Locus 6952

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,319,585 – 19,319,705
Length 120
Max. P 0.999989
window11088 window11089

overview

Window 8

Location 19,319,585 – 19,319,705
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.16
Mean single sequence MFE -49.14
Consensus MFE -46.70
Energy contribution -46.66
Covariance contribution -0.04
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.37
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 5.55
SVM RNA-class probability 0.999989
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19319585 120 + 22407834
AGGCAGGGCACGUACAGAGACCCUAGAAAGGGUCUUCGGUUCUCCUCCAGCCAGCAAAUCCCCGCUGCGAGCUGUUAUUUAUCGUGUUUCUGGCUACAAAGCCAGAUUGCCCUGUUGUGA
.(((((((((...(((((((((((....))))))))((((.......((((((((........))))...))))......))))))).(((((((....))))))).))))))))).... ( -48.12)
>DroSec_CAF1 12168 116 + 1
AGGCAGGGCACGUACGGAGACCCUAGAAAGGGUCUUCGGUUCU---CCAGCCAGCAAAUCCCCGCUGCGAGCUGUUAUUUAUCGUGU-UCUGGCUACAAAGCCAGAUUGCCCUGUUGUGA
.(((((((((((..((((((((((....)))))))))).....---.((((((((........))))...))))........)))..-(((((((....)))))))..)))))))).... ( -52.70)
>DroSim_CAF1 13997 117 + 1
AGGCGGGGCACGUACGGAGACCCUAGAAAGGGUCUUCGGUUCU---CCAGCCAGCAAAUCCCCGCUGCGAGCUGUUAUUUAUCGUGUUUCUGGCUACAAAGCCAGAUUGCCCUGUUGUGA
.(((((((((((..((((((((((....)))))))))).....---.((((((((........))))...))))........)))...(((((((....)))))))..)))))))).... ( -52.00)
>DroEre_CAF1 11303 116 + 1
AGGCAGGGCACGUACAGAGACCCUAGA-AGGGUCUGCGGAUCC---CCAGCCAGCCAAUCCCCGCUGCGAGCUGUUAUUUAUCGUGUUUUGGGCUGCAAAGCCAGAUUGCCCUGUUGUGA
.((((((((.(((....((((((....-.)))))))))((((.---.((((((((........))))...)))).................((((....)))).)))))))))))).... ( -42.60)
>DroYak_CAF1 12449 117 + 1
AGGCAGGGCACGUACAGAGACCCUAGAAAGGGUCUCCGAAUCU---CCAGCCAGCAAAUCCCCGCUGCGAGCUGUUAUUUAUCGUGUUUCUGGCUGCAAAGCCAGAUUGCCCUGUUGUGA
.(((((((((..(((.((((((((....)))))))).......---.((((((((........))))...)))).........)))..(((((((....))))))).))))))))).... ( -50.30)
>consensus
AGGCAGGGCACGUACAGAGACCCUAGAAAGGGUCUUCGGUUCU___CCAGCCAGCAAAUCCCCGCUGCGAGCUGUUAUUUAUCGUGUUUCUGGCUACAAAGCCAGAUUGCCCUGUUGUGA
.(((((((((((..(.((((((((....)))))))).).........((((((((........))))...))))........)))...(((((((....)))))))..)))))))).... (-46.70 = -46.66 +  -0.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 19,319,585 – 19,319,705
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.16
Mean single sequence MFE -48.26
Consensus MFE -44.24
Energy contribution -44.80
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -3.37
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 5.03
SVM RNA-class probability 0.999970
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19319585 120 - 22407834
UCACAACAGGGCAAUCUGGCUUUGUAGCCAGAAACACGAUAAAUAACAGCUCGCAGCGGGGAUUUGCUGGCUGGAGGAGAACCGAAGACCCUUUCUAGGGUCUCUGUACGUGCCCUGCCU
......(((((((.(((((((....))))))).............(((((((.((((.((......)).))))))).........(((((((....)))))))))))...)))))))... ( -49.80)
>DroSec_CAF1 12168 116 - 1
UCACAACAGGGCAAUCUGGCUUUGUAGCCAGA-ACACGAUAAAUAACAGCUCGCAGCGGGGAUUUGCUGGCUGG---AGAACCGAAGACCCUUUCUAGGGUCUCCGUACGUGCCCUGCCU
......((((((..(((((((....)))))))-..(((...........(((.((((.((......)).)))))---))...((.(((((((....))))))).))..)))))))))... ( -50.30)
>DroSim_CAF1 13997 117 - 1
UCACAACAGGGCAAUCUGGCUUUGUAGCCAGAAACACGAUAAAUAACAGCUCGCAGCGGGGAUUUGCUGGCUGG---AGAACCGAAGACCCUUUCUAGGGUCUCCGUACGUGCCCCGCCU
........((((..(((((((....)))))))..((((...........(((.((((.((......)).)))))---))...((.(((((((....))))))).))..))))....)))) ( -46.60)
>DroEre_CAF1 11303 116 - 1
UCACAACAGGGCAAUCUGGCUUUGCAGCCCAAAACACGAUAAAUAACAGCUCGCAGCGGGGAUUGGCUGGCUGG---GGAUCCGCAGACCCU-UCUAGGGUCUCUGUACGUGCCCUGCCU
......(((((((....((((....))))................((((......(((((..(..(....)..)---...)))))((((((.-....))))))))))...)))))))... ( -40.60)
>DroYak_CAF1 12449 117 - 1
UCACAACAGGGCAAUCUGGCUUUGCAGCCAGAAACACGAUAAAUAACAGCUCGCAGCGGGGAUUUGCUGGCUGG---AGAUUCGGAGACCCUUUCUAGGGUCUCUGUACGUGCCCUGCCU
......((((((..(((((((....)))))))...(((...........(((.((((.((......)).)))))---))...((((((((((....))))))))))..)))))))))... ( -54.00)
>consensus
UCACAACAGGGCAAUCUGGCUUUGUAGCCAGAAACACGAUAAAUAACAGCUCGCAGCGGGGAUUUGCUGGCUGG___AGAACCGAAGACCCUUUCUAGGGUCUCUGUACGUGCCCUGCCU
......((((((..(((((((....)))))))...(((........(((((.((((.......)))).))))).........((.(((((((....))))))).))..)))))))))... (-44.24 = -44.80 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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