Locus 6911

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,273,253 – 19,273,401
Length 148
Max. P 0.756847
window11017 window11018

overview

Window 7

Location 19,273,253 – 19,273,369
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.89
Mean single sequence MFE -43.77
Consensus MFE -33.74
Energy contribution -33.42
Covariance contribution -0.33
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.52
Structure conservation index 0.77
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19273253 116 - 22407834
AAAGUGGGUGGCAGUGGGAGGU---GGUGCGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGCUAAUAGAGCCAGAGAUGGCCG-GGAGCAAAGCUCAGUUAG
.((.(((((.((((((((((((---(((((..........)).)))))))))))))((((((.(((......)))))))))....(.((((....))))).-...))...))))).)).. ( -44.50)
>DroSec_CAF1 14499 116 - 1
AAAGUGGGUGGCAGUGGGAGGU---GGCGCGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGCUAAUAGAGCCAGAGAUGGCCG-GGAGCAAAGCUCAGUUAG
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>DroSim_CAF1 21380 116 - 1
AAAGUGGGUGGCAGUGGGAGGU---GGCGCGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGCUAAUAGAGCCAGAGAUGGCCG-GGAGCAAAGCUCAGUUAG
.((.(((((.((((((((((((---((((....)))).((....))))))))))))((((((.(((......)))))))))....(.((((....))))).-...))...))))).)).. ( -44.10)
>DroEre_CAF1 21200 116 - 1
UGGGCGGUGGGCGGUGGGUGGU---GGUGUGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGCUAAUAGAGCCAGAGAUGGCCG-GGAGCAGAGCUCAGUUAG
..(.(((((((..(((.((..(---(((......))))..))...)))..))))))).).........(((((((.(((((....(.((((....))))).-..)))))..))))))).. ( -44.50)
>DroYak_CAF1 20586 116 - 1
AAAGUGGGUGGCGGUGGGUGGU---GGCGUGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGCUAAUAGAGCCAUAGAUGGCCG-GGAGCAAAGCUCAGUUAG
.((.(((((.((.....((..(---((((....)))))..)).......(((((.(((((((.(((......)))))))))).....((((....))))))-)))))...))))).)).. ( -43.10)
>DroAna_CAF1 36821 120 - 1
UGGAGGGGCCGGCGUGGGUGGUUGAGGCGCGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCUCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAAGCUGCUAAUAGAGCCCGAAAAGCCCGAGGACCCAAGCUCAGUUGC
..((((((((....(((((..(((.((((((..(((....))).........)))(((((((.(((......)))))))))).....))))))...))))).)).)))...)))...... ( -42.30)
>consensus
AAAGUGGGUGGCAGUGGGAGGU___GGCGCGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGCUAAUAGAGCCAGAGAUGGCCG_GGAGCAAAGCUCAGUUAG
.((.(((((.((.(((((.......((((....)))).((....))....)))))(((((((.(((......))))))))))...(.((((....))))).....))...))))).)).. (-33.74 = -33.42 +  -0.33)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 19,273,292 – 19,273,401
Length 109
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.25
Mean single sequence MFE -38.68
Consensus MFE -23.67
Energy contribution -23.78
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.54
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.49
SVM RNA-class probability 0.756847
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19273292 109 - 22407834
UUGGCAGU--------GGCAGUUGGCAGUUGGGUGGCCUGAAAGUGGGUGGCAGUGGGAGGU---GGUGCGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGC
...(((((--------..(((((.......(((((((((......))))(.(((((((((((---(((((..........)).)))))))))))))).)..)))))..)))))..))))) ( -41.10)
>DroSec_CAF1 14538 117 - 1
UUGGCAGUUGGCAGUUGGCAGUUGGCAGUUGGGUGGCCUGAAAGUGGGUGGCAGUGGGAGGU---GGCGCGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGC
(..((.((..((........))..)).))..)(..((((.((..((((((.(((((((((((---((((....)))).((....))))))))))))).))....))))..)).))))..) ( -45.10)
>DroSim_CAF1 21419 117 - 1
UUGGCAGUUGGCAGUUGGCAGUUGGCAGUUGGGUGGCCUGAAAGUGGGUGGCAGUGGGAGGU---GGCGCGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGC
(..((.((..((........))..)).))..)(..((((.((..((((((.(((((((((((---((((....)))).((....))))))))))))).))....))))..)).))))..) ( -45.10)
>DroEre_CAF1 21239 102 - 1
UUGG------GGCGUUGGGAGAU-----GUGGGUGG----UGGGCGGUGGGCGGUGGGUGGU---GGUGUGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGC
..(.------(((.(..(.((((-----((.....(----(.(((((..((..((..((..(---(((......))))..)).))..))..))))).)).))).)))...)..).))).) ( -33.60)
>DroYak_CAF1 20625 111 - 1
UGGA------AGCGUUGUGAGAUCGCAGAUGGGUGGCUCGAAAGUGGGUGGCGGUGGGUGGU---GGCGUGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGC
....------.......((((.((((......))))))))..((((((..(..((..((..(---((((....)))))..)).))..)..)))))).(((((.(((......)))))))) ( -35.90)
>DroAna_CAF1 36861 95 - 1
UGGAUG-------------------------GAUGGAUUUUGGAGGGGCCGGCGUGGGUGGUUGAGGCGCGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCUCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAAGCUGC
.....(-------------------------(......(((((((..(((((((.(((((((((.((((....))))....)))))))))..)))))))....)))))))......)).. ( -31.30)
>consensus
UUGGCA____G__GUUGGCAGUUGGCAGUUGGGUGGCCUGAAAGUGGGUGGCAGUGGGAGGU___GGCGCGUGUGCCAAAGCAAUUAUUUCCCGCUGGCAGCAUUCUAAAUUGAGGCUGC
................................((.((((......)))).))((((((.......((((....)))).((....))....)))))).(((((.(((......)))))))) (-23.67 = -23.78 +   0.12)

alignment

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