...)).))))).- ( -62.60)
>DroEre_CAF1 16903 107 - 1
----CAUAGUGGUGUGCGUAAGUCUGAGCCGGACAGCUGCUGCUGCCCGUGGGCGAGCCCACUACGGGCGGCGUUUCCGGCGGCGUUGAGGGCACUCCGCCCGGAACACCC-------
----......(((((.(....)((((.((((((.(((....((((((((((((....)))))...))))))))))))))))((((..(((....)))))))))))))))).------- ( -52.50)
>DroYak_CAF1 17831 107 - 1
----CAUAGUGGUGUGCGUAAGUCUGAGCCGGACAGCUGCUGCUGCCCGUGGGCGAGCCCACUACGGGUGGCGUUUCCGGCGGAGUUGAGGGCACUCCGCCCGGCACACCC-------
----......(((((((.(((.(((..((((((.(((....((..((((((((....)))))...)))..)))))))))))))).))).((((.....)))).))))))).------- ( -55.30)
>DroAna_CAF1 16177 114 - 1
----AAUAAUGGUGGGCAUAUGUCUGGGCCGGACAGCUACUGCUGCCCGUGGGCGAGCCUACCACUGGCGGUGUUUCCGGCGGAGUGGACGGCACACCACCAGGUAAACCUGUCGCCG
----.....((((((((...((((((...(((.((((....)))).))))))))).))))))))..((((((((..(((..........))).)))))..((((....))))..))). ( -48.00)
>consensus
____CAUAAUGGUGUGCAUAAGUCUGAGCCGGACAGCUGCUGCUGCCCGUGGGCGAGCCCACUACGGGCGGCGUUUCCGGCGGAGUGGAGGGCACUCCGCCAGGCACACCC_______
..........((((.((....((((.....)))).))((((((((((((((((....)))))...)))))))......(((((.((.......)).))))).))))))))........ (-39.19 = -38.75 +  -0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:24:49 2006