Locus 6893

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,257,743 – 19,257,863
Length 120
Max. P 0.999541
window10988 window10989

overview

Window 8

Location 19,257,743 – 19,257,863
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.50
Mean single sequence MFE -55.38
Consensus MFE -49.14
Energy contribution -48.98
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.56
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 3.70
SVM RNA-class probability 0.999541
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19257743 120 + 22407834
CCACCGACUCGGGCUGGUGGGUGGGCGAUCCUACGCCAUAGAAGCCCAACGUGUCCUUGUGAGGACUUUGCUGCCAAGCGAGCAGCACGUCGUCUUUGACCAUGUCGUAGGGUCGCCCAC
((((((.(....).))))))(((((((((((((((.(((.((((..(.(((((((((....)))))...((((((....).))))))))).).))))....))).))))))))))))))) ( -59.10)
>DroSim_CAF1 4885 120 + 1
UCACCGACUCGGGCUGGUGGGUGGGCGAUCCUACGCCAUAGAAGCCCAACGUGUCCUUGUGAGGACUCUGCUGCCAAGCGAGCAGCACGUCGUCUUUGACCAUGUCGUAGGGUCGUCCAC
((((((.(....).))))))(((((((((((((((.(((.((((..(.(((((((((....)))))...((((((....).))))))))).).))))....))).))))))))))))))) ( -53.60)
>DroEre_CAF1 5908 120 + 1
CCACCGACUCGGGCUGGUGGGUGGGCGACCCUACGCCAUAGAAGCCCAACGUGUCCUUGUGAGGACUCUGCUGCCAAGCUAGCAGCACGUCGUCUUUGACCAUGUCGAAGGGUCGCCCAC
((((((.(....).))))))((((((((((((.((.(((.((((..(.(((((((((....)))))...(((((.......))))))))).).))))....))).)).)))))))))))) ( -56.80)
>DroYak_CAF1 5067 120 + 1
CCACCGACUCGGGCUGGUGGGUGGGCGACCCUACGCCAUAGAAGCCCAACGUGUCCUUGUGAGGACUCUGCUGCCAAGCGAGCAGCACGUCGUCUUUGACCAUGUCGAAGGGUCGCCCAC
((((((.(....).))))))((((((((((((.((.(((.((((..(.(((((((((....)))))...((((((....).))))))))).).))))....))).)).)))))))))))) ( -57.10)
>DroAna_CAF1 12661 120 + 1
UCAACGAUUCGGGCUGUUGGGUGGGCGAACCGACGCCAUAGAAGCCCAGCGUGUCCUUAUGCGGGCUCUGCUGCCAGACUUGCAGGACGUCGUCGUGCUCCAUGUCGAAGGGUCGCCCGC
..........((((((((((((.((((......))))......)))))))).))))....((((((.((((..........))))(((.(((.((((...)))).)))...))))))))) ( -50.30)
>consensus
CCACCGACUCGGGCUGGUGGGUGGGCGACCCUACGCCAUAGAAGCCCAACGUGUCCUUGUGAGGACUCUGCUGCCAAGCGAGCAGCACGUCGUCUUUGACCAUGUCGAAGGGUCGCCCAC
((((((........))))))((((((((((((.((.(((.((((..(.(((((((((....)))))...(((((.......))))))))).).))))....))).)).)))))))))))) (-49.14 = -48.98 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 19,257,743 – 19,257,863
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.50
Mean single sequence MFE -58.92
Consensus MFE -48.00
Energy contribution -49.88
Covariance contribution 1.88
Combinations/Pair 1.02
Mean z-score -3.70
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 3.43
SVM RNA-class probability 0.999201
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19257743 120 - 22407834
GUGGGCGACCCUACGACAUGGUCAAAGACGACGUGCUGCUCGCUUGGCAGCAAAGUCCUCACAAGGACACGUUGGGCUUCUAUGGCGUAGGAUCGCCCACCCACCAGCCCGAGUCGGUGG
((((((((.((((((.(((((...(((.((((((((((((.....))))))...(((((....)))))))))))..)))))))).)))))).))))))))(((((.((....)).))))) ( -64.00)
>DroSim_CAF1 4885 120 - 1
GUGGACGACCCUACGACAUGGUCAAAGACGACGUGCUGCUCGCUUGGCAGCAGAGUCCUCACAAGGACACGUUGGGCUUCUAUGGCGUAGGAUCGCCCACCCACCAGCCCGAGUCGGUGA
((((.(((.((((((.(((((...(((.((((((((((((.....))))))...(((((....)))))))))))..)))))))).)))))).))).)))).((((.((....)).)))). ( -54.70)
>DroEre_CAF1 5908 120 - 1
GUGGGCGACCCUUCGACAUGGUCAAAGACGACGUGCUGCUAGCUUGGCAGCAGAGUCCUCACAAGGACACGUUGGGCUUCUAUGGCGUAGGGUCGCCCACCCACCAGCCCGAGUCGGUGG
((((((((((((.((.(((((...(((.((((((((((((.....))))))...(((((....)))))))))))..)))))))).)).))))))))))))(((((.((....)).))))) ( -66.50)
>DroYak_CAF1 5067 120 - 1
GUGGGCGACCCUUCGACAUGGUCAAAGACGACGUGCUGCUCGCUUGGCAGCAGAGUCCUCACAAGGACACGUUGGGCUUCUAUGGCGUAGGGUCGCCCACCCACCAGCCCGAGUCGGUGG
((((((((((((.((.(((((...(((.((((((((((((.....))))))...(((((....)))))))))))..)))))))).)).))))))))))))(((((.((....)).))))) ( -66.00)
>DroAna_CAF1 12661 120 - 1
GCGGGCGACCCUUCGACAUGGAGCACGACGACGUCCUGCAAGUCUGGCAGCAGAGCCCGCAUAAGGACACGCUGGGCUUCUAUGGCGUCGGUUCGCCCACCCAACAGCCCGAAUCGUUGA
..((((((.((..((.(((((((((.(((...))).))).((((..((.((...))((......))....))..)))))))))).))..)).))))))......((((.......)))). ( -43.40)
>consensus
GUGGGCGACCCUUCGACAUGGUCAAAGACGACGUGCUGCUCGCUUGGCAGCAGAGUCCUCACAAGGACACGUUGGGCUUCUAUGGCGUAGGAUCGCCCACCCACCAGCCCGAGUCGGUGG
((((((((.(((.((.(((((...(((.((((((((((((.....))))))...((((......))))))))))..)))))))).)).))).))))))))(((((.((....)).))))) (-48.00 = -49.88 +   1.88)

alignment

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