Locus 6962

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,327,499 – 19,327,598
Length 99
Max. P 0.681041
window11108

overview

Window 8

Location 19,327,499 – 19,327,598
Length 99
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.58
Mean single sequence MFE -35.33
Consensus MFE -28.71
Energy contribution -29.68
Covariance contribution 0.97
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.681041
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19327499 99 + 22407834
G------GUUUGGGCCAAGUUUGCAUACGGAAUUAGUUUGCCAUGUUUGGCAGCUUGUGUGCGCACU----UCUCCAGAUGGGUGGCAUUGGCCAAAGCUUAUGCUAAA
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>DroSec_CAF1 2985 105 + 1
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>DroSim_CAF1 3222 99 + 1
G------GUUUGGGCCAAGUUUGCAUACGGAAUUAGUUUGCCAUGUUUGGCAGCUUGUGUGCGCACU----CCUCCAGUUGGGUGGCAUUGGCCAAAGCUAAUGCUAAA
(------((((.((((((....(((((((.....((((.((((....)))))))))))))))((.(.----(((......))).))).)))))).)))))......... ( -35.40)
>DroEre_CAF1 428 99 + 1
G------GCCUGGGCCAAGUUUGCAUACGGAAUUAGUUUGCCAUGUUUGGCAGCUUGUGUGCGCACU----CCUCCAGACGGGUGGCAUUGGCCAAAGCUAAUGCUAAA
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>DroYak_CAF1 5727 99 + 1
G------GCUUGGGCCAAGUUUGCAUACGGAAUUAGUUUACCAUGUUUGGCAGCUUGUGUGCGCACU----CCUCCAGACGGGUGGCAUUGGCCAAAGCUAAUGCUAAA
(------((((.((((((...(((..((.......)).((((.(((((((.((...(((....))).----.)))))))))))))))))))))).)))))......... ( -33.50)
>DroAna_CAF1 2937 102 + 1
G------UUUUGGGCCAAGUUUGCAUACGAAAUUAGUUUACCAUGUUUGGCCGUUUGUGUGCUUCCUUGCCUCUCAAAACGGGUGGCC-UGGCCAAAGCUAAUGCUAAA
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>consensus
G______GUUUGGGCCAAGUUUGCAUACGGAAUUAGUUUGCCAUGUUUGGCAGCUUGUGUGCGCACU____CCUCCAGACGGGUGGCAUUGGCCAAAGCUAAUGCUAAA
.........(((((...(((.((((((((.....((((.((((....)))))))))))))))).)))......))))).....((((((((((....)))))))))).. (-28.71 = -29.68 +   0.97)

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